EMBネット

*EMBnetジャーナル*
規律	バイオインフォマティクス
言語	英語
編集者	エリック・ボンカム・ルドロフ
出版の詳細
歴史	2010年現在
出版社	EMBネット
頻度	四半期ごと
オープンアクセス	はい
標準的な略語;
ISO4 規格	EMBnetジャーナル
インデックス作成;
国際郵便	2226-6089;
リンク
	ジャーナルホームページ; オンラインアクセス; オンラインアーカイブ;

欧州分子生物学ネットワーク（EMBnet ）は、バイオインフォマティクスの専門知識と能力を結集してバイオインフォマティクスサービスを強化することを目的とした国際的な科学ネットワークおよび利益団体です。 ^[1] 2011年現在、EMBnetには32か国に37のノードがあります。ノードには、バイオインフォマティクス関連の大学部門、研究機関、および国立サービスプロバイダーが含まれます。

オペレーション

EMBnetノードの大半の主な任務は、各国の科学コミュニティにバイオインフォマティクスデータバンク、専門ソフトウェア、十分なコンピューティングリソースと専門知識へのアクセスを提供することです。EMBnetはバイオインフォマティクスのトレーニングとソフトウェア開発の分野でも活動しています。EMBnetメンバーが作成したソフトウェアの例には、 EMBOSS、wEMBOSS、^[2] UTOPIAなどがあります。

EMBnet は幅広いユーザーグループを代表しており、EMBL の欧州バイオインフォマティクス研究所(EBI)、スイスバイオインフォマティクス研究所( Swiss-Prot )、ミュンヘンタンパク質配列情報センター(MIPS) などのデータベースプロデューサーと緊密に連携して、ヨーロッパ全体で均一なサービスを提供しています。EMBnet はオランダで公的財団 ( Stichting ) として登録されています。

EMBnet は 1988 年の創設以来、生物学データベースの維持管理を担当する個人の非公式ネットワークから、遺伝学と分子生物学の拡大する分野に貢献するためにバイオインフォマティクスの専門家を結集する唯一の世界的組織へと進化してきました。EMBnet は主に学術的なノードで構成されていますが、産業界のメンバーから重要な側面も加わっています。EMBnet の成功により、ヨーロッパ以外の組織もますます参加するようになっています。

EMBnet には、トレーニングコースの編成、技術サポートの提供、メンバーが効果的に交流し、単一の研究所では実現できない方法で生物学研究の急速に変化するニーズに対応できるようにするための、実証済みのインフラストラクチャがあります。

2005 年に、組織は国ごとに複数のメンバーを許可するために追加のノードタイプを作成しました。新しいカテゴリ名は「関連ノード」です。

調整と組織

EMBnet は年次総会 (AGM) によって統括され、3 つのプロジェクト委員会の活動を監督する執行委員会 (EB) によって調整されます。

教育およびトレーニング委員会 (E&T)。教育サポートには、加盟国および加盟言語で開催される一連のコースが含まれており、委員会はオンラインでアクセス可能な教育資料の継続的な開発にも取り組んでいます。
広報委員会 (P&PR)。この委員会は、EMBnet のあらゆる活動の促進、EMBnet コミュニティが提供する製品やサービスの宣伝、EMBnet の認知度を高めるための新しい戦略の提案と開発、EMBnet コミュニティや関連ネットワーク/団体との公共関係の維持に責任を負います。
テクニカルマネージャコミッティ (TM)。TM PC は、参加ノードとそのユーザーに支援と実践的なサポートを提供します。

実績

EMBnet には生物学における最初のGopherとWorld Wide Webサーバーがありました(CSC BioBox)

EMBnet は、インターネット (NDT)、分散コンピューティング (HASSLE)、効率的なデータベースの参照とリンク (シーケンス検索システム、SRS) を使用して、データベースを毎日更新するためのソリューションを最初に考案しました。

