スイスバイオインフォマティクス研究所

SIB スイスバイオインフォマティクス研究所

略語	SIBC の
形成	1998年3月30日; 26年前 ( 1998-03-30 )
タイプ	学術 非営利 財団
本部	SIB スイスバイオインフォマティクス研究所 Quartier Sorge Batiment Amphipole 1015 ローザンヌ スイス
地域	スイス
共同エグゼクティブディレクター	クリストフ・デシモズ
Webサイト	sib.swiss

SIBスイスバイオインフォマティクス研究所は、スイス全土におけるバイオインフォマティクス活動を統合する非営利の学術 財団です。

この研究所は 1998 年 3 月 30 日に設立され、その使命は、ゲノミクス、プロテオミクス、システム生物学などの分野で国内外の生命科学研究コミュニティに中核的なバイオインフォマティクス リソースを提供し、スイスのバイオインフォマティクス分野を主導し、調整することです。特に、研究を促進し、データバンクとコンピューター技術を開発し、教育およびサービス活動に携わっています。

この研究所はもともと、 Swiss-ProtデータベースとスイスEMBnetノードの両方に安定した長期資金の枠組みを提供するために設立されました。特にSwiss-Protは1996年に大規模な資金危機を経験し、 ^[1]ジュネーブとローザンヌでバイオインフォマティクスの分野で活動する5つの研究グループのリーダーであるロン・アペル、アモス・バイロシュ、フィリップ・ブッチャー、ビクター・ヨンゲニール、マヌエル・ペイチュがSIBを設立しました。^[2]設立後、研究所はスイスの法律に基づいて資金を申請できるようになりました。この法律では、政府が重要な研究および教育インフラの費用の最大50%を資金提供することが認められています。^[3]

研究所の初代所長はヴィクター・ヨンゲニールで、2001年から2007年9月まではアーネスト・フェイトマンスが務めた。2007年10月1日から2018年7月までは、創設メンバーの一人であるロン・アペルが所長を務めた。 ^{[4] [5]} 2018年7月から2022年3月までは、SIBはクリスティン・デュランクスとロン・アペルが共同事務局長を務めた。2022年4月1日より、クリストフ・デシモズがクリスティン・デュランクスに代わり共同事務局長に就任した。^[6]ロン・アペルの退職に伴い、2022年10月よりクリストフ・デシモズが単独事務局長となっている。^[7]

SIB スイス バイオインフォマティクス研究所は、SIB 提携機関 21 ヶ所のバイオインフォマティクス専門家が所属する研究グループの連合体です。提携機関には、バーゼル大学、ベルン大学、フリブール大学、ジュネーブ大学、ローザンヌ大学、ルガーノ大学、チューリッヒ大学、ローザンヌ連邦工科大学およびチューリッヒ校、フリードリヒ ミーシャー生物医学研究所、ベリンツォーナ腫瘍学研究所、ジュネーブ経営大学院 (HEG) が含まれます。SIB の現在の研究グループは、バーゼル、ベルン、フリブール、ジュネーブ、ローザンヌ、ルガーノ、チューリッヒ、イベルドン、ヴェーデンスヴィル、ベリンツォーナ、ダボスにあります。

SIB は 70 を超える研究、サービス、インフラストラクチャのグループを統合し、プロテオミクス、トランスクリプトミクス、ゲノミクス、システム生物学、構造バイオインフォマティクス、進化バイオインフォマティクス、モデリング、イメージング、生物物理学、集団遺伝学、臨床バイオインフォマティクスなど、さまざまな分野の 700 人を超える科学者を集めています。SIB は毎年、国際科学会議 [BC]2バーゼル計算生物学会議を主催しています。

当研究所は生命科学研究コミュニティ向けに幅広いリソースを提供しており、そのほとんどはSIB バイオインフォマティクス リソース ポータルであるExpasyを通じて公開され、アクセス可能です。提供されているリソースには次のものが含まれます。

