マイグリッド

myGridコンソーシアムは、「e-Scientistsが科学に取り組み、科学者と協力するのを支援する」ために設計された一連のツールを制作し、使用しています。このツールはe-ラボの作成をサポートし、システム生物学、社会科学、音楽、天文学、^[1] マルチメディア、化学など、さまざまな分野で使用されています。^{[2] [3]}

このコンソーシアムは、 英国マンチェスター大学コンピューターサイエンス学部のキャロル・ゴーブル氏が率いています。

myGrid コンソーシアムによって開発されたツールには次のものがあります。

• 科学的なワークフローを設計、編集、実行するためのTavernaワークベンチ^{[4] [5] [6]}
• ワークフローと関連データを共有するためのmyExperiment ^[7]
• BioCatalogue生命科学者のためのWebサービスの公開レジストリ^[8]
• Seek ^{[9] [10]} SysModb: Systems Biology of Micro-Organisms DataBase ^{[11] [12]}との共同制作システム生物学におけるデータ、モデル、プロセスの検索、共有、交換
• MethodBox ^{[13] [14]}データセットを閲覧し知識を共有する。
• RightField ^{[15] [16]}スプレッドシートにオントロジー注釈を埋め込むことでデータの意味を共有する
• 腎臓および尿路データベース（KUPKB）^{[17] [18] [19]}
• ワークフローフォーエバー（wf4ever）^{[20] [21]}科学的ワークフローの保存

コンソーシアムには 3 つの異なるフェーズがあります。

このコンソーシアムは2001年に結成され、マンチェスター大学、サウサンプトン大学、ニューカッスル大学、ノッティンガム大学、シェフィールド大学、ケンブリッジの欧州分子生物学研究所・欧州バイオインフォマティクス研究所^[22]（EMBL-EBI）、産業界のパートナーであるグラクソ・スミスクライン、メルク、アストラゼネカ、サン・マイクロシステムズ、IBM、ジェネティックエクスチェンジ、エピステミクス、セレブラ（旧ネットワーク・インファレンス）の協力者が集まった。英国工学物理科学研究会議はプロジェクトの第1フェーズに350万ポンドの資金を提供した。^[23]

これまで、グリッド開発は、世界中の科学コミュニティの情報とツールを高性能な環境で利用できるようにするために必要な、ストレージ、計算、リソース管理という基本的な問題に重点を置いてきました。しかし、e-サイエンスの観点から見ると、グリッドの目的は、地理的に分散した科学者が研究目標をより効果的に達成できるように、協力的で支援的な環境を提供することです。MyGrid は、科学者が複雑な分散リソースを活用できるように、既存のグリッド インフラストラクチャ上でより高度な機能を設計、開発、実証します。

このプロジェクトでは、 Taverna ^{[4] [5] [6]と呼ばれる}eサイエンスワークベンチを開発し、以下をサポートしています。

• 実験的調査、証拠の蓄積、結果の統合という科学的プロセス。
• 科学者によるコミュニティの情報の利用
• 科学的なコラボレーションにより、ダイナミックなグループが新たな研究上の問題に取り組むことが可能になります。

myGrid プロジェクトでは、 Taverna やその他の科学ワークフロー システムからの科学ワークフローを共有できるように、myExperimentも開発しました。

Taverna ワークベンチは、リソースの選択、データ管理、およびプロセスの実行に関連するパーソナライゼーション機能を提供することで、個々の科学者をサポートします。設計および開発活動は、多くの共有ツール リソースを備えた高度に分散されたコミュニティを特徴とするバイオインフォマティクスの問題に基づいて行われ、それらの問題を使用して評価されます。myGrid は、機能ゲノムデータの分析で個々の科学者をサポートするアプリケーション環境と、パターンデータベースの注釈をサポートするアプリケーションの 2 つを開発します。これらのタスクは両方とも、科学的プロセスの明示的な表現と実行を必要とし、厳しいパフォーマンス要件があります。

フェーズ2では、2006年から2009年にかけて、コンソーシアムはOpen Middleware Infrastructure Instituteの一部として200万ポンド^{[24]の資金提供を受けました。コンソーシアムの会員は}マンチェスター大学とEMBL-EBIに集中していました。

2008年12月、英国の工学・物理科学研究会議は、チームの助成金更新提案を承認した。助成金は115万ポンド^[25]で、2009年1月に開始された。フェーズ3のmyGridチームのメンバーは、マンチェスター大学とサウサンプトン大学である。プロジェクトは、eサイエンスのための知識管理、eラボにおけるメタデータ管理、科学的ワークフローの設計、管理、実施、eサイエンティストのためのソーシャルコンピューティングという4つのテーマを中心に構成されている。ソーシャルコンピューティングのテーマは、科学的研究オブジェクトのソーシャルキュレーションと共有のためのmyExperiment ^[7] 仮想研究環境（VRE）を中心に据えている。