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| ＳＳＢ | |||||||||
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 大腸菌の原始DNA複製タンパク質PriBの結晶構造 | |||||||||
| 識別子 | |||||||||
| シンボル | ＳＳＢ | ||||||||
| パム | PF00436 | ||||||||
| ファム一族 | CL0021 | ||||||||
| インタープロ | 著作権 | ||||||||
| プロサイト | PDOC00602 | ||||||||
| SCOP2 | 1kaw / スコープ / SUPFAM | ||||||||
| TCDB | 3.A.7 | ||||||||
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一本鎖結合タンパク質( SSB ) は、細菌から人間までのウイルスと生物の両方で特定されているタンパク質の一種です。
ウイルスSSB
| ウイルス_DNA_bp | |||||||||
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 単純ヘルペスウイルス1型由来の一本鎖DNA結合タンパク質（ICP8） | |||||||||
| 識別子 | |||||||||
| シンボル | ウイルス_DNA_bp | ||||||||
| パム | PF00747 | ||||||||
| インタープロ | 著作権 | ||||||||
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ヒトサイト メガロウイルス(HHV-5) DNA 合成の全体像はヘルペスウイルスの典型であるように見えますが、いくつかの新しい特徴が出現しています。
構造
ICP8、単純ヘルペスウイルス（HSV-1）一本鎖DNA結合タンパク質（ssDNA結合タンパク質（SSB））では、頭部は8つのアルファヘリックスで構成されています。首領域の前面は5本鎖のベータシートと2つのアルファヘリックスで構成され、背面は3本鎖のベータシートです。N末端ドメインの肩部分には、アルファヘリックスとベータシート領域が含まれています。[1]単純ヘルペスウイルス（HSV-1）SSB、ICP8は、他の複製タンパク質とともに、溶解感染中のウイルスDNA複製に必要な核タンパク質です。[1]
機構
ヘルペスウイルスグループ共通遺伝子6つは、 2サブユニットDNAポリメラーゼ、ヘリカーゼプライマーゼ複合体、一本鎖DNA結合タンパク質など、複製フォーク機構を構成すると思われるタンパク質をコードしている。 [2]ヒトヘルペスウイルス1（HHV-1）一本鎖DNA結合タンパク質ICP8は、128kDaの亜鉛金属タンパク質である。光親和性標識により、アミノ酸残基368-902を含む領域にICP8の一本鎖DNA結合部位が含まれていることが示された。[3] HHHV-1 UL5、UL8、UL52遺伝子は、ウイルスDNA複製フォークでの同時DNA巻き戻しとプライマー合成を担う必須のヘテロ三量体DNAヘリカーゼプライマーゼをコードしている。ICP8はDNA巻き戻しを刺激し、ヘリカーゼプライマーゼをDNAにリクルートすることでシスプラチンで損傷したDNAをバイパスできるようにする可能性がある。[4]
細菌性SSB
細菌中のSSBタンパク質ドメインはDNA代謝、より具体的にはDNA複製、修復、および組み換えの維持に重要である。[5] 3本のβ鎖から1本の6本鎖βシートへと二量体を形成する構造を持つ。[6]
真核生物複製タンパク質A
| 複製タンパク質A | |||||||||||||
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| （ヘテロ三量体） | |||||||||||||
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| 関数 | 損傷した DNA 結合、一本鎖 DNA 結合 | ||||||||||||
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複製タンパク質 A は真核細胞の核内で SSB と機能的に同等ですが、配列の相同性はありません。
真核生物ミトコンドリアSSB
真核細胞のミトコンドリアには、独自の一本鎖 DNA 結合タンパク質が含まれています。ヒトミトコンドリア SSB (mtSSB) は、テトラマーとして一本鎖ミトコンドリア DNA に結合し、細菌 SSB と配列類似性があります。[7]ヒト mtSSB はSSBP1遺伝子によってコードされています。酵母では、RIM1 遺伝子によってコードされています。[8]
ゲノム修復と抗老化における役割
最近、1.ゲノムの保護に役立つこと、2.幹細胞にとって不可欠であること、3.テロメアの長さの維持に関与していることが分かりました。[9] [10] [11]
参照
参考文献
- ^ ab Mapelli M、Panjikar S、Tucker PA (2005)。「単純ヘルペスウイルス1のssDNA結合タンパク質の結晶構造は、柔軟で協調的な一本鎖DNA結合の構造的基礎を示唆している」。J Biol Chem . 280 (4): 2990–7. doi : 10.1074/jbc.M406780200 . PMID 15507432。
- ^ Anders DG、 McCue LA (1996)。「DNA合成に必要なヒトサイトメガロウイルス遺伝子とタンパク質」。Intervirology。39 ( 5–6): 378–88。doi :10.1159/ 000150508。PMID 9130047 。
