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一本鎖 DNA 結合タンパク質( SSB ) は、大腸菌( E. coli )に見られるタンパク質で、デオキシリボ核酸 ( DNA ) の一本鎖領域に結合します。[1]一本鎖 DNA は、複製、組み換え、修復など、DNA 代謝のあらゆる段階で生成されます。この一本鎖 DNA を安定化させるだけでなく、SSB タンパク質は、これらすべてのプロセスに関与する多数のタンパク質に結合してその機能を調節します。
活性大腸菌SSBは、4つの同一の19kDaサブユニットで構成されています。一本鎖DNAのテトラマーへの結合は、さまざまな「モード」で発生する可能性があり、SSBは、塩分濃度などのいくつかの要因に応じて、さまざまなDNA塩基を占有します。たとえば、約65ヌクレオチドのDNAがSSBテトラマーに巻き付き、その4つのサブユニットすべてに接触する（SSB）65結合モードは、in vitroで高塩分濃度で好まれます。より低い塩分濃度では、約35ヌクレオチドがSSBサブユニットの2つだけに結合する（SSB）35結合モードが形成される傾向があります。in vivoでのさまざまな結合モードの機能を明らかにするには、さらなる研究が必要です。
細菌性SSB
| ＳＳＢ | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 大腸菌の原始DNA複製タンパク質PriBの結晶構造 | |||||||||
| 識別子 | |||||||||
| シンボル | ＳＳＢ | ||||||||
| パム | PF00436 | ||||||||
| ファム一族 | CL0021 | ||||||||
| インタープロ | 著作権 | ||||||||
| プロサイト | PDOC00602 | ||||||||
| SCOP2 | 1kaw / スコープ / SUPFAM | ||||||||
| TCDB | 3.A.7 | ||||||||
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細菌中のSSBタンパク質ドメインは、DNA代謝、より具体的にはDNA複製、修復、および組み換えを維持する機能において重要です。 [2]これは、3本のβ鎖から1本の6本鎖βシートの構造を持ち、タンパク質二量体を形成します。[3]
参照
参考文献
- ^ Shishmarev D, Wang Y, Mason CE, Su XC, Oakley AJ, Graham B, et al. (2014年2月). 「核磁気共鳴分光法による大腸菌一本鎖DNA結合タンパク質のC末端の分子内結合モードの決定」. Nucleic Acids Research . 42 (4): 2750–2757. doi :10.1093/nar/gkt1238. PMC 3936761. PMID 24288378 .
- ^ Meyer RR、 Laine PS (1990 年 12 月) 。「大腸菌の一本鎖 DNA 結合タンパク質」。Microbiological Reviews。54 ( 4 ): 342–380。doi : 10.1128 /MMBR.54.4.342-380.1990。PMC 372786。PMID 2087220 。
- ^ Raghunathan S、Ricard CS、Lohman TM、Waksman G (1997 年 6 月)。「セレノメチオニルタンパク質の 2.9 Å 解像度での多波長 X 線回折によって決定された大腸菌一本鎖 DNA 結合タンパク質のホモ四量体 DNA 結合ドメインの結晶構造」。米国科学 アカデミー紀要。94 (13): 6652–6657。doi : 10.1073 / pnas.94.13.6652。PMC 21213。PMID 9192620。
外部リンク
- 米国国立医学図書館の医学件名標目(MeSH)における一本鎖 DNA 結合タンパク質
- PFAM の SSB