SIB は、UniProtKB/Swiss-Prot (高度な注釈を提供する精選されたタンパク質配列データベース)、neXtProt (人間中心のタンパク質知識プラットフォーム)、SWISS-MODELリポジトリ (3 次元タンパク質構造モデル)、STRING (システム生物学のためのタンパク質相互作用ネットワーク)、SwissRegulon (ゲノム全体の転写制御ネットワーク)、真核生物プロモーター データベース (EPD)、SWISS-2DPAGE (2D ゲル データベース)、WORLD-2DPAGE リポジトリ (2D ゲル リポジトリ)、PROSITE (タンパク質ファミリーとドメイン)、MyHits (タンパク質配列とモチーフ)、 Bgee (動物種間の遺伝子発現パターンを取得および比較するデータベース)、OpenFlu (ヒトと動物のインフルエンザ ウイルスのデータベース)、ViralZone (ウイルス UniProtKB エントリのポータル)、GlycoSuiteDB (グリカン データベース)、SugarBindDB (病原体糖結合データベース)、OrthoDB (真核生物のオルソログの階層的カタログ)、miROrtho (動物のマイクロRNA遺伝子のカタログ)、ImmunoDB (昆虫の免疫関連遺伝子と遺伝子ファミリー)、Cellosaurus (細胞株に関する知識リソース) などがあります。

SIB は、SWISS-MODEL (タンパク質構造相同性モデリング)、SwissDrugDesign (コンピューター支援薬物設計)、Melanie (2D ゲル分析プラットフォーム)、MSight ( LC-MS イメージングおよび分析ソフトウェア)、OMA (Orthology Matrix)、V-pipe (ウイルスゲノムパイプライン)、DeepView/Swiss-PdbViewer (タンパク質の視覚化、モデリング、分析)、Newick utilities (高スループット系統樹処理) など、世界中のライフサイエンス研究コミュニティ向けのソフトウェアを開発し、提供しています。

SIB は、生命科学者に情報科学と統計サポート、サービスとアドバイスを提供するバイオインフォマティクスの中核施設をいくつか管理しており、研究プロジェクトの実施と結果データの分析を可能にしています。中核施設は、ゲノミクス、トランスクリプトミクス、プロテオミクス研究用に設立されています。SIB はまた、学術界と産業界の両方でスイスの生命科学コミュニティに計算リソース、開発サポート、コンサルティングを提供する Vital-IT高性能コンピューティングセンターを維持しています。Vital-IT インフラストラクチャは、ローザンヌ大学、EPFL、ジュネーブ大学の3 つのサイトに分散されています。計算リソースとバイオインフォマティクスの専門知識は、バーゼル地域では sciCORE (バーゼル計算生物学センター) によっても提供されています。

SIB の優先事項の 1 つは、バイオインフォマティクスの教育を促進し、調整することです。SIB のメンバーは、高校から学部、大学院まで、あらゆる教育レベルのバイオインフォマティクス コースに直接的または間接的に関与しているほか、生命科学者向けの専門トレーニングにも参加しています。SIB は、スイスの高等教育機関の大学院生が参加できるバイオインフォマティクスの PhD トレーニング ネットワークも推進しています。このネットワークの目的は 2 つあります。

1. バイオインフォマティクスの博士研究プロジェクトを成功させるために必要な理論的知識と実践的知識の両方を提供する最先端のコースをバイオインフォマティクスの大学院生に提供します。
2. 博士課程の学生のネットワークの発展を促進し、参加機関間での意見交換と学生の移動を促進します。

SIB はバイオインフォマティクスを一般の人々に広めることにも取り組んでいます。この比較的新しい科学が今日の社会でますます重要になっていることを理解することは、不可欠になりつつあります。実際、そう遠くない将来、患者はバイオインフォマティクスの手法によって直接生成された結果を参照するようになることでしょう。2000 年以来、一般の人々の意識を高めるために、SIB は数多くの科学フェアに参加し、2 つのオンライン マガジン^{[8] [9]}を作成し、屋外展示会を開催し、2012 年にはバーチャル展示会を開催しました。^[10]

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• 公式サイト
• スイスバイオインフォマティクスリソースポータル (Expasy)