WikiPathways [ 1 ] [ 2 ] は、生物学的経路 に特化したコンテンツの作成と維持のためのコミュニティ リソースです。登録済みの WikiPathways ユーザーであれば誰でも貢献でき、誰でも登録ユーザーになることができます。[ 3 ] ピア レビュー 、編集キュレーション、およびメンテナンスの大部分はユーザー コミュニティの責任です。WikiPathways は元々MediaWiki ソフトウェア[ 4 ] PathVisio [ 5 ] )、および主要な遺伝子 、タンパク質 、および代謝物 システムを網羅する統合 BridgeDb [ 6 ] [ 7 ]
パスウェイコンテンツ WikiPathways の各記事は、特定の経路に特化しています。代謝経路 [ 8 ] シグナル伝達経路 、調節経路 など、多くの種類の分子経路が網羅されており、サポートされている種 [ 9 ] ヒト 、マウス 、ゼブラフィッシュ 、ショウジョウバエ 、C. elegans 、酵母 、イネ 、シロイヌナズナ [ 10 ] や 植物種 が含まれます。検索機能を使用すると、名前、含まれる遺伝子やタンパク質、または説明に表示されるテキストによって特定の経路を見つけることができます。経路コレクションは、種名とオントロジーベースのカテゴリの組み合わせで閲覧することもできます。
パスウェイ図に加えて、各パスウェイページには、説明、参考文献、パスウェイのバージョン履歴、構成遺伝子とタンパク質のリスト、および公開リソースへのリンクが含まれています。個々のパスウェイノードについては、そのノードを含む他のパスウェイのリストにアクセスできます。パスウェイの変更は、以前のリビジョンを表示したり、特定のリビジョン間の差異を表示したりすることで監視できます。パスウェイ履歴を使用すると、パスウェイの以前のリビジョンに戻すこともできます。パスウェイには、BioPortalの 3つの主要なオントロジー（パスウェイ、疾患、細胞タイプ）のオントロジー用語でタグ付けすることもできます。
WikiPathwaysのパスウェイコンテンツは、複数のデータ形式および画像形式で無料でダウンロードできます。WikiPathwaysは完全にオープンアクセス かつオープンソースです。すべてのコンテンツは クリエイティブ・コモンズ0ライセンスの下で利用可能です。WikiPathwaysおよびPathVisio エディタのすべてのソースコードは、Apacheライセンスバージョン2.0の下で利用可能です。
参考文献 本編集時点において、この記事は 「WikiPathWays:About」のコンテンツを使用しています。このコンテンツは、クリエイティブ・コモンズ表示-継承3.0非移植ライセンス の下での再利用が許可されていますが、 GFDLの下では許可されていません。関連するすべての利用規約を遵守する必要があります。
↑ アレクサンダー・R・ピコ;トーマス・ケルダー;マルティン・P・ファン・アーセル。クリスティーナ・ハンスパース。ブルース・Ｒ・コンクリン。クリス・エベロ（2008年7月22日）。 「WikiPathways: 人々のためのパスウェイ編集」 。 PLOS 生物学 。 6 (7): e184。 土井 ： 10.1371/JOURNAL.PBIO.0060184 。 ISSN 1544-9173 。 PMC 2475545 。 PMID 18651794 。 ウィキデータ Q21092742 。 ↑ マルティナ・サマー＝クトモン。アンダース・リウッタ。ヌーノ・ヌネス。他 。 (2016 年 1 月 4 日)。 「WikiPathways: パスウェイの知識の多様性を完全に把握する」 。 核酸研究 。 44 (D1): D488-94。 土井 ： 10.1093/NAR/GKV1024 。 ISSN 0305-1048 。 PMC 4702772 。 PMID 26481357 。 ウィキデータ Q24082733 。 ↑ マービン・マーチン。アンマル アンマル;アンダース・リウッタ。他 。 （2021年1月8日）。 「WikiPathways: コミュニティをつなぐ」 。 核酸研究 。 49 (D1): D613 – D621。 土井 : 10.1093/NAR/GKAA1024 。 ISSN 0305-1048 。 PMC 7779061 。 PMID 33211851 。 ウィキデータ Q102205677 。 ↑ アグラワル、アユシ。バルジ、ハサン。ハンスパース、クリスティーナ。スーザン・L・コート。マーチン、マービン。スレンダー、デニス・N。エールハルト、フリーデリケ。ディグルス、ダニエラ。ワーグメースター、アンドラ。イザベル・ワシンク。アッバシ・ダロイ、トゥーバ。ロペス、エリソンN;アイヤー、アイシュワリヤー。アコスタ、ハビエル・ミラン。ウィリハーゲン、ラース G;西田耕三；リウッタ、アンダース。バサリッチ、ヘレナ。エベロ、クリス・T;ウィリハーゲン、エゴン L;クトモン、マルティナ。ピコ、アレクサンダー R (2023 年 11 月 6 日)。 「WikiPathways 2024: 次世代パスウェイ データベース」 。 核酸研究 。 52 (D1): D679 – D689。 doi : 10.1093/nar/ gkad960 . PMC 10767877. PMID 37941138 . ↑ Martijn P van Iersel; Thomas Kelder; Alexander R Pico; Kristina Hanspers; Susan Coort; Bruce R Conklin; Chris Evelo (2008). "PathVisio を使用した生物学的経路の提示と探索" . BMC Bioinformatics . 