私の実験

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コンテンツ
説明	私の実験
接触
研究センター	マンチェスター大学コンピュータサイエンス学部
主な引用	ゴブルら（2010）
アクセス
Webサイト	http://www.myexperiment.org

myExperimentは、科学的ワークフローなどの研究対象を共有する研究者のためのソーシャルウェブサイトです。^[2]^[3]^[4]^[5]

myExperimentウェブサイトは2007年11月に開設され、さまざまなワークフローシステム（最も有名なのはTaverna）の科学的ワークフローの重要なコレクションが含まれていますが、 Bioclipseなどの他のツールもあります。myExperimentにはREST APIがあり、オープンソースのRuby on Railsコードベースに基づいています。リンクされたデータをサポートし、対話型チュートリアルを備えたSPARQLエンドポイントがありました。 ^[6]^[7]^[8]^[9]

起源

myExperimentプロジェクトは、当初はサウサンプトン大学(後のオックスフォード大学)のDavid De Roureが指揮し、英国マンチェスター大学のCarole Gobleが率いるmyGrid コンソーシアムと、オックスフォード e-Research センターが率いる e-Research South UK 地域コンソーシアムの活動の1 つでした。当初は、Virtual Research Environment プログラムの下でJiscと Microsoft Technical Computing Initiative によって資金提供されていました。

デジタル実験の記録

myExperiment の当初のアイデアは、計算実験を登録されたワークフロー (構成されたワークフローランナー API に送信) の実行としてキャプチャすることだったかもしれませんが、実際には、myExperiment のほとんどのユーザーは、おそらくサンプルファイルを含むワークフロー定義のみを共有していました。

研究対象の開発への影響

myExperimentオントロジー ^[10]には、ソーシャルネットワーキング、属性、実験、ワークフロー構造の詳細が含まれていました。この研究は、学術情報の識別、集約、交換のためのリンクデータ手法であるリサーチオブジェクト[11]のアイデアの形成に役立ちました。myExperimentオントロジーでは^、リサーチオブジェクトは、ワークフローを含む、タイプ分けされた関連リソースの「パック」として大まかに表現されていました。

myExperimentはその後、ワークフローフォーエバープロジェクト（Wf4Ever）^[12]によって強化され、2011年にはdLibraデジタルライブラリフレームワークと組み合わせて研究オブジェクトの保存をサポートする新しい機能を提供することを目指しました。^[13]^[14]

Wf4EverとワークフローシステムTaverna（当時はmyGridによって管理されていた）との共同開発により、研究オブジェクトモデルオントロジーが作成された。^{[15] ROモデルはmyExperimentオントロジーの概念的アイデアの多くを採用しているが、中心となるデジタルオブジェクトとして}OAI-ORE集合体を基盤とし、再現性とW3C来歴モデルPROVとの統合を主な目標としているため、代替ROモデルはワークフローレジストリのソーシャルネットワークから独立している。

2019年には、その後の研究オブジェクトクレート（RO-Crate）の開発により、ROモデルがJSON-LDでシリアル化されたschema.orgのプロファイルに置き換えられました。これは学術成果物の汎用的な目的でした。このオントロジーのないアプローチは、ZIPアーカイブにパッケージ化するのに適しており、リンクトデータの経験がない開発者にとってより使いやすいことを目的としていました。^[16]

現在の状況

myexperiment.orgは2024年現在、マンチェスター大学のキャロル・ゴーブル教授のeScience Labでレガシーサービスとしてホストされています。^[17]

研究グループはその後^[18]^[19] myExperimentの代替として、ワークフローレジストリworkflowhub.eu ^[20]を立ち上げました。これはRO-Crateのプロファイルを使用して、ワークフローをそのコンテキストと依存関係とともに公開します。ただし、myExperimentとは対照的に、WorkflowHubはソーシャルネットワークの側面（エントリの機関/プロジェクト組織以外）に焦点を当てておらず、実験をキャプチャしようともしません。

参考文献

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[nar-1] Goble, CA ; Bhagat, J.; Aleksejevs, S.; Cruickshank, D.; Michaelides, D.; Newman, D.; Borkum, M.; Bechhofer, S.; Roos, M.; Li, P.; De Roure, D. (2010). 「MyExperiment: バイオインフォマティクスワークフローを共有するためのリポジトリおよびソーシャルネットワーク」。Nucleic Acids Research . 38 (Web Server 版): W677–W682. doi :10.1093/nar/gkq429. PMC 2896080 . PMID 20501605.

