1963年6月19日から21日にかけて、同年6月3日に死去したヨハネ23世の後継者となる新教皇を選出するためのコンクラーベが開催された。これは、 1970年に枢機卿選挙人の年齢制限が現在の80歳に定められる前の最後のコンクラーベであり、枢機卿団82名のうち2名を除く全員が出席した。6回目の投票で、コンクラーベはミラノ大司教のジョヴァンニ・モンティーニ枢機卿を選出した。彼は選出を受け入れた後、パウロ6世を名乗った。 1963年6月30日に行われた彼の戴冠式は、現在までで最も遅い教皇戴冠式となった。
ヨハネ23世の死去により、第二バチカン公会議の将来は不確実なものとなった。反公会議派の教皇が選出されれば、公会議の役割が著しく制限される可能性があったからである。有力な教皇候補は、前回のコンクラーベでは枢機卿ではなかったものの、公会議で提案された改革を支持していたミラノのジョヴァンニ・モンティーニ[ 1 ]、ヨハネ23世に近いリベラル派と見なされていたボローニャのジャコモ・レルカロ[ 1 ]、そして1958年に教皇候補となり、これらの改革に批判的だったジェノヴァのジュゼッペ・シリであった。元アルメニア・カトリック教会のキリキア総大司教グレゴリオ・ピエトロ・アガジャニアンも教皇候補と考えられていた[ 2 ] [ 3 ] [ 4 ]。伝えられるところによると、ヨハネ23世はモンティーニが立派な教皇になるだろうと考えていることを示唆する遠回しなシグナルを送っていたという[ 5 ] 。
1963年の教皇選挙会議は、6月19日から21日にかけてバチカン市国のシスティーナ礼拝堂で開催され、これまでで最大規模の会議となった。参加資格のある枢機卿選挙人は82名いた。参加しなかったのは、ハンガリー政府がハンガリーにおける信教の自由に関する要求に応じない限り、1956年から住んでいたブダペストの米国公使館を離れることを拒否したヨージェフ・ミンツェンティ枢機卿[ 6 ]と、前年の12月に脳卒中を起こして血栓症で寝たきりだったため89歳で旅行できなかったエクアドルのキトのカルロス・マリア・デ・ラ・トーレ枢機卿[ 6 ] [ 7 ]の2名だけだった。参加した80名の枢機卿のうち、8名はピウス11世によって、27名はピウス12世によって、残りの45名はヨハネ23世によって任命された。各枢機卿選挙人には補佐官が1人認められた。彼らは29か国から集まったが、1958年のコンクラーベでは21か国から51人、1939年のコンクラーベでは16か国から59人だった。イタリア人は51対29で少数派だった。[ 8 ]


最新の規則では、選挙には投票者の3分の2の賛成票が必要であり、この場合は54票であった。 [ 8 ]初日は投票が行われず、その後は午前中に2票ずつ、午後に2票ずつ行われた。[ 9 ] 1958年の前回のコンクラーベでは、教皇が選出されたかどうかを示すために使用された煙の色について混乱があったため、煙に加えて電灯が使用されることになった。[ 9 ]
最初の4回の投票結果は、6月20日 午前11時54分と 午後5時47分に黒煙で示された。毎回、煙は最初は白く見えた。[ 10 ]
改革派の枢機卿の中には、教皇はイタリア人である必要はないということを示すために、当初メヘレン=ブリュッセルのレオ・ヨーゼフ・スエネンスとウィーンのフランツ・ケーニヒに投票した者もいた。 [ 11 ]他の報告によると、保守派の枢機卿は初期の投票でモンティーニの選出を阻止しようとした。明らかな行き詰まりのため、モンティーニ枢機卿は候補から辞退することを提案したが、ヴェネツィア総大司教ジョヴァンニ・ウルバーニによって黙らされた。 [ 12 ]ヨハネ23世の旧友である別の枢機卿グスタヴォ・テスタは、礼拝堂で怒りを爆発させ、頑固者たちにモンティーニの道を妨害するのをやめるよう要求した。[ 5 ]
タイム誌によると、6月20日の4回目の投票までに、モンティーニは必要な票数を獲得するためにあと4票必要だった。[ 13 ]彼は6月21日の朝の5回目の投票で選出された。[ 11 ]ウジェーヌ・ティスランから選出を受け入れるかどうか尋ねられたとき、モンティーニは「主の名において受け入れます」と答え、パウロ6世という名前を選んだ。
午前11時22分 、システィーナ礼拝堂の煙突から白い煙が立ち上り、新教皇の選出を告げた。枢機卿長であるアルフレード・オッタヴィアーニは、ラテン語でモンティーニの選出を発表した。オッタヴィアーニがモンティーニの名前を言い終える前に、サン・ピエトロ大聖堂のバルコニーの下に集まった群衆は拍手喝采を送った。
教皇パウロ六世はその後まもなくバルコニーに姿を現し、最初の祝福を与えた。この時、パウロ六世は伝統的な「ウルビ・エト・オルビ」の祝福ではなく、より短い司教の祝福を最初の使徒的祝福として授けた。