- ^ White EJ、Boehmer PE (1999年10月)。「オリゴデオキシリボヌクレオチドによる単純ヘルペスウイルス1型一本鎖DNA結合タンパク質(ICP8)の光親和性標識」。Biochem . Biophys. Res. Commun . 264 (2): 493–7. doi : 10.1006/bbrc.1999.1566 . PMID 10529391。
- ^ Tanguy Le Gac N、Villani G、Boehmer PE (1998 年 5 月)。「単純ヘルペスウイルス 1 型一本鎖 DNA 結合タンパク質 (ICP8) は、ウイルス DNA ヘリカーゼプライマーゼのシスプラチン修飾 DNA を解く能力を高める」。J . Biol. Chem . 273 (22): 13801–7. doi : 10.1074/jbc.273.22.13801 . PMID 9593724。
- ^ Meyer RR、Laine PS (1990 年 12 月)。「大腸菌の一本鎖 DNA 結合タンパク質」。Microbiol . Rev. 54 ( 4): 342–80. doi :10.1128/MMBR.54.4.342-380.1990. PMC 372786. PMID 2087220 。
- ^ Raghunathan S、Ricard CS、Lohman TM、Waksman G (1997 年 6 月)。「セレノメチオニルタンパク質の 2.9 Å 解像度での多波長 X 線回折によって決定された大腸菌一本鎖 DNA 結合タンパク質のホモ四量体 DNA 結合ドメインの結晶構造」。Proc . Natl. Acad. Sci. USA . 94 (13): 6652–7. doi : 10.1073/pnas.94.13.6652 . PMC 21213 . PMID 9192620。
- ^ Tiranti, V; Rocchi, M; DiDonato, S; Zeviani, M (1993年4月30日). 「ミトコンドリア一本鎖DNA結合タンパク質（SSB）をコードするヒトおよびラットcDNAのクローニング」. Gene . 126 (2): 219–25. doi :10.1016/0378-1119(93)90370-i. PMID 8482537.
- ^ Van Dyck, E; Foury, F; Stillman, B; Brill, SJ (1992 年 9 月)。「S. cerevisiae のミトコンドリア DNA 複製に必要な一本鎖 DNA 結合タンパク質は、E. coli SSB と相同である」。The EMBO Journal。11 ( 9 ) : 3421–30。doi :10.1002/ j.1460-2075.1992.tb05421.x。PMC 556877。PMID 1324172。
- ^ Pfeifer, Matthias; Brem, Reto; Lippert, Timothy P.; Boulianne, Bryant; Ho, Howin Ng; Robinson, Mark E.; Stebbing, Justin; Feldhahn, Niklas (2019年6月15日). 「SSB1/SSB2タンパク質はB細胞前駆細胞のゲノムを保護することでB細胞の発生を保護する」. The Journal of Immunology . 202 (12): 3423–3433. doi :10.4049/jimmunol.1801618. PMC 6545462 . PMID 31085591.
- ^ 史、魏;ヴー、テレーズ。ブーシェ、ディディエ。ビエルナッカ、アンナ。んで、ジュール。パンディタ、ラジ・K。ストローブ、ジャスミン。ボイル、グレン M.アル・エジェ、運賃。ナグ、プルバ。ジェフリー、ジェシー。ハリス、ジャネール L.ベイン、アマンダ L.グルゼラック、マルタ。スクシプチャク、マグダレナ。ミトラ、アビシェク。ドージャー、ノーバート。ニコラ・クロセット。クルーナン、ニコール。ベシュレル、オリヴィエ J.フィニー、ジョン。スカール、ジェフリー R.ウォークリー、カール R.パンディタ、テジ・Ｋ．ロウィッカ、マガ。ジナルスキー、クシシュトフ。レーン、スティーブン・W.カンナ、クムクム（2017年5月4日）。 「Ssb1とSsb2は複製ストレスを解消することで協力してマウス造血幹細胞と前駆細胞を制御する」。Blood . 129 ( 18): 2479–2492. doi :10.1182/blood-2016-06-725093. PMC 5418634. PMID 28270450.
- ^ Pandita, RK; Chow, TT; Udayakumar, D.; Bain, AL; Cubeddu, L.; Hunt, CR; Shi, W.; Horikoshi, N.; Zhao, Y.; Wright, WE; Khanna, KK; Shay, JW; Pandita, TK (2015 年 1 月 14 日)。「一本鎖 DNA 結合タンパク質 SSB1 はテロメアへの TERT リクルートメントを促進し、テロメアの G オーバーハングを維持します」。Cancer Research。75 ( 5 ) : 858–869。doi : 10.1158 / 0008-5472.CAN -14-2289。PMC 4351820。PMID 25589350。
外部リンク
- 米国国立医学図書館の医学件名標目(MeSH)における一本鎖 DNA 結合タンパク質
- PFAM の SSB