ホモサピエンス種のタンパク質コード遺伝子
UFM1 利用可能な構造 ＰＤＢ オルソログ検索: PDBe RCSB
識別子 エイリアス UFM1 、BM-002、C13orf20、ユビキチンフォールド修飾因子1、ユビキチンフォールド修飾因子1、HLD14 外部ID オミム ：610553; MGI : 1915140; ホモロジーン : 9594; ジーンカード ：UFM1; OMA :UFM1 - オルソログ 遺伝子の位置（ マウス ） クロ。 染色体3（マウス） [2] バンド 3|3 Ｃ 始める 53,760,797 bp [2] 終わり 53,771,251 bp [2]
RNA発現 パターン ブギー 人間 マウス （相同遺伝子） トップの表現 精巣上体 脈絡叢上皮 精巣上体頭 精嚢 内淡蒼球 精巣上体の尾 膵臓の体 アキレス腱 子宮内膜 精子
トップの表現 右腎臓 心室帯 胚 胚 卵黄嚢 リップ 桑実胚 太ももの筋肉 上前頭回 左心室の心筋組織
参照表現データの詳細
バイオGPS
遺伝子オントロジー 分子機能 細胞成分 生物学的プロセス
細胞内エストロゲン受容体シグナル伝達経路の調節 タンパク質K69結合型ウミル化 小胞体ストレスへの反応 タンパク質の不完全化 アポトーシス過程の負の調節 脳の発達 出典:Amigo / QuickGO
オルソログ 種 人間 ねずみ エントレズ アンサンブル ユニプロット RefSeq (mRNA) NM_001286703 NM_001286704 NM_001286705 NM_001286706 NM_016617
RefSeq (タンパク質) NP_001273632 NP_001273633 NP_001273634 NP_001273635 NP_057701
場所 (UCSC) 13章: 38.35 – 38.36 Mb 3 章: 53.76 – 53.77 Mb PubMed 検索 [3] [4]
ウィキデータ
ユビキチンフォールド修飾因子1は UFM1 としても知られ 、ヒトでは UFM1 遺伝子 によってコードされる タンパク質 である。 [5] [6]
UFM1は ユビキチン 様タンパク質であり、E1様活性化酵素 UBA5 とE2様結合酵素 UFC1 によって標的タンパク質に結合されます。 [6]このプロセスは UFMylation と呼ばれることがよくあります 。 [7]
関数 UFM1 は、ユビキチン (Ub) や他の ユビキチン様タンパク質 (UBL) といくつかの共通点を持っています。Ufm1 は Ub と類似した 三次構造を 持っていますが、明らかな 配列類似性 はありません。これは、保存されたグリシンの他に 2 つのアミノ酸を追加した不活性前駆体形態 (pro-Ufm1) として合成されます。Ufm1 の結合メカニズムは、 ユビキチン の場合と同様です。成熟した Ufm1 は露出した C 末端 グリシン を持ち、これはその後の同族 E1 タンパク質 (Uba5) による活性化に不可欠です。この活性化ステップにより、ATP 存在下で高エネルギーチオエステル結合が形成されます。その後、Ufm1 は、 E2 活性部位の システインとの同様の チオエステル 結合を介して、同族 E2 様酵素 (Ufc1) に転移されます 。Ufm1 はさまざまな標的タンパク質と結合し、まだ特定されていないタンパク質と複合体を形成します。したがって、おそらく、Ufm1 を関連ターゲットに結合させる最終段階を実行する E3 リガーゼ (現在までに特定されたものはない) が存在する。Ufm1 によるタンパク質の修飾も可逆的である。現在までに、Ufm1 ペプチド C 末端融合を切断し、ネイティブな細胞内結合体から Ufm1 を除去する 2 つの新しい システイン プロテアーゼ( UFSP1 および UFSP2 )が特定されている 。これらのプロテアーゼは、ユビキチン脱結合酵素と明らかな相同性はない。Ufm1 結合のためのタンパク質 (Uba5、Ufc1、および Ufm1) はすべて動物および植物 (酵母を除く) に保存されており、多細胞生物で重要な役割を担っていることを示唆している。Ufm1 修飾の 生体内で の役割はまだ正確にはわかっていないが [8] 、主なターゲットはヒト細胞内の uL24/RPL26 であると思われる。 [7]
参考文献