[2] Bechhofer, S.; Buchan, I.; De Roure, D .; Missier, P.; Ainsworth, J.; Bhagat, J.; Couch, P.; Cruickshank, D.; Delderfield, M.; Dunlop, I.; Gamble, M.; Michaelides, D.; Owen, S.; Newman, D.; Sufi, S.; Goble, C. (2011). 「科学者にとってリンクされたデータだけでは不十分な理由」(PDF) . Future Generation Computer Systems . 29 (2): 599. doi :10.1016/j.future.2011.08.004. S2CID 16783450.

[3] De Roure, D. ; Goble, C. ; Stevens, R. (2009). 「ワークフローのソーシャル共有のための myExperiment 仮想研究環境の設計と実現」(PDF) . Future Generation Computer Systems . 25 (5): 561–567. doi :10.1016/j.future.2008.06.010.

[4] Roure, DD ; Goble, C. ; Bhagat, J.; Cruickshank, D.; Goderis, A.; Michaelides, D.; Newman, D. (2008). 「MyExperiment: ソーシャル仮想研究環境の定義」 2008 IEEE 第 4 回国際 e サイエンス会議(PDF) . pp. 182–189. doi :10.1109/eScience.2008.86. ISBN 978-1-4244-3380-3. S2CID 11104419。

[5] De Roure, D. ; Goble, C. (2009). 「科学者を支援するソフトウェア設計」(PDF) . IEEE ソフトウェア. 26 : 88–95. doi :10.1109/MS.2009.22. S2CID 33191938.

[6] 「SPARQLの使い方」。myExperiment RDF。2019年3月26日時点のオリジナルよりアーカイブ。

[7] Gewin, Virginia (2008). 「新しいネットワーキングのつながり: 多数のウェブサイトにより、科学者間のネットワーキングがかつてないほど容易になっています」. Nature . 451 (7181): 1024–1025. doi :10.1038/nj7181-1024a. PMID 18363200.

[8] Hendler, J. (2008). 「学術出版の改革、パート3」. IEEE Intelligent Systems . 23 : 2–3. doi :10.1109/MIS.2008.12.

[9] Stein, LD (2008). 「生物科学のためのサイバーインフラストラクチャに向けて：進歩、ビジョン、課題」Nature Reviews Genetics . 9 (9): 678–688. doi :10.1038/nrg2414. PMID 18714290. S2CID 339653.

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[wf4ever-12] “Home - wf4ever”. 2012年11月7日時点のオリジナルよりアーカイブ。 2012年6月19日閲覧。

[13] ttps://www.newscientist.com/article/mg19225745.500-myspace-for-the-dudes-in-lab-coats.html MySpace for the dudes in lab coats in New Scientist誌、第 2574 号、29 ページ。2006 年 10 月 21 日。

[14] ttp://www.timeshighereducation.co.uk/story.asp?storycode=404834 Times Higher Education の記事「Log on to a global laboratory: web 2.0 tools allow studies to share ideas, data and results」(Sarah Collinson と Zoe Corbyn 著)、「Research intelligence」セクション、22 ページ (2009 年 1 月 1 日)。

[15] 。土井：10.1016/j.websem.2015.01.003。hdl : 1887/78857。 {{cite journal}}:ジャーナルを引用するには|journal=(ヘルプ)が必要です。欠落しているか空です|title=(ヘルプ)

[16] 。arXiv : 2108.06503。土井：10.3233/DS-210053。 {{cite journal}}:ジャーナルを引用するには|journal=(ヘルプ)が必要です。欠落しているか空です|title=(ヘルプ)

[17] "myExperiment". eScience Lab . 2024年6月15日閲覧。

[18] 「WorkflowHub」。eScience Lab 。 2024年6月15日閲覧。

[19] 「WorkflowHub」。マンチェスター大学オープンリサーチオフィス。 2024年6月15日閲覧。

[20] EOSC-LifeワークフローコラボレーティブにおけるFAIRデジタルオブジェクトの実装（レポート）。Zenodo。2021年3月21日。doi :10.5281/zenodo.4605654。