ブギー

**ブギー**
	Bgee 遺伝子発現データベースロゴ
コンテンツ
説明	種や条件を越えた遺伝子発現
; キャプチャされたデータの種類	scRNA-Seq、RNA-Seq、マイクロアレイ、In situ、ESTデータ
生物	ヒト、マウス、ラット、ショウジョウバエ、ニワトリ、回虫、イノシシ、ゼブラフィッシュ、牛など。
接触
研究センター	スイスバイオインフォマティクス研究所; ローザンヌ大学
主な引用	33037820 のID
発売日	2007年6月
アクセス
Webサイト	詳しくはこちら
ダウンロードURL	詳しくはこちら
Sparqlエンドポイント	詳しくはこちら
ツール
ウェブ	遺伝子検索; TopAnat: 遺伝子発現エンリッチメント; 発現比較; 解剖学的相同性; 生データインターフェース
スタンドアロン	bioconductor.org/packages/BgeeDB/ bioconductor.org/packages/BgeeCall/
その他
ライセンス	CC0 1.0 ユニバーサル
バージョン	15.2
キュレーションポリシー	すべての研究を手動でキュレーションします。

Bgeeは、 SIBスイスバイオインフォマティクス研究所とローザンヌ大学が管理するデータベースで、複数の動物種にわたる RNA-Seq、scRNA-Seq、マイクロアレイ、in situハイブリダイゼーション、EST研究からの遺伝子発現パターンの検索と比較に使用されます。^[1]^{[2] Bgeeは}、「遺伝子はどこで発現しているか」という質問に対する直感的な答えを提供し、がんや農業、進化生物学の研究をサポートしています。

Bgee は、厳選された健康な野生型の発現データ (つまり、遺伝子ノックアウトなし、治療なし、疾患なし)のみに基づいており、健康な野生型の遺伝子発現の比較可能なリファレンスを提供します。

Bgee は、遺伝子の相同性や器官間の相同性の情報と統合された、発現の有無や差次的過剰発現/過少発現のコールを生成します。これにより、種間での発現パターンの比較が可能になります。

Bgee は、生命科学研究の再現性と完全性を確保するための重要なコンポーネントを表すGlobal Core Biodata Resources (GCBR)の一部です。Bgee は、科学研究における FAIRサポート活動を促進するELIXIR推奨相互運用性リソースでもあります。

参考文献

^ Bastian FB、Parmentier G、Roux J、Moetti S、Laudet V、Robinson-Rechavi M (2008)。「Bgee: 種間の異種トランスクリプトームデータの統合と比較」。生命科学におけるデータ統合。コンピュータサイエンスの講義ノート。第 5109 巻。pp. 124– 131。doi : 10.1007 /978-3-540-69828-9_12。ISBN 978-3-540-69827-2。
^ Bastian FB、Roux J、Niknejad A、Comte A、Fonseca Costa SS、Mendes de Farias T、et al. (2021年1月). 「Bgeeスイート：動物における統合キュレーション発現アトラスおよび比較トランスクリプトミクス」。核酸研究。49 （ D1 ）：D831- D847。doi ： 10.1093 / nar / gkaa793。PMC 7778977。PMID 33037820。

Niknejad A、Mungall CJ、Osumi - Sutherland D、Robinson-Rechavi M、Bastian F (2022)。「動物の発達とライフステージオントロジーの作成と統合」。arXiv ：2206.12231 [q-bio.QM]。
Komljenovic A、Roux J、Wollbrett J 、 Robinson-Rechavi M 、Bastian F (2018)。「BgeeDB、キュレーションされた発現データセットの取得と遺伝子リスト発現局在エンリッチメントテストのためのRパッケージ」。F1000Research。5 : 2748。doi : 10.12688 / f1000research.9973.2。PMC 6113886。PMID 30467516。
Haendel MA、Balhoff JP、Bastian FB、Blackburn DC、Blake JA、Bradford Y、他 (2014)。「Uberon での比較生物学のための複数種脊椎動物解剖学オントロジーの統合」。J Biomed Semantics。5 : 21。doi : 10.1186 / 2041-1480-5-21。PMC 4089931。PMID 25009735。

「Bgee は、ELIXIR が推奨する新しい相互運用性リソースです」。ELIXIR。2023 年 12 月 14 日。
「Bgee が Global Core Biodata Resources に参加」。GCB Global Biodata Coalition。2023 年 12 月 11 日。
「Bgeeについて」。SIBスイスバイオインフォマティクス研究所。2021年1月4日。