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| TBP関連因子（TAF6） | |||||||||
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 ショウジョウバエ dtafii42/dtafii62 (TAF6/TAF9 と同様) ヘテロ四量体、HFD | |||||||||
| 識別子 | |||||||||
| シンボル | タフ | ||||||||
| パム | PF02969 | ||||||||
| ファム一族 | CL0012 | ||||||||
| インタープロ | 著作権 | ||||||||
| SCOP2 | 1bh9 / スコープ / SUPFAM | ||||||||
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TBP関連因子( TAF ) は、転写開始時にTATA 結合タンパク質と関連するタンパク質です。これは転写 開始因子 TFIID多量体タンパク質複合体の一部です。また、 SL1を含む他の多くの因子も構成しています。これらは、 RNA ポリメラーゼ IIによるDNAからRNAへの転写の前段階である転写前開始複合体の形成を媒介します。
TAFは特徴的なN末端ヒストン様フォールドドメイン（HFD）を有する。[1]このドメインは特定のTAF間の相互作用に関与している。[2]
関数
TFID
TFIIDは、様々な活性化因子や抑制因子に対するプロモーター応答を媒介する中心的な役割を果たしています。TFIIDはTAFII-250に強く結合し、TAFII-40と直接相互作用します。TFIIDはTATA結合タンパク質（TBP）といくつかのTBP関連因子（TAFS）で構成されています。[3]
TAF は TFIID 複合体の一部であり、以下と相互作用します。
- 特異的転写活性化因子
- 基礎転写因子
- その他のTAFII
- 特定のDNA配列、例えば下流プロモーター要素または遺伝子特異的コアプロモーター配列
このような相互作用により、転写活性化とプロモーター選択性に寄与する。[3]
TAFのいくつかのペアは相互作用してTFIIDの「ローブ」を形成します。TFIIDに存在することが知られている、または示唆されているペアには、TAF6-TAF9、TAF4-TAF12、TAF11-13、TAF8-TAF10、およびTAF3-TAF10があります。[2]
SL1
選択因子1は、 TATA結合タンパク質と3つのTAF（TATAボックス結合タンパク質関連因子）サブユニット（TAF1A、TAF1B、およびTAF1C ）で構成されています。これらのTAFにはヒストンのようなフォールドドメインがありません。[4]
その他の複合施設
TAFはSAGA（SPT-ADA-GCN5アセチラーゼ）および関連する共活性化複合体の一部です。[2]このような複合体はヒストンテールをアセチル化して遺伝子を活性化します。[5]ヒトには3つのSAGA様複合体があります：PCAF、TFTC（TBPフリーTAF含有複合体）、およびSTAGA（SPT3 - TAF9 - GCN5Lアセチラーゼ）。PCAF（GCN5）とKAT2A（GCN5L）は酵母Gcn5の2つのヒトホモログです。[6]
TAF8、TAF10、SPT7LはSMATと呼ばれる小さなTAF複合体を形成します。[2]
構造
TAFのN末端ドメインはヒストンのようなタンパク質フォールドを持ち、2つの短いαヘリックスと長い中央αヘリックスから構成されています。[1]
人間の遺伝子
- TAF1（TAFII250）
- TAF2（CIF150）
- TAF3 (TAFII140)
- TAF4 (TAFII130/135)
- TAF4B (TAFII105)
- TAF5（TAFII100）
- TAF6 (TAFII70/80)
- タフ6L（PAF65A）
- TAF7 (TAFII55)
- TAF8 (TAFII43)
- TAF9 (TAFII31/32)
- TAF9B (TAFII31L)
- TAF10（TAFII30）
- TAF11 (TAFII28)
- TAF12 (TAFII20/15)
- TAF13 (TAFII18)
- TAF15 (TAFII68)
さまざまな署名
TAF ドメインは多くのデジタル署名に分散しています。
参考文献
- ^ ab Xie X, Kokubo T, Cohen SL, Mirza UA, Hoffmann A, Chait BT, Roeder RG, Nakatani Y, Burley SK (1996 年 3 月). 「TAF とヒストンオクタマーのヘテロテトラマーコアの構造類似性」. Nature . 380 (6572): 316–22. Bibcode :1996Natur.380..316X. doi :10.1038/380316a0. PMID 8598927. S2CID 4329570.
- ^ abcd Demény MA, Soutoglou E, Nagy Z, Scheer E, Jànoshàzi A, Richardot M, Argentini M, Kessler P, Tora L (2007 年 3 月). 「小さな TAF 複合体の同定と TAF 含有複合体の組み立てにおけるその役割」. PLOS ONE . 2 (3): e316. Bibcode :2007PLoSO...2..316D. doi : 10.1371 /journal.pone.0000316 . PMC 1820849. PMID 17375202.
- ^ ab Furukawa T, Tanese N (2000 年 9 月). 「哺乳類細胞における部分的 TFIID 複合体の組み立てにより、個々の TATA ボックス結合タンパク質関連因子に関連する明確な活性が明らかになる」. The Journal of Biological Chemistry . 275 (38): 29847–56. doi : 10.1074/jbc.M002989200 . PMID 10896937.
- ^ Friedrich JK、Panov KI、Cabart P、Russell J、Zomerdijk JC (2005 年 8 月)。「TBP-TAF 複合体 SL1 は RNA ポリメラーゼ I 開始前複合体の形成を誘導し、rDNA プロモーターの上流結合因子を安定化する」。The Journal of Biological Chemistry。280 ( 33): 29551–8。doi : 10.1074 / jbc.M501595200。PMC 3858828。PMID 15970593。
- ^ Bonnet J、Wang CY、Baptista T、Vincent SD、Hsiao WC、Stierle M、Kao CF、Tora L、Devys D (2014 年 9 月)。「SAGA コアクチベーター複合体は転写されたゲノム全体に作用し、RNA ポリメラーゼ II 転写に必要である」。遺伝子と発達。28 ( 18): 1999–2012。doi : 10.1101 /gad.250225.114。PMC 4173158。PMID 25228644。
- ^ Martinez E、Palhan VB、Tjernberg A、Lymar ES、Gamper AM、Kundu TK、Chait BT、Roeder RG (2001 年 10 月)。「ヒト STAGA 複合体は、生体内で pre-mRNA スプライシングおよび DNA 損傷結合因子と相互作用するクロマチンアセチル化転写コアクチベーターです」。分子細胞 生物学。21 (20): 6782–95。doi : 10.1128 /MCB.21.20.6782-6795.2001。PMC 99856。PMID 11564863。