ユービーアイ

利用可能なタンパク質構造:
パム	構造 / ECOD
ＰＤＢ	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBサム	構造の概要

E2結合ドメイン
E2結合ドメイン
	appbp1-uba3-nedd8、ATPとのE1ユビキチン様タンパク質複合体
識別子
シンボル	E2_バインド
パム	PF08825
インタープロ	著作権
パム
利用可能なタンパク質構造:
パム	構造 / ECOD
ＰＤＢ	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBサム	構造の概要

UB3 は
利用可能な構造
ＰＤＢ	オルソログ検索: PDBe RCSB
PDB IDコードのリスト
	1R4M、1R4N、1TT5、1Y8X、1YOV、2LQ7、2NVU、3DBH、3DBL、3DBR、3FN1、3GZN
識別子
エイリアス	UBA3、NAE2、UBE1C、フビキチン様修飾因子活性化酵素3
外部ID	オミム：603172; MGI : 1341217;ホモロジーン: 2951;ジーンカード：UBA3; OMA :UBA3 - オルソログ
遺伝子の位置（ヒト）
クロ。	染色体3（ヒト）
終わり	69,080,408 bp
遺伝子の位置（マウス）
クロ。	染色体6（マウス）
終わり	97,182,608 bp
RNA発現パターン
	トップの表現
	眼瞼結膜; ; 単球; ; 二次卵母細胞; ; 鼻咽頭上皮; ; 太ももの皮; ; 胚上皮; ; 歯肉上皮; ; 右心室; ; ヒップの皮膚; ; 副鼻腔粘膜;
	トップの表現
	耳板; ; 球形嚢; ; 髄質集合管; ; バレル皮質; ; 腎小体; ; 耳小胞; ; 原始的な線; ; 房室接合部; ; 内側神経節隆起; ; 上頸部神経節;
	参照表現データの詳細
	参照表現データの詳細
遺伝子オントロジー
分子機能	ヌクレオチド結合; リガーゼ活性; タンパク質結合; タンパク質ヘテロ二量体形成活性; 酸アミノ酸リガーゼ活性; NEDD8活性化酵素活性; ユビキチン様修飾因子活性化酵素活性; ATP結合; 同一のタンパク質結合; NEDD8トランスフェラーゼ活性; 核受容体結合;
細胞成分	核; 細胞質; 細胞質; タンパク質含有複合体;
生物学的プロセス	タンパク質分解; 細胞周期の調節; 有糸分裂細胞周期; 有糸分裂細胞周期; 細胞周期; 転写の負の調節、DNAテンプレート; 翻訳後タンパク質修飾; タンパク質のネディレーション; 小さなタンパク質結合によるタンパク質修飾;
	出典:Amigo / QuickGO
オルソログ
	9039
	22200
	ENSG00000144744
	ENSMUSG00000030061
	翻訳
	Q8C878
	NM_003968 ; NM_198195 ; NM_198197 ; NM_001363861
	NM_001111106 ; NM_001301857 ; NM_001301858 ; NM_001301859 ; NM_011666
	NP_003959 ; NP_937838 ; NP_001350790
	NP_001104576 ; NP_001288786 ; NP_001288787 ; NP_001288788 ; NP_035796
	ウィキデータ
人間の表示/編集	マウスの表示/編集

NEDD8活性化酵素E1触媒サブユニットは、ヒトではUBA3遺伝子によってコードされるタンパク質である。^[5]^[6]

ユビキチンによるタンパク質の修飾は、異常なタンパク質や短寿命のタンパク質を分解の標的とする重要な細胞メカニズムです。ユビキチン化には、少なくとも 3 つのクラスの酵素が関与します。ユビキチン活性化酵素 (E1)、ユビキチン結合酵素 (E2)、ユビキチンタンパク質リガーゼ (E3) です。この遺伝子は、E1 ユビキチン活性化酵素ファミリーのメンバーをコードしています。コードされている酵素は、アミロイドベータ前駆体タンパク質結合タンパク質である AppBp1 と結合してヘテロ二量体を形成し、その後、酵素複合体がユビキチン様タンパク質である NEDD8 を活性化します。NEDD8 は、細胞分裂、シグナル伝達、胚形成を制御します。この遺伝子には、異なるアイソフォームをコードする複数の選択的スプライシング転写バリアントが見つかっています。^[6]

この酵素はユビキチンに似たE2結合ドメインを含み、ユビキチンがユビキチン結合ドメインと相互作用するのと同様の方法でE2酵素UBE2M （Ubc12）の触媒コアをリクルートします。^[7]

