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第三艦隊は11隻の船で構成され、1791年2月、3月、4月にイギリス王国を出港し、シドニー流刑地を目指した。船には2,000人以上の囚人が乗船していた。乗客には囚人、軍人、そして植民地の要職に就くために派遣された著名人が含まれていた。新興植民地にとってより重要だったのは、これらの船が食料などの物資も運んでいたことだった。
シドニーに最初に到着した船は、1791年7月9日に女性囚人と食料を積んだメアリー・アン号だった。メアリー・アン号は単独でシドニー湾まで航海しており、彼女が第2艦隊の最後の船だったのか、第3艦隊の最初の船だったのか、あるいはHMSゴルゴン号のように単に単独で航海していたのかについては議論がある。第3艦隊に間違いなく属する船はすべて一緒に出港した。
しかし、各艦隊を構成する船は、シドニー湾の入植者の視点から決定された。彼らにとって、2番目の船団は1790年（6月）に到着し、3番目の船団は1791年（7月～10月）に到着した。メアリー・アン号は1791年に到着した船である。
それから3週間後の1791年8月1日、次に到着した船はマチルダ号だった。マチルダ号の到着とともに、さらに9隻の船がシドニーに向かっており、間もなく到着する予定であるという知らせがもたらされた。最後の船であるアドミラル・バリントン号は、マチルダ号の到着からほぼ11週間後、メアリー・アン号の到着から14週間後の10月16日まで到着しなかった。
アトランティック、サラマンダー、ウィリアム・アンド・アンはプリマスを出港した。これらの艦の海軍代理人はリチャード・ボーエン中尉であった。アルベマール、アクティブ、アドミラル・バリントン、ブリタニア、マチルダはポーツマスを出港した。これらの艦の海軍代理人はロバート・パリー・ヤング中尉であった。クイーンはアイルランドのコークを出港した。クイーンには専属の海軍代理人、サミュエル・ブロウ中尉がいた。
囚人を引き渡した後、アクティブ、アドミラル・バリントン、アルベマール、クイーンはインドに向けて出航した。アクティブとアルベマールは帰港間近でフランスの私掠船に拿捕された。アドミラル・バリントンの乗組員のほとんどはボンベイ近郊で海賊に殺害されたが、船は回収されたようである。1797年、フランスの私掠船に拿捕された。
ブリタニア号、メアリー・アン号、マチルダ号、サラマンダー号、そしてウィリアムとアン号は捕鯨に出かけた。ブリタニア号は数年後の1806年、ニューサウスウェールズ沖で難破した。マチルダ号は1792年2月に浅瀬で難破した。
上記の表から、この航海中に男性囚人173名と女性囚人9名が死亡したことがわかる。この死亡率は高かったが、第2艦隊で発生した死亡率ほど高くはなかった。第3艦隊に到着した囚人は以下の通りである。[ 1 ]