バイオモビー

バイオモビー

初回リリース	2001年9月21日 ( 2001-09-21 )
書かれた	パール
タイプ	バイオインフォマティクス
ライセンス	芸術的ライセンスとGPL
Webサイト	バイオモビー

BioMOBYはバイオインフォマティクスで使用されるWebサービスのレジストリです。標準オントロジーから取得した用語でサービスに注釈を付けることで、生物学的データホストと分析サービス間の相互運用性を実現します。BioMOBYはArtistic Licenseの下でリリースされています。^[1]

BioMoby プロジェクトは、2001 年 9 月 21 日にサスカチュワン州エマ レイクで開催されたモデル生物の Bring Your Own Database Interface Conference (MOBY-DIC)で始まりました。このプロジェクトは、スタンフォード大学カーネギー研究所で開催された遺伝子オントロジー開発者会議でのMark D Wilkinson 氏とSuzanna Lewis 氏の会話から生まれました。この会議では、Genquire と Apollo ゲノム注釈ツールの機能が議論され、比較されていました。ゲノムを正確に注釈するために必要な無数のデータ ソースとこれらのツールが対話できるようにするシンプルな標準が欠如していることは、両方のシステムにとって重大な問題でした。

BioMOBY プロジェクトへの資金提供はその後、Genome Prairie (2002 ～ 2005 年)、Genome Alberta (2005 年以降) によって採用され、一部はカナダの X-omic イニシアチブを主導する非営利機関 であるGenome Canadaを通じて行われました。

BioMOBY プロジェクトには 2 つの主要なブランチがあります。1 つは Web サービス ベースのアプローチで、もう 1 つはセマンティック Web テクノロジを活用します。この記事では、Web サービス仕様についてのみ説明します。プロジェクトのもう 1 つのブランチである Semantic Moby については、別のエントリで説明します。

Moby プロジェクトは、生物学的データ タイプ、生物学的データ形式、およびバイオインフォマティクス分析タイプを記述する 3 つのオントロジーを定義します。Moby で見られる相互運用可能な動作のほとんどは、オブジェクト (データ形式) および名前空間 (データ タイプ) オントロジーを通じて実現されます。

MOBY 名前空間オントロジーは、遺伝子オントロジー プロジェクトの相互参照略語リストから派生したものです。これは、バイオインフォマティクスで使用されるさまざまな種類の識別子の略語のリストです。たとえば、Genbank には、すべてのシーケンス レコードを列挙するために使用される「gi」識別子があります。これは、名前空間オントロジーでは「NCBI_gi」として定義されています。

MOBY オブジェクト オントロジーは、データ形式間の IS-A、HAS-A、および HAS 関係で構成されるオントロジーです。たとえば、DNASequence は IS-A GenericSequence であり、HAS-A String はシーケンスのテキストを表します。Moby のすべてのデータは、なんらかのタイプの MOBY オブジェクトとして表される必要があります。このオントロジーの XML シリアル化は、Moby API で定義されており、任意のオントロジー ノードが予測可能な XML 構造を持ちます。

したがって、これら 2 つのオントロジーの間で、サービス プロバイダーやクライアント プログラムは、Moby XML の一部を受信し、その構造と「意図」(セマンティクス) の両方をすぐに知ることができます。

Moby の最後のコアコンポーネントは、MOBY Central Web サービス レジストリです。^[2] MOBY Central は、オブジェクト、名前空間、およびサービスのオントロジーを認識しているため、Moby データを所有する消費者と、そのデータ型 (または互換性のあるオントロジー データ型) を使用するか、特定の操作を実行すると主張するサービス プロバイダーをマッチングできます。この「セマンティック マッチング」により、レジストリ クエリで関連するサービス プロバイダーのみが識別され、さらに、所有データがそのサービス プロバイダーにそのまま渡されることが保証されます。このように、消費者とサービス プロバイダー間のやり取りは、それぞれ Gbrowse Moby ^[3]および Ahab クライアントで示されているように、部分的または完全に自動化できます。^[4]

BioMOBY は、その中核的な操作にW3CのRDFまたはOWL標準を使用していません。これは、プロジェクトが始まった 2001 年にこれらの標準がどちらも安定していなかったことと、これらの標準のライブラリ サポートが当時の最も一般的な言語 (Perl や Java など) のいずれにおいても「コモディティ」ではなかったことが原因です。

それにもかかわらず、BioMOBY システムはセマンティック ウェブのような動作としか言いようのない動作を示します。BioMOBY オブジェクト オントロジーは、 OWLオントロジーがRDFデータ インスタンスを定義するのとまったく同じ方法で有効なデータ構造を制御します。BioMOBY Web サービスはBioMOBY XML ^[5]を消費および生成しますが、その構造は BioMOBY オブジェクト オントロジーによって定義されます。そのため、BioMOBY Web サービスは、最終的な RDF/OWL 標準を使用していないにもかかわらず、2001 年以来、 典型的なセマンティック ウェブ サービスとして機能しています。

ただし、BioMOBY は 2006 年現在、オブジェクト、名前空間、サービス、およびレジストリの記述に RDF/OWL 標準を利用しています。これらのオントロジーは、DL 推論エンジンを使用するすべての BioMOBY 機能の動作を制御するためにますます使用されています。

BioMOBY のサービス レジストリを検索および参照できるクライアント アプリケーションはいくつかあります。最も人気のあるものの 1 つは、 MyGridプロジェクトの一部として構築されたTaverna ワークベンチです。最初の BioMOBY クライアントは Gbrowse Moby ^[6]で、 2001 年に BioMoby サービスのプロトタイプ バージョンにアクセスできるように作成されました。Gbrowse Moby は BioMoby ブラウザーであるだけでなく、Taverna ワークベンチと連携して、Gbrowse Moby のブラウジング セッションを反映する SCUFL ワークフローを作成し、高スループット環境で実行できるようになりました。Seahawk アプレットには、セッション履歴を Taverna ワークフローとしてエクスポートする機能もあり、これは例によるプログラミング機能です。^[7]

Ahabクライアントは完全に自動化されたデータマイニングツールです。^[4]開始点が与えられると、あらゆるBioMOBYサービスを検出して実行し、クリック可能なインターフェースで結果を提供します。

• オープンバイオインフォマティクス財団
• SADI セマンティック自動検出および統合フレームワーク

• Gordon, Paul MK; Sensen, Christoph W. (2007 年 6 月 18 日) 。 「Seahawk: Web ベースのバイオインフォマティクス分析における HTML を超える」。BMC Bioinformatics。8 ( 1): 208。doi : 10.1186 / 1471-2105-8-208。ISSN 1471-2105。PMC  1906838。PMID 17577405。 

• BioMOBY公式ウェブサイト
• Connotea を使用してタグ付けされた BioMOBY に関する出版物
• エマ・レイク
• 遺伝子オントロジー
• マーク・D・ウィルキンソン
• ゲノムアルバータ
• ゲノムカナダ
• ゲノムプレーリー
• 名前空間
• オブジェクト
• サービス
• 名前空間オントロジー