インタラクション

UBE1CはNEDD8、^[8]、APPBP1 ^[9]、UBE2M ^[7]と相互作用することが示されている。

参考文献

^ abc GRCh38: Ensembl リリース 89: ENSG00000144744 – Ensembl、2017 年 5 月
^ abc GRCm38: Ensembl リリース 89: ENSMUSG00000030061 – Ensembl、2017 年 5 月
^ 「Human PubMed Reference:」。国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館。
^ 「マウス PubMed リファレンス:」。国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館。
^ 大阪F、川崎H、会田N、佐伯M、千葉T、川島S、田中K、加藤S (1998年8月)。「カリン-4A 用の新しい NEDD8 ライゲーションシステム」。遺伝子開発。12 (15): 2263–8。土井：10.1101/gad.12.15.2263。PMC 317039。PMID 9694792。
^ ab 「Entrez Gene: UBE1C ユビキチン活性化酵素 E1C (UBA3 ホモログ、酵母)」。
^ ab Huang DT、Paydar A、Zhuang M、Waddell MB、Holton JM、Schulman BA (2005 年 2 月)。「NEDD8 の E1 における E2 結合ドメインによる Ubc12 のリクルートメントの構造的基礎」。Mol . Cell . 17 (3): 341–50. doi : 10.1016/j.molcel.2004.12.020 . PMID 15694336。
^ Gong, L; Yeh ET (1999年4月). 「NEDD8結合経路の活性化酵素と結合酵素の同定」. J. Biol. Chem . 274 (17). 米国: 12036–42. doi : 10.1074/jbc.274.17.12036 . ISSN 0021-9258. PMID 10207026.
^ Chen, Y; McPhie DL; Hirschberg J; Neve RL (2000 年 3 月)。「アミロイド前駆体タンパク質結合タンパク質 APP-BP1 は SM チェックポイントを介して細胞周期を促進し、ニューロンのアポトーシスを引き起こす」。J . Biol. Chem . 275 (12)。米国: 8929–35。doi : 10.1074 / jbc.275.12.8929。ISSN 0021-9258。PMID 10722740 。

さらに読む

Gong L, Yeh ET (1999). 「NEDD8 結合経路の活性化酵素と結合酵素の同定」J. Biol. Chem . 274 (17): 12036–42. doi : 10.1074/jbc.274.17.12036 . PMID 10207026.
Gubin AN、Njoroge JM、 Bouffard GG、Miller JL (1999)。「増殖中のヒト赤血球細胞における遺伝子発現」。ゲノミクス。59 ( 2 ) : 168–77。doi :10.1006/geno.1999.5855。PMID 10409428 。
Chen Y、McPhie DL、Hirschberg J、Neve RL (2000)。「アミロイド前駆体タンパク質結合タンパク質 APP-BP1 は SM チェックポイントを介して細胞周期を促進し、ニューロンのアポトーシスを引き起こす」。J . Biol. Chem . 275 (12): 8929–35. doi : 10.1074/jbc.275.12.8929 . PMID 10722740。
Hartley JL、Temple GF、Brasch MA (2001)。「in vitro 部位特異的組み換えを用いた DNA クローニング」。Genome Res . 10 (11): 1788–95. doi :10.1101/gr.143000. PMC 310948. PMID 11076863 。
Wiemann S、Weil B、Wellenreuther R、他 (2001)。「ヒト遺伝子およびタンパク質のカタログに向けて：ヒトcDNAをコードする500個の新規完全タンパク質の配列決定および分析」。Genome Res . 11 (3): 422–35. doi :10.1101/gr.GR1547R. PMC 311072. PMID 11230166 。
Simpson JC、Wellenreuther R、Poustka A、et al. (2001)。「大規模cDNAシーケンシングによって同定された新規タンパク質の系統的細胞内局在」。EMBO Rep . 1 (3): 287–92. doi :10.1093/embo-reports/kvd058. PMC 1083732. PMID 11256614 。
Strausberg RL、Feingold EA、Grouse LH、他 (2003)。「15,000 を超える完全長のヒトおよびマウス cDNA 配列の生成と初期分析」。Proc . Natl. Acad. Sci. USA . 99 ( 26): 16899–903。Bibcode : 2002PNAS ... 9916899M。doi : 10.1073/ pnas.242603899。PMC 139241。PMID 12477932。
Walden H 、Podgorski MS、 Schulman BA (2003)。「NEDD8 活性化酵素の構造から得たユビキチン転送カスケードの洞察」。Nature。422 ( 6929 ): 330–4。Bibcode :2003Natur.422..330W。doi :10.1038/nature01456。PMID 12646924。S2CID 4370095。
Bohnsack RN、Haas AL (2003)。「ヒトAppBp1-Uba3ヘテロダイマーによるNedd8活性化メカニズムの保存」。J . Biol. Chem . 278 (29): 26823–30. doi : 10.1074/jbc.M303177200 . PMID 12740388。
Walden H、Podgorski MS、Huang DT、他 (2004)。「APPBP1-UBA3-NEDD8-ATP複合体の構造は、E1による選択的ユビキチン様タンパク質活性化の基礎を明らかにする」。Mol . Cell . 12 (6): 1427–37. doi : 10.1016/S1097-2765(03)00452-0 . PMID 14690597。
太田孝文、鈴木勇、西川孝文、他 (2004)。「21,243 個の完全長ヒト cDNA の完全な配列決定と特性解析」。Nat . Genet . 36 (1): 40–5. doi : 10.1038/ng1285 . PMID 14702039。
Huang DT、Miller DW、Mathew R、他 (2004)。「ユビキチン様タンパク質 NEDD8 の最適な結合に必要なユニークな E1-E2 相互作用」。Nat . Struct. Mol. Biol . 11 (10): 927–35. doi :10.1038/nsmb826. PMC 2862556. PMID 15361859 。
Gerhard DS、Wagner L、Feingold EA、他 (2004)。「NIH 完全長 cDNA プロジェクトの現状、品質、拡大: 哺乳類遺伝子コレクション (MGC)」。Genome Res . 14 (10B): 2121–7. doi :10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334 。
Wiemann S, Arlt D, Huber W, et al. (2004). 「ORFeome から生物学へ: 機能ゲノミクスパイプライン」Genome Res . 14 (10B): 2136–44. doi :10.1101/gr.2576704. PMC 528930. PMID 15489336 .
Huang DT、Paydar A、Zhuang M、他 (2005)。「NEDD8 の E1 における E2 結合ドメインによる Ubc12 のリクルートメントの構造的基礎」。Mol . Cell . 17 (3): 341–50. doi : 10.1016/j.molcel.2004.12.020 . PMID 15694336。
Mehrle A、Rosenfelder H、 Schupp I 、他 (2006)。「2006 年の LIFEdb データベース」。Nucleic Acids Res . 34 (データベース号): D415–8。doi : 10.1093/nar/gkj139。PMC 1347501。PMID 16381901。
Hiller M、Huse K、Szafranski K、他 (2007)。「NAGNAG アクセプターの一塩基多型は選択的スプライシングの変異を非常によく予測する」。Am . J. Hum. Genet . 78 (2): 291–302. doi :10.1086/500151. PMC 1380236. PMID 16400609 。
Norman JA、 Shiekhattar R (2006)。「Nedd8関連ポリペプチドの分析：ユビキチン様修飾の経路を解読するためのモデル」。生化学。45 ( 9): 3014–9。doi :10.1021/bi052435a。PMID 16503656 。
Li T、Santockyte R、Shen RF、他 (2006)。「ユビキチン様修飾子の酵素経路と基質を調査するための一般的なアプローチ」。Arch . Biochem. Biophys . 453 (1): 70–4. doi :10.1016/j.abb.2006.03.002. PMID 16620772。

