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| ストレプトマイセス・アルビドフラバス | |
|---|---|
科学的分類 
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| ドメイン： | 細菌 |
| 門: | 放線菌類 |
| クラス： | 放線菌 |
| 注文： | 放線菌類 |
| 家族： | 放線菌科 |
| 属: | ストレプトマイセス |
| 種： | S.アルビドフラバス
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| 二名法名 | |
| ストレプトマイセス・アルビドフラバス （ロッシ・ドーリア 1891）ワクスマンとヘンリシ 1948（承認リスト 1980）[1]
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| タイプ株 | |
| AS 4.1291、ATCC 25422、BCRC 13699、CBS 416.34、CBS 920.69、CCRC 13699、CGMCC 4.1291、CIP 105122、DSM 40455、ETH 10209、ICMP 12537、ICSSB 1006、IFO 13010、IMRU 850、IMSNU 20133、IMSNU 21006、ISP 5455、JCM 4446、KCC S-0446、KCC S-0466、KCC S-1072、KCCS-0466、KCTC 9202、Lanoot R-8660、LMG 19300、MTCC 932、 NBIMCC 2386、NBRC 13010、NCIB 10043、NCIMB 10043、NRRL B-1271、NRRL B-2663、NRRL BB-2663、NRRL-ISP 5455、RIA 1202、ATCC 25422 株、VKM Ac-746、VTT E-991429 [2] | |
| 同義語[3] [4] | |
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ストレプトマイセス・アルビドフラバスは、ポーランドの土壌から分離されたストレプトマイセス属の細菌種である。 [1] [3] [4] [5]ストレプトマイセス・アルビドフラバスは、ジブチルフタレートとストレプトトリシンを産生する。 [6] [7]
小さな非コードRNA
細菌の小さなRNAは転写後調節に関与している。ディープシーケンシングを用いて、 S. albidoflavusのトランスクリプトームを指数関数的増殖の終わりに解析した。63個の小さなRNAが同定された。そのうち11個の発現はノーザンブロットによって確認された。sRNAはストレプトマイセス属にのみ存在することが判明した。[8]
sRNA scr4677（ストレプトマイセス・コエリカラーsRNA 4677）は、抗シグマ因子SCO4677遺伝子と推定調節タンパク質遺伝子SCO4676との間の遺伝子間領域に位置する。scr4677の発現にはSCO4677活性が必要であり、scr4677 sRNA自体がSCO4676関連転写産物のレベルに影響を与えると思われる。 [9]
S. albidoflavusの非コード RNAのうち 2 つの標的が特定されています。グルタミン合成酵素 I の非コード RNA は抗生物質の産生を調節することが示されました。[10]小さな RNA scr5239 ( SCO5239 の上流のStreptomyces coelicolor sRNA) には 2 つの標的があります。これは dagA コード領域に直接塩基対を形成することでアガラーゼDagA の発現を阻害し、そのオープンリーディングフレームの 5' 末端でメチオニン合成酵素 metE (SCO0985)の翻訳を抑制します。[11] [12]
脂肪酸合成
S. albidoflavus [アシルキャリアタンパク質] S -マロニルトランスフェラーゼの結晶構造が公開されている。S . albidoflavusのACP S -MTは脂肪酸合成IIとポリケチド合成酵素の両方に関与しており、大腸菌の類似体と構造的に類似している。[13]
バイオテクノロジーにおける利用
S. albidoflavusの菌株は、アクチノロジン、メチレノマイシン、ウンデシルプロジギオシン[ 14]、ペリマイシン[ 15 ]など、様々な抗生物質を生産します。[16] S. albidoflavusの特定の菌株は、異種タンパク質発現に使用できます。[17]
DNA修復
KuホモログはSCF55.25cです。C末端にエビアルカリホスファターゼ様（SAP様）ドメインが含まれています。S . albidoflavusは、多く の細菌LigDに共通するLigD NucDomと相同性のある（推定）単一ドメインタンパク質SC9H11.09cを生成します。（ LigDはDNAリガーゼのサブファミリーです。細菌では、すべてではありませんが、多くのLigDが普遍的に存在する中央リガーゼドメインから分岐した追加のヌクレアーゼドメインを持っています。存在する場合（この場合のように）、ヌクレアーゼドメインはN末端延長です。）[18]
遺伝学
ゲノムは単一の線状分子で構成されており、Kuが末端維持を行うと予想されるが、これまでのところそのようなことは観察されていない。[18]
参照
参考文献
- ^ ab LPSN bacterio.net
- ^ ストレプトマイセス・アルビドフラバスの菌株情報
- ^ UniProtより
- ^ ab Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen [1]
- ^ Swiontek Brzezinska, M.; Jankiewicz, U.; Burkowska, A. (2013). 「Streptomyces albidoflavus 抗真菌成分の精製と特性評価」.応用生化学および微生物学. 49 (5): 451. doi :10.1134/S0003683813050025. S2CID 17097515.
