エクスパシー

Expasy は、SIB スイスバイオインフォマティクス研究所が運営するオンラインバイオインフォマティクスリソースです。これは拡張可能で統合的なポータルであり、160 を超えるデータベースとソフトウェアツールへのアクセスを提供し、ゲノミクス、プロテオミクス、構造生物学から進化と系統発生、システム生物学、医化学まで、生命科学と臨床研究の幅広い分野をサポートしています。個々のリソース (データベース、Web ベースおよびダウンロード可能なソフトウェアツール) は、SIB スイスバイオインフォマティクス研究所のさまざまなグループとパートナー機関によって分散的にホストされています。

検索エンジン

Expasy のクエリでは次のことが可能になります:

単一の検索でSIBデータベースを並列検索
ポータルからアクセス可能な160以上のリソースの完全なセットからの集約された検索結果。^[1]

Expasy は、各リソースの最新リリースからの最新情報を提供します。

Expasyで使用される用語はEDAM包括的オントロジーに基づいています。^[2]

歴史

Expasyは1993年8月に作成されました。当初はExPASy（Expert Protein A nalysis Sy stem）と呼ばれ、タンパク質の配列と構造、および2次元ゲル電気泳動（2-D Page electrophoresis）を解析するプロテオミクスサーバーとして機能していました。[ 3 ] ^ExPASyは、タンパク質配列知識ベースであるUniProtKB/Swiss-Protと、そのコンピューター注釈付き補足資料であるUniProtKB/TrEMBLをホストしていました。^[4]

ExPASyは生命科学分野初のウェブサイトであり、世界でも最初の150のウェブサイトのうちの1つです。2007年4月5日現在、ExPASyは1993年8月1日に設置されて以来10億回閲覧されています。^[5]^{[アップデート]}

2011年6月には、SIB ExPASyバイオインフォマティクスリソースポータルとなり、SIBグループが開発した多様なバイオインフォマティクスリソースのカタログとなった。^[6] Expasyの現在のバージョンは2020年10月にリリースされた。^[7]^[8]

注釈と参考文献

^ 「SIBリソース」. sib.swiss . 2020年10月27日閲覧。
^ Ison J、Kalas M、Jonassen I、Bolser D、Uludag M、McWilliam H、他 (2013 年 5 月)。「EDAM: バイオインフォマティクス操作、データと識別子の種類、トピックと形式のオントロジー」。バイオインフォマティクス。29 ( 10 ): 1325–32。doi :10.1093/bioinformatics/btt113。PMC 3654706。PMID 23479348。
^ Gasteiger E、Gattiker A、Hoogland C 、 Ivanyi I、Appel RD、Bairoch A (2003 年 7月) 。「ExPASy: 詳細なタンパク質の知識と分析のためのプロテオミクスサーバー」。Nucleic Acids Research。31 ( 13): 3784–8。doi :10.1093 / nar/gkg563。PMC 168970。PMID 12824418。
^ 「UniProtKB/Swiss-Prot - SIB Swiss Institute of Bioinformatics | Expasy」。www.expasy.org 。 2024年3月15日閲覧。
^ ExPASy: SIB バイオインフォマティクスリソースポータル
^ Artimo P、Jonnalageda M、Arnold K、Baratin D、Csardi G、de Castro E、他。 (2012 年 7 月)。「ExPASy: SIB バイオインフォマティクスリソースポータル」。核酸研究。40 (Web サーバーの問題): W597-603。土井：10.1093/nar/gks400。PMC 3394269。PMID 22661580。
^ デュヴォー、セヴリーヌ;ガベラ、キアラ。リサチェク、フレデリック。ストッキンガー、ハインツ。ヨアニディス、ヴァシリオス。クリスティーン・デュリンクス（2021年4月13日）。「Expasy、ユーザーによって設計されたスイスのバイオインフォマティクスリソースポータル」。核酸研究。49 (W1)：W216～W227。土井：10.1093/nar/gkab225。ISSN 0305-1048。PMC 8265094。PMID 33849055。
^ 「スイスのバイオインフォマティクスリソースポータル、新しいExpasy.orgをご覧ください」。sib.swiss 。 2020年10月26日閲覧。

外部リンク

公式サイト

[1] 「SIBリソース」. sib.swiss . 2020年10月27日閲覧。

[2] ^ Ison J、Kalas M、Jonassen I、Bolser D、Uludag M、McWilliam H、他 (2013 年 5 月)。「EDAM: バイオインフォマティクス操作、データと識別子の種類、トピックと形式のオントロジー」。バイオインフォマティクス。29 ( 10 ): 1325–32。doi :10.1093/bioinformatics/btt113。PMC 3654706。PMID 23479348。

[pmid12824418-3] ^ Gasteiger E、Gattiker A、Hoogland C 、 Ivanyi I、Appel RD、Bairoch A (2003 年 7月) 。「ExPASy: 詳細なタンパク質の知識と分析のためのプロテオミクスサーバー」。Nucleic Acids Research。31 ( 13): 3784–8。doi :10.1093 / nar/gkg563。PMC 168970。PMID 12824418。

[4] 「UniProtKB/Swiss-Prot - SIB Swiss Institute of Bioinformatics | Expasy」。www.expasy.org 。 2024年3月15日閲覧。

[5] ExPASy: SIB バイオインフォマティクスリソースポータル

[6] Artimo P、Jonnalageda M、Arnold K、Baratin D、Csardi G、de Castro E、他。 (2012 年 7 月)。「ExPASy: SIB バイオインフォマティクスリソースポータル」。核酸研究。40 (Web サーバーの問題): W597-603。土井：10.1093/nar/gks400。PMC 3394269。PMID 22661580。

[7] デュヴォー、セヴリーヌ;ガベラ、キアラ。リサチェク、フレデリック。ストッキンガー、ハインツ。ヨアニディス、ヴァシリオス。クリスティーン・デュリンクス（2021年4月13日）。「Expasy、ユーザーによって設計されたスイスのバイオインフォマティクスリソースポータル」。核酸研究。49 (W1)：W216～W227。土井：10.1093/nar/gkab225。ISSN 0305-1048。PMC 8265094。PMID 33849055。

[8] 「スイスのバイオインフォマティクスリソースポータル、新しいExpasy.orgをご覧ください」。sib.swiss 。 2020年10月26日閲覧。