9 (1): 399. doi : 10.1186/1471-2105-9-399 . ISSN 1471-2105 . PMC 2569944 . PMID 18817533 . Wikidata Q21284199 . ↑ マルティン・P・ファン・アーセル;アレクサンダー・R・ピコ。トーマス・ケルダー;ガオ・ジャンジョン;アイザック・ホー;クリスティーナ・ハンスパース。ブルース・Ｒ・コンクリン。クリス・T・エベロ（2010年1月4日）。 「BridgeDb フレームワーク: 遺伝子、タンパク質、代謝物の識別子マッピング サービスへの標準化されたアクセス」 。 BMCバイオインフォマティクス 。 11 (1): 5. 土井 : 10.1186/1471-2105-11-5 。 ISSN 1471-2105 。 PMC 2824678 。 PMID 20047655 。 ウィキデータ Q28842753 。 ↑ 「概要 | WikiPathways」 。www.wikipathways.org 。 2026年 2月22日 取得 。 ↑ スレンター、デニス N.クトモン、マルティナ。ハンスパース、クリスティーナ。リウッタ、アンダース。ウィンザー、ジェイコブ。ヌネス、ヌーノ。メリウス、ジョナサン。シリロ、エリサ。コート、スーザン L.ディグルス、ダニエラ。エールハルト、フリーデリケ。ギースベルツ、ピーター。カラファティ、マリアンティ。マーチン、マービン。ミラー、ライアン。西田耕三；リースワイク、リンダ。ワーグメースター、アンドラ。アイセン、ラースMT;エベロ、クリス・T。ピコ、アレクサンダー R.ウィリハーゲン、エゴン L. (2017 年 11 月 10 日) 「WikiPathways: メタボロミクスを他のオミクス研究に橋渡しする多面的なパスウェイ データベース」 。 核酸研究 。 46 (D1): D661 – D667。 doi : 10.1093/NAR/ GKX1064 . PMC 5753270. PMID 29136241 . ↑ 「経路を閲覧する - WikiPathways 」 ↑ Hanumappa, Mamatha; Preece, Justin; Elser, Justin; Nemeth, Denise; Bono, Gina; Wu, Kenny; Jaiswal, Pankaj (2013). "植物のためのWikiPathways:コミュニティパスウェイキュレーションポータルとイネおよびシロイヌナズナの種子発達ネットワークのケーススタディ" . Rice . 6 (1): 14. Bibcode : 2013Rice....6...14H . doi : 10.1186/1939-8433-6-14 . PMC 4883732 . PMID 24280312 . ↑ Bohler, Anwesha; Wu, Guanming; Kutmon, Martina; Pradhana, Leontius Adhika; Coort, Susan L.; Hanspers, Kristina; Haw, Robin; Pico, Alexander R.; Evelo, Chris T. (20 May 2016). "Reactome from a WikiPathways Perspective" . PLOS Computational Biology . 12 (5) e1004941. Bibcode : 2016PLSCB..12E4941B . doi : 10.1371/journal.pcbi.1004941 . PMC 4874630 . PMID 27203685 . ↑ Waagmeester, Andra; Kutmon, Martina; Riutta, Anders; Miller, Ryan; Willighagen, Egon L.; Evelo, Chris T.; Pico, Alexander R. (2016年6月23日). "セマンティックWebを使用してWikiPathwaysと他の生物学 的 オンラインデータリソースを迅速に統合する" . PLOS Computational Biology . 12 (6) e1004989. Bibcode : 2016PLSCB..12E4989W . doi : 10.1371/journal.pcbi.1004989 . PMC 4918977. PMID 27336457 . ↑ Kelder, T.; Pico, AR; Hanspers, K.; Van Iersel, MP; Evelo, C.; Conklin, BR; Hide, W. (2009). Hide, Winston (編). "Mining Biological Pathways Using WikiPathways Web Services" . PLOS ONE . 4 (7) e6447. Bibcode : 2009PLoSO...4.6447K . doi : 10.1371/journal.pone.0006447 . PMC 2714472 . PMID 19649250 . ↑ Ostaszewski, M.; et al. (2021年10月1日). "COVID19疾患マップ、ウイルスと宿主の相互作用メカニズムの計算知識リポジトリ" . Molecular Systems Biology . 17 (10) e10387. doi : 10.15252/msb.202110387 . PMC 8524328 . PMID 34664389 . 