2001年のメジャーリーグベースボールのドラフト会議は、6月5日と6日に開催された。
2001年6月1日、キューバを最近離れたキューバ人野球投手ロランド・ビエラは、メジャーリーグベースボールが2001年のドラフトに自分を含めないように差し止めを申し立て、代わりにフリーエージェントとして契約しようとした。[ 1 ]弁護士アラン・グラと代理人ジョー・ケホスキーに代理されたビエラは、MLBドラフトはキューバ人選手と他の外国人選手で契約ルールが異なるため差別的であると主張した。[ 1 ] 6月4日、連邦判事ジェームズ・D・ウィットモアは、ビエラがドラフトの対象となったことで被った金銭的損失は、連邦差し止め命令の要件である回復不能な損害を満たさないとの判決を下した。[ 2 ]ビエラはその週のドラフト7巡目でボストン・レッドソックスに指名された。[ 2 ]
ミネソタ・ツインズは、2001年のドラフトでミネソタ州セントポール出身のジョー・マウアーを全体1位で指名した。セントポールのクレティン・ダーラム・ホール高校出身の18歳の捕手マウアーは、ドラフト1巡目で指名された7人目のミネソタ州出身者であり、全体1位指名を受けた初のミネソタ州出身者となった。この捕手はアメリカジュニア代表チームのメンバーであり、1999年に台湾で開催された世界選手権で金メダルを獲得した。また、高校時代はクォーターバックとしてフットボールでも活躍し、ドラフト前にフロリダ州立大学でフットボールをプレーするための入学意思表明書に署名していた。
南カリフォルニア大学の右腕投手マーク・プライアーは、ドラフトでシカゴ・カブスから全体2位で指名された。プライアーは、1998年のドラフトでヤンキースから補足1巡目で指名されており、2001年のドラフトで最初に指名された大学生選手となった。プライアーは、3年生の時に15勝1敗、防御率1.69、202奪三振の成績でトロージャンズをカレッジ・ワールドシリーズ出場に導き、数々の全米最優秀選手賞を受賞した。[ 3 ]