Ping プロジェクトは、ヨーロッパ全体のネットワーク効率に関する情報を継続的に取得するための手段として作成されました。

EMBnetは、最新のソフトウェアアルゴリズム（Extended GCGまたはEGCG ^[3] ）をユーザーに無料で提供することに尽力しており、最先端のパブリックソフトウェア（EMBOSS）の開発を続けています。

EMBER ^{[永久リンク切れ‍ ]} : 欧州マルチメディアバイオインフォマティクス教育リソース。EMBERは、マルチメディアバイオインフォマティクス教育ツールスイートの開発を目的とした欧州連合（EU）資金提供プロジェクトでした^[4] 。EMBERは、バイオインフォマティクスに関する自己完結型のインタラクティブ Webチュートリアルと、同等のCD-ROM上のスタンドアロンコースで構成されています。

EMBnet コミュニティは、査読付きジャーナルBriefings in Bioinformatics (BiB) の創刊に携わりました。BiB は EMBnet からの教育助成金によってもサポートされています。

バイオインフォマティクス学習、教育、トレーニングのための世界組織（GOBLET）は、2012年のEMBnet年次総会で非営利団体として設立されました。^[5]^[6]

ジャーナル

EMBnetは1994年から2009年までEMBnet.newsを発行していた。^[7]その主な目的は、ネットワークからの最新のニュースや開発に関する情報とレポートをユーザーコミュニティに提供することであった。

EMBnet.newsの後継として2010年に設立された（巻数は途切れることなく継続）EMBnet.journalは、バイオインフォマティクスのオリジナルの研究論文や技術論文を掲載する査読付きのオープンアクセス科学雑誌です。^[8]^[9]この雑誌には2つの主要なセクションがあり、1つは研究論文、レビュー、技術ノート用、もう1つは査読なしの解説、ルポ、ユーザーガイド、トレーニング情報、ニュース用です。EMBnet.journalは、会議の議事録や会議要旨も付録として発行しています。

参考文献

^ ドメニカ・デリア;アンドレアス・ジゼル。ニルス＝アイナー・エリクソン。ソフィア・コシダ。キンモ・マッティラ。ルボス・クルーカーとエリック・ボンカム＝ルドロフ (2009)。「EMBnet 20 周年: ライフサイエンスコミュニティにおけるバイオインフォマティクスの 20 年」。BMCバイオインフォマティクス。10 (補足 6): S1。土井：10.1186/1471-2105-10-S6-S1。PMC 2697632。PMID 19534734。
^ Martín Sarachu、Marc Colet (2005)。「wEMBOSS : EMBOSS の Web インターフェイス」。バイオインフォマティクス。21 (4): 540–541。doi : 10.1093/bioinformatics/bti031。PMID 15388516。
^ 「EGCG 8.0」. cmgm.stanford.edu .
^ TKAttwood; I.Selimas; R.Buis; R.Altenburg; R.Herzog; V.Ledent; V.Ghita; P.Fernandes; I.Marques; M.Brugman (2005). 「EMBERプロジェクトに関する報告書 - 欧州マルチメディアバイオインフォマティクス教育リソース」。バイオサイエンス教育電子ジャーナル。6–4 。2011年12月9日時点のオリジナルよりアーカイブ。 2011年11月24日閲覧。
^ “GOBLET | EMBnet”. www.embnet.org . 2016年8月26日閲覧。
^ Atwood, Teresa K.; Bongcam-Rudloff, Erik; Brazas, Michelle E.; Corpas, Manuel; Gaudet, Pascale; Lewitter, Fran; Mulder, Nicola; Palagi, Patricia M.; Schneider, Maria Victoria; van Gelder, Celia WG; Welch, Lonnie (2015 年 4 月 9 日). 「GOBLET: バイオインフォマティクスの学習、教育、トレーニングのための世界的な組織」. PLOS Computational Biology . 11 (4): e1004143. Bibcode :2015PLSCB..11E4143A. doi : 10.1371/journal.pcbi.1004143 . PMC 4391932. PMID 25856076 .
^ 「アーカイブ」. journal.embnet.org .
^ ドメニカ・デリア;アンドレアス・ジゼル。ニルス＝アイナー・エリクソン。ソフィア・コシダ。キンモ・マッティラ。ルボス・クルーカーとエリック・ボンカム＝ルドロフ (2009)。「EMBnet 20 周年: ライフサイエンスコミュニティにおけるバイオインフォマティクスの 20 年」。BMCバイオインフォマティクス。10 (補足 6): S1。土井：10.1186/1471-2105-10-S6-S1。PMC 2697632。PMID 19534734。
^ ダブリン、マシュー。「EMBnet.news が新たなバイオインフォマティクスジャーナルに変貌」。genomeweb.com。2013年1 月 14 日閲覧。