^ abc GRCh38: Ensembl リリース 89: ENSG00000120686 – Ensembl 、2017 年 5 月 ^ abc GRCm38: Ensembl リリース 89: ENSMUSG00000027746 – Ensembl 、2017 年 5 月 ^ 「Human PubMed Reference:」。 国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館 。 ^ 「マウス PubMed リファレンス:」。 国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館 。 ^ 「Entrez Gene: UFM1 ユビキチンフォールド修飾子 1」。 ^ ab Komatsu M, Chiba T, Tatsumi K, Iemura S, Tanida I, Okazaki N, Ueno T, Kominami E, Natsume T, Tanaka K (2004年5月). 「ユビキチンフォールド修飾因子Ufm1の新しいタンパク質結合システム」. EMBO J. 23 ( 9): 1977–86. doi :10.1038/sj.emboj.7600205. PMC 404325. PMID 15071506 . ^ ab Walczak、クリストファー P.;レト、ダラ E.張立超。リーペ、セレステ。ミュラー、ライアン Y.ダローザ、ポール A.インゴリア、ニコラス・T.エリアス、ジョシュア E.コピト、ロン R. (2019-01-09)。 「リボソームタンパク質 RPL26 は UFMylation の主な標的です。」 米国科学アカデミーの議事録 。 116 (4): 1299–1308。 土井 ： 10.1073/pnas.1816202116 。 ISSN 0027-8424。 PMC 6347690 。 PMID 30626644。 ^ 「Boston Biochem UFM1 の概要」。2007年10月15日時点のオリジナルよりアーカイブ。 2008年5月21日 閲覧 。
さらに読む
Zhang QH、Ye M、Wu XY、他 (2001)。「CD34+ 造血幹細胞/前駆細胞で発現する 300 個の未定義遺伝子のオープンリーディングフレームを持つ cDNA のクローニングと機能解析」。Genome Res . 10 (10): 1546–60. doi :10.1101/gr.140200. PMC 310934 . PMID 11042152。 Yu Y、Zhang C、Zhou G、他 (2001)。「ヒト胎児肝臓における遺伝子発現プロファイリングと、コンパイルされた発現プロファイルおよび完全長 cDNA の効率的なクローニングによる組織および発達段階特異的遺伝子の同定」。Genome Res . 11 (8): 1392–403. doi :10.1101/gr.175501. PMC 311073. PMID 11483580 。 Strausberg RL、Feingold EA、Grouse LH、他 (2003)。「15,000 を超える完全長のヒトおよびマウス cDNA 配列の生成と初期分析」。Proc . Natl. Acad. Sci. USA . 99 ( 26): 16899–903。Bibcode : 2002PNAS ... 9916899M。doi : 10.1073/ pnas.242603899。PMC 139241。PMID 12477932 。 太田 孝文、鈴木 勇、西川 孝文、他 (2004)。「21,243 個の完全長ヒト cDNA の完全な配列決定と特性解析」。Nat . Genet . 36 (1): 40–5. doi : 10.1038/ng1285 . PMID 14702039。 Dunham A、Matthews LH、Burton J、他 (2004)。「ヒト染色体 13 の DNA 配列と分析」。Nature 428 ( 6982 ) : 522–8。Bibcode : 2004Natur.428..522D。doi : 10.1038 /nature02379。PMC 2665288。PMID 15057823 。 Komatsu M, Chiba T, Tatsumi K, et al. (2005). 「ユビキチンフォールド修飾因子 Ufm1 の新しいタンパク質結合システム」 EMBO J. 23 ( 9): 1977–86. doi :10.1038/sj.emboj.7600205. PMC 404325. PMID 15071506 . Gerhard DS、Wagner L、Feingold EA、他 (2004)。「NIH 完全長 cDNA プロジェクトの状況、品質、および拡張: 哺乳類遺伝子コレクション (MGC)」。 Genome Res . 14 (10B): 2121–7. doi :10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334 。 笹川弘、坂田英、山口裕、他(2006)。 「ユビキチンフォールド修飾因子である Ufm1 の溶液構造とダイナミクス 1」。 生化学。生物物理学。解像度共通 。 343 (1): 21-6。 土井 ：10.1016/j.bbrc.2006.02.107。 PMID 16527251。 Ewing RM、Chu P、Elisma F、他 (2007)。「質量分析法によるヒトタンパク質間相互作用の大規模マッピング」。Mol . Syst. Biol . 3 (1): 89. doi :10.1038/msb4100134. PMC 1847948. PMID 17353931 。
外部リンク
