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 タベルナワークベンチ | |
| 開発者 | Apache Software Foundation ( myGrid 2.x 用) |
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| 安定版リリース | 3.1 / 2016年7月1日 |
| リポジトリ |
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| 書かれた | ジャワ |
| オペレーティング·システム | Linux、Mac OS X、Microsoft Windows |
| タイプ | 科学的なワークフローシステム |
| ライセンス | Apache ライセンス 2.0 ( 2.x の場合はLGPL ) |
| Webサイト | taverna.incubator.apache.org |
Apache Taverna は、ワークフローを設計および実行するためのオープンソースソフトウェアツールであり、当初はmyGridプロジェクトによってTaverna Workbenchという名前で作成され、その後 Apache インキュベーターのプロジェクトになりました。Taverna を使用すると、国立生物工学情報センター、欧州バイオインフォマティクス研究所、日本 DNA データバンク (DDBJ)、SoapLab、BioMOBY、EMBOSSなどが提供するWSDL SOAP または REST Web サービスを含む、さまざまなソフトウェアコンポーネントを統合できます。利用可能なサービスのセットは限定されておらず、ユーザーは新しいサービスの説明を Taverna Workbench にインポートできます。[1] [2] [3] [4] [5] [6] [7] [8]
Taverna Workbench は、科学的なワークフローのためのデスクトップ オーサリング環境と実行エンジンを提供しました。Taverna ワークフロー エンジンは、Java API、コマンド ライン ツール、またはサーバーとして個別に使用することもできました。
Tavernaは、バイオインフォマティクス[9]、 [ 10]、 ケモインフォマティクス[11]、 医学、天文学[12]、 社会科学、音楽、デジタル保存[13]など、多くの分野のユーザーに使用されました。
Tavernaワークフローで使用するサービスの一部は、BioCatalogue （ライフサイエンスWebサービスの公開、集中管理、キュレーションされたレジストリ）を通じて見つけることができます。Tavernaワークフローは、科学者向けのソーシャルWebサイトmyExperiment を通じて他の人と共有することもできます。 [14] BioCatalogueとmyExperimentは、 myGridコンソーシアムの別の2つの製品です。
Taverna は、世界中の 350 を超える学術機関や商業機関で使用されています。2011 年現在、さまざまなバージョンで 80,000 回を超える Taverna のダウンロードが行われています。
2020年2月20日、Apache Incubatorはプロジェクトを終了し、ウェブサイトからコードを削除しました。[15]
機能
Taverna ワークフローは、一般的なSOAP / WSDLまたはREST Web サービス、およびより具体的な SADI、BioMart、BioMoby、SoapLab Web サービスを呼び出すことができます。また、R統計サービス、ローカル Java コード、ローカルおよびリモート マシン上の外部ツール ( ssh経由) を呼び出したり、XPathやその他のテキスト操作を実行したり、スプレッドシートをインポートしたり、サブワークフローを含めたりすることもできます。
Taverna Workbenchには、ワークフローの実行を監視し、生成されたデータの出所を調べる機能が含まれており、入力、出力、中間値、実行されたワークフロー定義を含む構造化された研究オブジェクトバンドル[17] ZIPファイル内で、ワークフロー実行の詳細をW3C PROV -O RDF出所グラフ[16]として公開します。この形式はTavernaProvと呼ばれます。[18]
Taverna には、ワークフローから呼び出すためにBioCatalogueで記述されたサービスを検索する機能が含まれています。ただし、サービスはWSDL Web サービス記述から追加したり、 REST URIパターンとして入力したりできるため、ワークフローに含めるために BioCatalogue 内で記述する必要はありません。
Taverna には、 myExperiment上のワークフローを検索する機能も含まれています。Taverna Workbench は、 myExperiment で検出されたワークフローをダウンロード、変更、実行できるほか、作成したワークフローをアップロードして、 myExperiment のソーシャル機能を使用して他のユーザーと共有することもできます。
Taverna ワークフローは、Taverna Workbench 内で実行する必要はありません。ワークフローは、次の方法でも実行できます。
- コマンドライン実行ツール
- Tavernaワークフローを他のマシン、計算グリッド、クラウド、Webページやポータルから実行できるようにするリモート実行サーバー
- オンラインワークフローデザイナーとエナクターOnlineHPC
Tavernaはデータのパイプライン化とストリーミングを可能にします。[19]これは、上流のサービスと反復処理からデータリスト全体が利用可能になるのを待たずに、最初のデータ項目を受信するとすぐにワークフローの下流のサービスを開始できることを意味します。Tavernaのワークフローは主に制御駆動型ではなくデータ駆動型であるため、Tavernaサービスは可能な限り並列に実行されます。[20]
オープンソースコミュニティ
Tavernaは2003年からオープンソースプロジェクトとして運営されており、[21]複数の学術機関や業界団体からの貢献者がいます。2014年10月にTavernaは独立したApacheインキュベータプロジェクトとなり、[15] Apache Taverna (incubating)に名称が変更されました。このプロジェクトではApache Taverna 3.xを開発しており、[22]ライセンスがLGPL 2.1からApache License 2.0に変更されました。
外部リンク
- アパッチインキュベーターのアパッチタベルナ
- Taverna ホームページ (Apache 以前のアーカイブ)
参考文献
- ^ Belhajjame K、Wolstencroft K、Corcho O、Oinn T、Tanoh F、William A、Goble C (2008)。「Taverna ワークフロー システムにおけるメタデータ管理」。2008第 8 回 IEEE国際クラスタ コンピューティングおよびグリッド シンポジウム (CCGRID)。pp. 651–656。doi :10.1109/ CCGRID.2008.17。ISBN 9780769531564. S2CID 9996653。
- ^ Li P、Castrillo JI、Velarde G、Wassink I、Soiland-Reyes S、Owen S、他 (2008 年 8 月)。「Taverna ワークフローで定量的データに対する統計分析を実行する: R と maxdBrowse を使用してマイクロアレイ データから差次的に発現する遺伝子を特定する例 」。BMC Bioinformatics。9 : 334。doi : 10.1186 / 1471-2105-9-334。PMC 2528018。PMID 18687127。
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- ^ Soiland-Reyes S、 Gamble M、Haines R (2014 年 11 月 5 日)。「Research Object Bundle 1.0」(仕様)。researchobject.org。doi :10.5281/zenodo.12586。2015年1月 28日閲覧。
- ^ Soiland-Reyes, Stian; Alper, Pinar; Goble, Carole (2016 年 5 月 11 日). 「TavernaProv によるワークフロー実行の追跡」. zenodo.org . doi : 10.5281/zenodo.51314 .
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- ^ Soiland-Reyes S、Sufi S、Seaborne S (2014 年 9 月 23 日)。「Taverna 提案」。Incubator Wiki。Apache Software Foundation。2015年1 月 28 日閲覧。
- ^ 「Apache Taverna をダウンロード」。Apache Software Foundation。2015年1 月 28 日閲覧。