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第15潜水艦戦隊は、1963年9月1日にハワイ州パールハーバーで設立された。この戦隊は、当時レギュラス巡航ミサイルを搭載した潜水艦を運用していた第1潜水艦戦隊から、太平洋における潜水艦核抑止力の責任を引き継ぐために編成された。この戦隊に配備予定の7隻の潜水艦のうち4隻は当時建造中で、潜水艦母艦USSプロテウスはチャールストン海軍造船所でオーバーホールを受けていた。
最初の数か月間、同部隊は真珠湾に司令部を設置し、太平洋におけるポラリス作戦の基盤を築いた。最も困難な任務の一つは、各潜水艦のブルークルーとゴールドクルーに必要な大規模な訓練プログラムを確立し、実行することであった。この要件を満たすためには、全国各地の様々な学校の責任者、そして潜水艦の艦長や乗組員との緊密な協力が必要だった。
1964年4月23日、USSダニエル・ブーン （SSBN 629）はカリフォルニア州メア・アイランド海軍造船所で就役した。同艦はその後、戦隊の旗艦となり、太平洋艦隊に配属された最初の艦隊弾道ミサイル潜水艦となった。1964年5月27日未明、ダニエル・ブーンは本土からの潜航航海を終え、ハワイのダイヤモンド・ヘッド沖で浮上し、真珠湾に入港した。同艦は、ポラリス潜水艦として初めて同港に入港した艦となった。その後、テクムセ、ユリシーズ・S・グラント、ストーンウォール・ジャクソンが立て続けに就役した。一方、戦隊は慣熟航海、型式訓練を計画し、1965年初頭に開始予定の太平洋における最初のポラリス哨戒任務に備えた。
1964年10月、第15潜水艦戦隊司令官の常駐地が真珠湾からグアムに変更された。真珠湾には、ポラリス潜水艦に可能な限り優秀で訓練された乗組員を配置するために必要な、人事および訓練に関する様々な業務を担う、第15潜水艦戦隊司令官代理と呼ばれる後方支援部隊が設置された。
1964年11月29日朝、プロテウスはアプラ港に入港し、ポラリス潜水艦を支援するための第3弾道ミサイル補給基地の設営を開始した。その後、7隻の艦隊弾道ミサイル潜水艦がグアムでプロテウスに合流した。ベンジャミン・フランクリンとカメハメハは1966年に到着した。マリアーノ・G・バジェホは1966年12月に就役し、第15潜水艦戦隊に配属された。
1970年は、この飛行隊の歴史において重要な時期であった。この期間中、627/640級の艦艇は太平洋での任務を終え、ポセイドン兵器システムへの改修のため出航した一方、616級のオーバーホール艦艇は太平洋艦隊の戦略抑止力における補充艦として任務に就いた。
1971年10月14日朝、潜水艦母艦USSハンリーは グアムのアプラ港に入港し、ポラリス岬に停泊するとすぐに、プロテウスの任務交代という複雑な作業に取り掛かった。1971年11月2日、プロテウスは大規模なオーバーホールを受けるため、カリフォルニア州メア・アイランドにあるアメリカ海軍造船所へ向かう途中、グアムを出港した。
1972年、ハンリーは第3潜水艦基地の支援艦艇および第15潜水艦戦隊司令官の旗艦を務めた。1972年の夏季には、通常配備されている戦略原子力潜水艦（SSBN）に加え、多数の原子力潜水艦（SSN）の改修作業も実施した。この追加的な作業量は、国家の即応態勢の強化を直接的に支援するものであった。
1973年1月、プロテウスはグアムに戻り、ワシントン州ブレマートンのピュージェット・サウンド海軍造船所で改装のためグアムを出港したハンリーと交代した。プロテウスのグアムへの帰還は、 1964年にSSBN REFITサイトIIIを設立して以来、プロテウスがグアムを離れていた最初の重要な期間の終わりを意味した。
616級SSBNの598/608級SSBNへの置き換えは、ネイサン・ヘイルがポセイドン兵器システムへの改修のため出発し、ジョージ・ワシントンが後任となった1973年5月に始まった。同年後半には、パトリック・ヘンリーとロバート・E・リーがウッドロー・ウィルソンとジョン・アダムズの後任となった。この戦隊には、プロテウス（旗艦）、ジョージ・ワシントン、パトリック・ヘンリー、ロバート・E・リー、ヘンリー・クレイ、ダニエル・ウェブスター、ネイサン・ヘイル、エイブラハム・リンカーン、トーマス・A・エジソン、イーサン・アレンの各艦が配属された。
1974 年、616 級 SSBN の 598/608 級への置き換えが完了しました。ジェームズ・モンロー、ダニエル・ウェブスター、ヘンリー・クレイの退役とセオドア・ルーズベルトの着任により、同艦隊にはプロテウス(旗艦)、ジョージ・ワシントン、パトリック・ヘンリー、セオドア・ルーズベルト、ロバート・E・リー、エイブラハム・リンカーン、イーサン・アレン、サム・ヒューストン、トーマス・A・エジソン、ジョン・マーシャル、トーマス・ジェファーソンの各艦が配属されました。
1964年12月25日、ダニエル・ブーンがグアムを出港し、太平洋における最初のポラリス抑止哨戒任務を開始してから、1981年10月、ロバート・E・リーが最後のポラリス抑止哨戒任務を終えて真珠湾に帰還するまでの間、23隻の異なる戦略原子力潜水艦（SSBN）が、米国の戦略防衛を支援するため、太平洋で398回のポラリス抑止哨戒任務を完了した。1981年9月30日、第15潜水艦戦隊は、グアムのアプラ港に停泊中のプロテウス艦上で行われた式典で解隊され、18年間の活動に幕を下ろした。
