生物学的経路

生物学的経路とは、細胞内の分子間の一連の相互作用であり、特定の産物や細胞の変化につながります。このような経路は、脂肪やタンパク質などの新しい分子の組み立てを誘発します。経路はまた、遺伝子のオン/オフを切り替えたり、細胞の動きを促したりすることもできます。^[1]最も一般的な生物学的経路のいくつかは、代謝、遺伝子発現の調節、シグナル伝達に関与しています。経路は、ゲノミクスの高度な研究で重要な役割を果たします。

最も一般的な生物学的経路の種類：^[1]

パスウェイデータベース

KEGGパスウェイデータベースは、生物学者によく利用される人気のパスウェイ検索データベースです。
WikiPathways は、「wiki」コンセプトを使用したコミュニティキュレーションパスウェイデータベースです。すべてのパスウェイはオープンライセンスで、自由に使用できます。
Reactome は、生物学的経路に関する無料で手動でキュレーションされたオンラインデータベースです。
NCI-Nature Pathway Interaction Database は、ヒト細胞シグナル伝達経路の無料生物医学データベースです (新しい正式名称: NCI Nature Pathway Interaction Database: Pathway、同義語: PID)。
PhosphoSitePlus は、ヒトおよびマウスのタンパク質で観察された翻訳後修飾のデータベースであり、リン酸化、ユビキチン化、アセチル化、メチル化などのタンパク質翻訳後修飾 (PTM) の研究のための包括的な情報とツールを提供するオンラインシステム生物学リソースです。
BioCyc データベースコレクションは、生物固有のパスウェイ/ゲノムデータベースの集合です。
ヒトタンパク質参照データベースは、ヒトプロテオーム内の各タンパク質のドメイン構造、翻訳後修飾、相互作用ネットワーク、疾患との関連性に関する情報を視覚的に表現し、統合する集中型プラットフォームです (最終リリースは 2010 年の #9)。
PANTHER (Protein ANalysis THrough Evolutionary Relationships) は、遺伝子産物の機能を分類および識別するために使用できる、遺伝子/タンパク質ファミリーと機能的に関連するサブファミリーの大規模な生物学的データベースです。
TRANSFAC (TRANScription FACtor データベース) は、真核生物の転写因子、そのゲノム結合部位、および DNA 結合プロファイル (geneXplain GmbH 提供) を手動でキュレートしたデータベースです。
MiRTarBase は、MicroRNA とターゲットの相互作用をまとめたデータベースです。
DrugBank は、薬物と薬物ターゲットに関する情報を含む、包括的で高品質、無料でアクセスできるオンラインデータベースです。
esyNは、バイオモデルデータベースまたは biogrid、flybase、pombase からパスウェイをインポートし、ネットワーク内のタンパク質と相互作用する薬剤を確認できるネットワークビューアーおよびビルダーです。
比較毒性ゲノミクスデータベース(CTD) は、化学物質/薬物、遺伝子/タンパク質、疾患、分類群、表現型、GO 注釈、経路、相互作用モジュール間の関係を記述する科学的データをキュレートする公開 Web サイトおよび研究ツールです。CTD は、環境化学物質が人間の健康にどのように影響するかを明らかにします。
Pathway commonsは、 BioPAX言語を使用して他の生物学的パスウェイおよび相互作用データベースを変換、統合、および照会するプロジェクトおよびデータベースです。

参照

出典

^ ab 「生物学的経路ファクトシート」。

[g-1] 「生物学的経路ファクトシート」。