ヴェルコミクロビオタ

ヴェルコミクロビオタ
ステージ IIエピキセノソームの透過型電子顕微鏡写真。
科学的分類
ドメイン：	細菌
上門:	PVC上門
門:	ヴェルコミクロビ オタ ヘドランド 2021 [1]
クラス
オピトゥタエ 「メチルアシディフィラ」 テリミクロビア 疣贅菌
同義語
「Verrucomicrobaeota」オーレンら。 2015年 「Verrucomicrobia」Hedlund et al. 1997年 「ヴェルココロンビア」ヘドランド 2010 「Verrucomicrobia」Yoonら2010年 「Verrucomicrobiota」Whitman et al. 2018年

疣贅微生物門は、記載されている種がわずか数種のみを含むグラム陰性細菌の門である。特定された種は、淡水、海洋、土壌環境、およびヒトの排泄物から分離された。真核生物宿主に関連して、まだ培養されていない種が多数特定されており、その中には、原生生物の排出爆発性外部共生菌や、配偶子に生息するXiphinema属の線虫の内部共生菌が含まれる。^{[2] [3]}疣贅微生物細菌Akkermansia muciniphilaは、ヒトの腸内共生細菌であり、有望なプロバイオティクスと考えられている。^[4]

ヴェルコミクロビオタは環境中に豊富に存在するが、比較的活動性が低い。^[5]この門には、PVC上門内にクラミジア門（旧クラミジア科）とレンティスファエロ門（旧レンティスファエラ科）という2つの姉妹門があると考えられている。^{[6]ヴェルコミクロビオタ門は、いくつかの}保存されたシグネチャーインデル（CSI）の存在によって、PVCグループ内の近隣の門と区別できる。 ^[7]これらのCSIは、ヴェルコミクロビオタ内での共通の祖先と他の細菌の中での独立した系統を示唆する、独特の相同形質を表す。 ^{[8]他のすべての細菌の中で、ヴェルコミクロビオタと}クラミジアだけが共有するCSIも見つかっている。^{[9]これらのCSIは、}クラミジオタがヴェルコミクロビオタに最も近い親戚であり、プランクトミケス綱よりも互いに近縁であることを証明しています。

ヴェルコミクロビオタは、より大きな系統群であるグラシリクテス綱のプランクト バクテリア綱に属する可能性がある。^[10]

2008年にメチルアシディフィラム・インフェルノラムの全ゲノム（2.3 Mbp）が公開された。単一の環状染色体上に2473の予測タンパク質が見つかり、そのうち731には相同遺伝子が検出されなかった。これらの解析により、シュードモナドタとの相同遺伝子が多数存在する可能性も明らかになった。^{[11] [12]}

