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選択的良心的兵役拒否とは、兵役の一部を拒否する行為である。これは、一貫した平和主義に基づく包括的な良心的兵役拒否よりもはるかに議論の的となっている。[ 1 ]選択的良心的兵役拒否に対する見解は、道徳的に許されない、道徳的に許される、行使できる権利である、あるいは違法な侵略戦争への参加を求められた軍人にとっては道徳的に義務である、など多岐にわたる。[ 2 ]
伝統的な見解では、兵士はたとえ良心に反する場合でも、戦争に参加するよう上官の命令に従う義務がある。[ 1 ]この見解では、不正な戦争を戦ったことに対する道徳的責任は、完全に指導者に帰せられ、完全に無実の一般兵士には帰せられない（戦闘員の道徳的平等を参照）。[ 1 ] [ 3 ]この見解を支持する議論には、市民は国家の戦争決定に従うべきだとする社会契約論に基づくものや、個々の兵士は戦争が正当かどうかを判断する立場にないという議論などがある。[ 1 ]
1539 年、フランシスコ デ ビトリアは次のように主張しました。
戦争が明らかに不当であると臣民が考える場合、たとえ君主から命令されても、彼は戦ってはならない。これは明白なことである。なぜなら、いかなる権威によっても罪のない人を合法的に殺すことはできず、ここで問題にしている敵は罪のない者でなければならないからである。…もし良心が戦争は不当だと臣民に告げるならば、たとえその良心が間違っていたとしても、彼らは戦争に行ってはならない。[ 1 ]
正義の目的であろうと不正義の目的であろうと、戦闘員の道徳的平等を否定する人々は、個々の兵士は死やその他の重大な危害を受けることなく不正義の戦争に参戦することを拒否する義務があると主張する。[ 4 ]ジョン・ロールズは、選択的反対は政府が不正義の戦争を続けることを防ぐ可能性があるため、認められるべきだと主張する。[ 5 ]
米国がベトナム戦争に参加した最初の数年間、正戦論に基づく選択的良心的兵役拒否は、カトリック教徒の戦争拒否者だけでなく、ユダヤ人、無宗教の男性、その他の宗教の人々の間でも広く行われていた。草の根レベルでの強い支持にもかかわらず、選択的良心的兵役拒否は、徴兵された兵士がどの戦争に参加するかを選択できるようにすると国防が損なわれる恐れがあるため、国家にとって容認できないものであった。[ 6 ] 2022年のロシアによるウクライナ侵攻の際、ウクライナ大統領やエストニア大統領を含む一部の指導者は、ロシア兵は侵攻に選択的に反対すべきだと主張した。[ 7 ] IDFへの入隊を拒否するイスラエル人の多くは、レバノン侵攻やヨルダン川西岸占領などの特定の行為を不道徳または違法だと批判する選択的良心的兵役拒否者である。[ 5 ]
法律上、ほとんどの国の裁判所は包括的拒否と選択的拒否を区別し、前者のみを認めている。[ 1 ] [ 5 ]兵士には戦争犯罪を犯すことを拒否する権利と責任があるが、違法な戦争で戦うことを拒否する権利は広く認められていない。[ 8 ]米国では、1971年のジレット対米国事件で、良心的兵役拒否者として認められるには、すべての戦争を拒否しなければならないと判断された。[ 9 ]国際法学者のトム・ダネンバウムは、兵士には違法な戦争で戦わない権利があるべきであり、拒否する者は難民として認められるべきだと主張している。[ 10 ]