2001年2月23日、 USSフランク・ケーブル 艦上で行われた再編成式典において、ホセ・R・コーパス海軍大佐が第15潜水艦戦隊司令官に就任した。コーパス大佐は以前は第7潜水艦群グアム代表司令官を務めていた。この日、第15潜水艦戦隊は作戦司令部となり、海軍および統合参謀本部の任務に応じて、第7艦隊および第5艦隊に配属された潜水艦および潜水艦支援艦艇に対し、管理、兵站、および情報支援を提供するようになった。
2002年、第15潜水艦戦隊のスタッフは、不朽の自由作戦およびノーブル・イーグル作戦中に湾岸地域へ緊急展開する3隻の前線配備潜水艦に対し、割り当てられた支援艦艇が実施する整備作業の監督と品質保証モニタリングを行った。また、第15潜水艦戦隊は、2001年9月11日の同時多発テロ直後、COMNAVMARIANAS艦上の海軍基地における部隊防護に関する意思決定と取り組みにも積極的に関与した。
2002年10月17日と12月18日に、それぞれUSSシティ・オブ・コーパスクリスティ とUSSサンフランシスコ がグアムに到着し、メイン州キタリーのポーツマス海軍造船所から始まった14,000海里（25,928km ）の艦隊間移送を完了した。
これらは海軍初の前方展開型かつ母港型潜水艦であった。当時ロバート・シュミット中佐が指揮を執っていたシティ・オブ・コーパスクリスティは、ロサンゼルス級高速攻撃型潜水艦の18番艦であり、当時ポール・ポブロック中佐が指揮を執っていたサンフランシスコは、ロサンゼルス級潜水艦の24番艦であった。
2002年7月5日、台風チャターンがグアムを襲い、最大瞬間風速145mph （233km /h）、最大風速115mph （ 185km /h）の強風により甚大な物的被害をもたらした。第15潜水艦戦隊の隊員は、フランク・ケーブルの乗組員の支援を受け、台風後の復旧活動に参加した。
2002年12月8日、超大型台風ポンソナがグアムを12時間以上襲い、200ノット（時速370km）を超える破壊的な風をもたらした。米国大統領は、嵐が通過した直後にグアムを災害地域に指定した。グアムを襲った史上最大級の台風の一つであるこの嵐は、島のインフラに大きな被害を与え、民間施設と軍事施設の両方に損害を与えた。島のガソリン貯蔵施設で発生した大規模火災により、車両や非常用発電機への燃料供給が制限され、復旧作業が遅れた。住宅、病院、企業、政府および軍事施設、空港、港湾など、島中の建造物が損傷または破壊された。第15潜水艦戦隊に配属された軍人の迅速かつ積極的で献身的な努力により、人命の損失は最小限に抑えられ、基本的なサービスは迅速に復旧した。フランク・ケーブルは、母港の潜水艦を支援するため、2週間ポラリス・ポイントに停泊した。
第15潜水艦戦隊、フランク・ケーブル、および所属する2隻の潜水艦は、台風チャターンと超大型台風ポンソナ後の活動に対し、人道支援勲章を授与された。
2003年12月23日、シティ・オブ・コーパスクリスティは、グアムを母港とする前方展開型攻撃潜水艦として、第7艦隊司令官の作戦を支援する初の任務展開を完了した。
2005年1月8日午前2時43分（グリニッジ標準時）、サンフランシスコはグアムの南東約364海里（675km ）の海底山脈に衝突した。当時、サンフランシスコは最大速度で航行しており、水深は500フィート（152m ）以上あった。衝突は深刻で、船はほぼ沈没寸前だった。記録によると、前方のバラストタンクが破裂した後、浮上するために必死の浮力確保に奮闘したという。乗組員23人が負傷し、1人は1月9日に負傷が原因で死亡した。[ 1 ] 乗組員のその他の負傷には、骨折、裂傷、背中の負傷などがあった。サンフランシスコの前方のバラストタンクとソナードームは深刻な損傷を受けたが、船体内部に穴は開かず、原子炉にも損傷はなかった。同艦は浮上し、沿岸警備隊巡視船ガルベストン・アイランド、海軍補給艦グイグジット・フレッド・W・ストックハム、海軍補給艦キスカ、MH-60Sナイトホーク、P-3オライオン哨戒機らに護衛され、1月10日にグアムに到着した。米海軍は直ちに「他の潜水艦や船舶に衝突したと考える理由は全くない」と発表した。その後、乾ドックでの潜水艦の調査により、同艦が海底山脈に衝突したことが明白に判明した。その海底山脈については、サンフランシスコが入手できた海図には漠然とした記述しかなかった。
サンフランシスコが損傷したため、USSヒューストンが 代わりに配備された。ヒューストンは2005年12月に到着した。3隻目の潜水艦であるUSSバッファロー は2007年7月に到着した。
2011年初頭、USSオクラホマシティが シティ・オブ・コーパスクリスティと交代し、ハワイとのグアムSSNローテーションが始まった。USSシカゴは2012 年4月にヒューストンと交代した。 [ 2 ] ローテーションは2013年に完了し、USSキーウェスト がバッファローと交代した。
この潜水艦隊はロサンゼルス級潜水艦で構成され、約80名の隊員を擁している。また、太平洋艦隊作戦区域に展開する全ての原子力潜水艦（SSN）に加え、ワシントン州バンゴーを母港とする原子力巡視船（SSGN） USSオハイオ とUSSミシガン も支援している。
2025年9月現在、CSS 15に配備されている潜水艦は以下のとおりです。
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