- ^ Roy, RN; Laskar, S.; Sen, SK (2006). 「ストレプトマイセス・アルビドフラバス 321.2 が産生する生理活性化合物、ジブチルフタレート」。微生物研究。161 ( 2 ) : 121–6。doi : 10.1016/ j.micres.2005.06.007。PMID 16427514。
- ^ スチュアート・シャピロ（1989年）。放線菌における二次代謝の調節。CRC Press。ISBN 0-8493-6927-4。
- ^ Vockenhuber MP、Sharma CM、 Statt MG、Schmidt D、Xu Z、Dietrich S、他 (2011 年 5 月)。「ストレプトマイセス コエリカラーにおける小さな非コード RNA のディープ シーケンシング ベースの同定」。RNA生物学。8 ( 3 ): 468–77。doi :10.4161/rna.8.3.14421。PMC 3218513。PMID 21521948。
- ^ Moody MJ、 Jones SE、Elliot MA (2014-01-01)。「Streptomyces coelicolor における小さな RNA によって媒介される複雑なオペロン内ダイナミクス」。PLOS ONE。9 ( 1 ) : e85856。Bibcode : 2014PLoSO ... 985856H。doi : 10.1371/ journal.pone.0085856。PMC 3896431。PMID 24465751。
- ^ ダリア D、ニーゼルト K、シュタイゲレ S、ミュラー J、フェルブルク I、高野 E (2010 年 2 月)。 「グルタミン合成酵素 I の非コード RNA は、Streptomyces coelicolor A3 における抗生物質の産生を調節する(2)」。細菌学ジャーナル。192 (4): 1160–4。土井：10.1128/JB.01374-09。PMC 2812974。PMID 19966003。
- ^ Vockenhuber MP 、 Suess B (2012 年 2 月)。「Streptomyces coelicolor sRNA scr5239 は、dagA コード領域への直接塩基対形成によりアガラーゼ発現を阻害する」。Microbiology . 158 (Pt 2): 424–435. doi : 10.1099/mic.0.054205-0 . PMID 22075028。
- ^ Vockenhuber MP, Heueis N, Suess B (2015-01-01). 「Streptomyces coelicolor における sRNA scr5239 の 2 番目のターゲットとしての metE の特定」. PLOS ONE . 10 (3): e0120147. Bibcode :2015PLoSO..1020147V. doi : 10.1371 /journal.pone.0120147 . PMC 4365011. PMID 25785836.
- ^ White, Stephen W.; Zheng, Jie; Zhang, Yong-Mei; Rock, Charles O. (2005). 「II型脂肪酸生合成の構造生物学」. Annual Review of Biochemistry . 74 (1). Annual Reviews : 791–831. doi :10.1146/annurev.biochem.74.082803.133524. ISSN 0066-4154. PMID 15952903.
- ^ Brian P、Riggle PJ、Santos RA 、 Champness WC (1996 年 6 月)。「absA エンコード推定シグナル伝達系による Streptomyces coelicolor 抗生物質合成の全体的負の制御」。Journal of Bacteriology。178 ( 11 ): 3221–31。doi : 10.1128 /jb.178.11.3221-3231.1996。PMC 178074。PMID 8655502 。
- ^ Liu CM、McDaniel LE 、Schaffner CP (1972年3 月)。「ファンギマイシン、その芳香族部分の生合成」。The Journal of Antibiotics。25 (3): 187–8。doi : 10.7164/antibiotics.25.187。PMID 5034814。
- ^ Lee CH, Schaffner CP (1969年5月). 「ペリマイシン。いくつかの分解生成物の構造」. Tetrahedron . 25 (10): 2229–32. doi :10.1016/S0040-4020(01)82770-8. PMID 5788396.
- ^ 「Streptomyces coelicolor」。ジョン・イネス・センター。2005年10月19日時点のオリジナルよりアーカイブ。2010年1月25日閲覧。
- ^ ab Pitcher, Robert S.; Brissett, Nigel C.; Doherty, Aidan J. (2007). 「細菌における非相同末端結合：微生物の視点」Annual Review of Microbiology 61 ( 1). Annual Reviews : 259–282. doi :10.1146/annurev.micro.61.080706.093354. ISSN 0066-4227. PMID 17506672.
さらに読む
- サウスカロライナ州オーガスティン。 SP、バブサール。カパドニス、BP (2005)。 「Streptomyces albidoflavus PU 23 由来の非ポリエン抗真菌抗生物質」。生物科学ジャーナル。30 (2): 201–11。土井：10.1007/bf02703700。PMID 15886456。S2CID 9722766 。
- Hain, T; Ward-Rainey, N; Kroppenstedt, RM; Stackebrandt, E; Rainey, FA (1997). 「16S-23S リボソーム DNA インタージェニックスペーサーのサイズと数に基づく Streptomyces albidoflavus 株の識別」International Journal of Systematic Bacteriology . 47 (1): 202–6. doi : 10.1099/00207713-47-1-202 . PMID 8995823.
- チェン、クン。ロン、シャオイン。ピント＝トマス、エイドリアン・A.フェルナンデス・ビジャロボス、マルセラ。ムリージョ・クルス、カタリナ州。黄英（2015）。 「Streptomyces albidoflavus の集団遺伝学的分析により、Streptomycetes の多様化における相同組換えに対する生息地の障壁が明らかになります。」応用および環境微生物学。81 (3): 966–75。Bibcode :2015ApEnM..81..966C。土井：10.1128/AEM.02925-14。PMC 4292468。PMID 25416769。
- Skinner, FA (1953)。「ストレプトマイセス・アルビドフラバスによるフザリウム・カルモラムの阻害」。ネイチャー。172 ( 4391): 1191。Bibcode : 1953Natur.172.1191S。doi: 10.1038 / 1721191a0。PMID 13111286。S2CID 4195458 。
- Q. アシュトン アクトン (2013)。ストレプトミセタ科の研究と応用の進歩: 2013 年版: ScholarlyBrief。ScholarlyEditions。ISBN 978-1-4816-7198-9。
外部リンク
- BacDive の Streptomyces albidoflavus の標準株 - 細菌多様性メタデータ