外部リンク

PDBe-KBは、ヒトNEDD8活性化酵素E1触媒サブユニット（UBE1C）のPDBで利用可能なすべての構造情報の概要を提供します。

この記事にはパブリックドメインのPfamおよびInterPro : IPR014929からのテキストが組み込まれています。

[refGRCh38Ensembl-1] GRCh38: Ensembl リリース 89: ENSG00000144744 – Ensembl、2017 年 5 月

[refGRCm38Ensembl-2] GRCm38: Ensembl リリース 89: ENSMUSG00000030061 – Ensembl、2017 年 5 月

[3] 「Human PubMed Reference:」。国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館。

[4] 「マウス PubMed リファレンス:」。国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館。

[pmid9694792-5] 大阪F、川崎H、会田N、佐伯M、千葉T、川島S、田中K、加藤S (1998年8月)。「カリン-4A 用の新しい NEDD8 ライゲーションシステム」。遺伝子開発。12 (15): 2263–8。土井：10.1101/gad.12.15.2263。PMC 317039。PMID 9694792。

[entrez-6] 「Entrez Gene: UBE1C ユビキチン活性化酵素 E1C (UBA3 ホモログ、酵母)」。

[pmid15694336-7] Huang DT、Paydar A、Zhuang M、Waddell MB、Holton JM、Schulman BA (2005 年 2 月)。「NEDD8 の E1 における E2 結合ドメインによる Ubc12 のリクルートメントの構造的基礎」。Mol . Cell . 17 (3): 341–50. doi : 10.1016/j.molcel.2004.12.020 . PMID 15694336。

[pmid10207026-8] Gong, L; Yeh ET (1999年4月). 「NEDD8結合経路の活性化酵素と結合酵素の同定」. J. Biol. Chem . 274 (17). 米国: 12036–42. doi : 10.1074/jbc.274.17.12036 . ISSN 0021-9258. PMID 10207026.

[pmid10722740-9] Chen, Y; McPhie DL; Hirschberg J; Neve RL (2000 年 3 月)。「アミロイド前駆体タンパク質結合タンパク質 APP-BP1 は SM チェックポイントを介して細胞周期を促進し、ニューロンのアポトーシスを引き起こす」。J . Biol. Chem . 275 (12)。米国: 8929–35。doi : 10.1074 / jbc.275.12.8929。ISSN 0021-9258。PMID 10722740 。