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第2艦隊は、1790年にオーストラリアのシドニー湾へ入植者、囚人、物資を輸送した6隻の船団である。これは、1788年1月26日にオーストラリアにヨーロッパ人の入植地を築いた第1艦隊に続くものであった。
第2艦隊は、船内の劣悪な環境と囚人に対する残虐行為や虐待で歴史的に悪名高い。艦隊で輸送された1,006人の囚人のうち、4分の1が航海中に死亡し、約40パーセントがオーストラリア到着後6か月以内に死亡した。[ 1 ]ある船の船長と数人の乗組員が囚人に対する犯罪で起訴されたが、短い裁判の後、無罪となった。
船団はオーストラリアへ向かうため、1789年にシドニー湾に到着する予定だった。しかし、1隻は航海中に故障して目的地にたどり着けず、もう1隻は遅延して他の船より2か月遅れて到着した。植民地側は、艦隊には未熟練の囚人が少なく、物資が多いと予想していた。しかし、到着した船団には多くの病人や死者が出ており、物資もほとんどなかったため、 1791年に第三艦隊がシドニー湾に到着する前に、入植地は飢餓寸前の状態に陥った。
レディ・ジュリアナ号は他の囚人輸送船より先に航海したため、第二艦隊の一員として数えられることは必ずしもありません。同船は女性囚人を乗せていました。 [ 2 ]補給船ジャスティニアンは囚人輸送船とは一緒に航海せず、（レディ・ジュリアナ号を除いて）囚人輸送船より先に到着しました。HMSガーディアン号は 囚人輸送船より先に出航しましたが、喜望峰を出た後氷にぶつかり、南アフリカに戻り、海岸で難破しました。
サプライズ号、ネプチューン号、スカーバラ号は、カムデン、カルバート＆キング社から委託されたもので、同社は囚人の輸送、衣服の提供、食料の提供を、囚人1人あたり一律17ポンド7シリング6ペンス、または17.38ポンド（2025年換算で2,266ポンド）で請け負った。囚人が生きて上陸したか否かは関係なかった。この会社は以前、北アメリカへの奴隷輸送に関わっていた。乗組員の中で王室の代理人は、海軍代理人のジョン・シャプコート中尉と近衛隊長のみで、その他の乗組員はすべてカムデン＆カルバート社が提供した。
3隻の船は1790年1月19日にイギリスを出港し、1,006人の囚人（男性928人、女性78人）を乗せていた。途中、喜望峰に1度だけ寄港した。ここで、HMSガーディアンの生存者である男性囚人20人が乗船した。3隻の船は第一艦隊よりも速い航海をし、1790年6月の最終週にポート・ジャクソンに到着した。これはレディ・ジュリアナ号の3週間後、補給船ジャスティニアン号の1週間後のことだった。[ 3 ]
航海は比較的速かったが、死亡率はオーストラリアへの流刑の歴史上最も高かった。乗船した囚人1,038人のうち、273人（26％）が航海中に死亡し、486人（乗船者の47％）が病気で上陸した。[ 4 ] これは、ほぼ同数の囚人が乗船した第一艦隊の死亡率とは著しく対照的である。第一艦隊では「死亡者はわずか24人で、病気で上陸した者は30人ではなかった。この違いは、各艦隊の装備と運用方法を比較することによってのみ説明できる。」[ 5 ]
ネプチューン号では、囚人たちは意図的に飢餓状態にされ、鎖で繋がれ、甲板への立ち入りを頻繁に拒否された。壊血病の蔓延を防ぐことはできなかった。スカーバラ号では、食料配給が意図的に差し控えられたわけではなかったが、反乱未遂の報告により、囚人たちは甲板下に厳重に閉じ込められた。[ 6 ]
警備隊長のウィリアム・ヒル船長は後に船長たちを厳しく批判し、「不幸な人々から食料を差し控えるほど、外国市場で処分できる食料が増え、航海の早い段階で死ねば、死者の手当を長く受け取ることができる」と述べた。[ 7 ]
ポート・ジャクソンに到着した囚人たちは、半裸で寝具もなく横たわっており、病気で動くこともできなかった。歩けない者は船べりから投げ出された。全員がシラミに覆われていた。少なくとも486人の病人が上陸した。そのうち124人は上陸後まもなく死亡した。残りの人々については、船が港に到着するとすぐに彼らのところへ行ったジョンソン牧師が、「彼らの間で見た悲惨さは言葉では言い表せない…頭、体、衣服、毛布はすべてシラミだらけだった。彼らは惨めで、裸で、汚く、不潔で、シラミだらけで、その多くは立つことも、這うことも、手足を動かすことさえ全くできなかった」と記している。[ 8 ]
フィリップ総督は、「これらの人々が上陸した際に病院や病室で見られた悲惨な状況については詳しく述べませんが、請負業者が船にあまりにも多くの人を詰め込み、航海中に彼らが過度に閉じ込められたことが原因であると言わなければ、義務を怠ることになるでしょう」と述べた。[ 9 ]
第二艦隊で到着した人々の中には、ネプチューン号に乗船していたダーシー・ウェントワースとその囚人愛人キャサリン・クロウリー、そしてスカーバラ号に乗船していた当時ニューサウスウェールズ軍団の若き中尉ジョン・マッカーサーとその妻エリザベスがいた。マッカーサーの長男エドワード・マッカーサーは、両親とともにネプチューン号とスカーバラ号に乗船しており、第二艦隊で航海した人物の中で唯一写真が残っており、かつ航海の最後の生存者であると考えられている（下記の参考文献を参照）。
第二艦隊の惨劇の知らせがイギリスに届くと、国民も政府も衝撃を受けた。調査は行われたものの、狂気のサディストと評されたネプチューン号の船長ドナルド・トレイル（別名：トレイル）を逮捕したり、彼や他の船長、あるいは請負業者を公訴したりする試みはなされなかった。彼らはすでに政府から、1791年にポート・ジャクソンへ向かう第三艦隊の準備作業を請け負っていたのである。
トレイルと彼の航海士長ウィリアム・エレリントンは、身元不明の囚人、船員アンドリュー・アンダーソン、そしてコックのジョン・ジョセフの殺害容疑で私訴された。しかし、海事裁判所でジェームズ・マリオット卿の前で行われた3時間に及ぶ裁判の後、陪審は「判事が証拠を要約する手間をかけることなく」、両者を全ての容疑で無罪とした。
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