現在受け入れられている分類法は、原核生物の命名法リスト（LPSN）^[19]と国立生物工学情報センター（NCBI）^{[20]に基づいています。}

• 属 ?「Ca. Epixenosoma」Bauer et al. 2005年
• 属 ?「Ca. Nucleicoccus」corrig。佐藤ら。 2014年
• 属 ?「Ca. Organicella」Williams et al. 2021年
• 属 ?「Ca. Rhizospheria」Nunes da Rocha 2010
• クラス・オピトゥタエ ・チューら。 2007年
  • Opitutales Chooらを注文する。 2007年
    • 科「Cerasicoccaceae」Pallen, Rodriguez-R & Alikhan 2022 [KCTC-12870]
      • 属Ruficoccus Lin et al. 2017年
      • セラシコッカス 属Yoon et al. 2007年
    • 家族「Coraliomargaritaceae」パレン、ロドリゲス-R、アリカン 2022 [DSM-45221]
      • レンティモナス属Choo & Cho 2006
      • コラリオマルガリータ 属Yoon et al. 2007年
    • 「マードゥシア科」パレン、ロドリゲス-R、アリハン 2022 [CAG-312]
      • 「Ca. Merdousia」属Gilroy et al. 2021年
    • 家族「モアニバクテラ科」パレン、ロドリゲス-R、アリカン 2022 [UBA2987]
      • 属 " Ca. Moanibacter" corrig.ヴォセベルグ、マルティン、エッテマ 2018
    • オピタン 科Choo et al. 2007年
      • アルテロコッカス 属シーとジーン 1999
      • セファロティコッカス 属Lin et al. 2016年
      • 属 " Ca. Didemniditutus" corrig。ロペラら。 2017年
      • エレボグロブス 属Tegtmeier et al. 2018年
      • ジェミニスファエラ属Wertz et al. 2018年
      • 「Lacunisphaera」属Rast et al. 2017年
      • ニブリコッカス 属Baek et al. 2019年
      • オレイハレニコラ 属Rochman et al. 2018年
      • オピトゥトゥス 属Chin et al. 2001年
      • ペラギコッカス 属Yoon et al. 2007年
      • ラリグロバス 属Pitt et al. 2020年
      • 属 " Ca. Synoicihavetans" Murray et al. 2021年
    • フウセンカ科Choo et al. 2007
      • 「Ca. Fucivorax」属Orellana et al. 2022年
      • 属 " Ca. Marcellius" Nixon et al. 2019年
      • 「Ca. Pelagisphaera」属Bar-Shalom et al. 2023年
      • 「Ca. Pinguicoccus」属Serra et al. 2020年
      • Ｐｕｎｉｃｅｉｃｏｃｃｕｓ Ｃｈｏｏ属 ｅｔ ａｌ． 2007年
    • 家族「スピラドソマ科」パレン、ロドリゲス-R、アリカン 2022 [UBA953]
      • 属「Ca. Spyradosoma」ギルロイら 2021
    • ファミリーヴェルコ-01
      • オセアニプルクリトゥド属 Feng et al. 2020年
• クラス「メチルアシディフィラ」
  • 「メチルアシジフィラ目」を注文する 2009 年キャンプ[「リミスファエラ目」Podosokorskaya et al. 2022年]
    • 科「メチルアシディフィラ科」オープン デン キャンプ 2009
      • 属「メチルアシディミクロビウム」van Teeseling et al. 2014年
      • 属「Ca. Mmethylacidiphilum」Hou et al. 2008年
      • 属「Ca. Mmethylacidithermus」Picone et al. 2021年
    • 家族 "Limisphaeraceae" Pallen、Rodriguez-R & Alikhan 2022 [NGM72-4]
      • リミスファエラ 属Anders et al. 2015年
    • 科名「ペドスファエラセア科」
      • 属「ペドスファエラ」オジュルト 2008
• Terrimicrobia 綱 García-López et al. 2020年
  • Terrimicroblees García-López et al. 2020 [「Chthoniobacterales」Sangwan et al. 2004年]
    • 科「クトニオバクテリア科」Sangwan et al. 2004
      • 「Chthoniobacter」属Sangwan et al. 2004年
    • Terrimicrobiaceae 科García-López et al. 2020年
      • テリミクロビウム 属Qiu et al. 2014年
    • 家族「ウダエオバクテリウム科」パレン、ロドリゲス-R、アリハン 2022 [UBA10450]
      • 属「Ca. Udaeobacter」Brewer et al. 2016
    • キシフィネマトバクター科
      • 「Ca. Xiphinematobacter」属Vandekerckhove et al. 2000年
• Verrucomicrobiae 綱 Hedlund et al. 1998年
  • Verrucomicrobiles Ward-Rainey et al.を注文します。 1996年
    • アッカーマンシア科Hedlund & Derrien 2012
      • アッカーマンシア 属Derrien et al. 2004年
      • ハロフェルラ 属Yoon et al. 2008年
      • ルテオリバクター 属Yoon et al. 2008
      • 属 " Ca. Mariakkermansia" Orellana et al. 2022年
      • オセアニフェルラ 属Jin et al. 2022年
      • Persicirhabdus Yoon ら。 2008年
      • ロゼイバチルス 属Yoon et al. 2008
      • ルブリタレア 属Scheuermayer et al. 2006年
    • ファミリーSLCJ01
      • 属「Sulfuriroseicoccus」 Feng et al. 2022年
    • ヴェルコミクロビウム科 Ward-Rainey et al. 1996
      • 属「Fucophilus」Sakai et al. 2001b
      • ブレビフォリス 属大塚ら。 2013年
      • Genus Phragmitibacter Szuróczki et al. 2021年
      • プロステコバクター 属Staley et al. 1976 ex Staley et al. 1980
      • Roseimicrobium 属大塚ら 2013
      • Verrucomicrobium Schlesner属1988

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• 細菌属の一覧