外部リンク

公式サイト
エンバー
EMBnet.ジャーナル

[1] ドメニカ・デリア;アンドレアス・ジゼル。ニルス＝アイナー・エリクソン。ソフィア・コシダ。キンモ・マッティラ。ルボス・クルーカーとエリック・ボンカム＝ルドロフ (2009)。「EMBnet 20 周年: ライフサイエンスコミュニティにおけるバイオインフォマティクスの 20 年」。BMCバイオインフォマティクス。10 (補足 6): S1。土井：10.1186/1471-2105-10-S6-S1。PMC 2697632。PMID 19534734。

[2] ^ Martín Sarachu、Marc Colet (2005)。「wEMBOSS : EMBOSS の Web インターフェイス」。バイオインフォマティクス。21 (4): 540–541。doi : 10.1093/bioinformatics/bti031。PMID 15388516。

[3] 「EGCG 8.0」. cmgm.stanford.edu .

[EMBER-4] TKAttwood; I.Selimas; R.Buis; R.Altenburg; R.Herzog; V.Ledent; V.Ghita; P.Fernandes; I.Marques; M.Brugman (2005). 「EMBERプロジェクトに関する報告書 - 欧州マルチメディアバイオインフォマティクス教育リソース」。バイオサイエンス教育電子ジャーナル。6–4 。2011年12月9日時点のオリジナルよりアーカイブ。 2011年11月24日閲覧。

[gobelt-embnet-5] “GOBLET | EMBnet”. www.embnet.org . 2016年8月26日閲覧。

[goblet-plos-6] Atwood, Teresa K.; Bongcam-Rudloff, Erik; Brazas, Michelle E.; Corpas, Manuel; Gaudet, Pascale; Lewitter, Fran; Mulder, Nicola; Palagi, Patricia M.; Schneider, Maria Victoria; van Gelder, Celia WG; Welch, Lonnie (2015 年 4 月 9 日). 「GOBLET: バイオインフォマティクスの学習、教育、トレーニングのための世界的な組織」. PLOS Computational Biology . 11 (4): e1004143. Bibcode :2015PLSCB..11E4143A. doi : 10.1371/journal.pcbi.1004143 . PMC 4391932. PMID 25856076 .

[7] 「アーカイブ」. journal.embnet.org .

[8] ドメニカ・デリア;アンドレアス・ジゼル。ニルス＝アイナー・エリクソン。ソフィア・コシダ。キンモ・マッティラ。ルボス・クルーカーとエリック・ボンカム＝ルドロフ (2009)。「EMBnet 20 周年: ライフサイエンスコミュニティにおけるバイオインフォマティクスの 20 年」。BMCバイオインフォマティクス。10 (補足 6): S1。土井：10.1186/1471-2105-10-S6-S1。PMC 2697632。PMID 19534734。

[9] ダブリン、マシュー。「EMBnet.news が新たなバイオインフォマティクスジャーナルに変貌」。genomeweb.com。2013年1 月 14 日閲覧。