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| sbRNA | |
|---|---|
 線虫sbRNAの保存された二次構造 | |
| 識別子 | |
| シンボル | sbRNA |
| その他のデータ | |
| RNAタイプ | 遺伝子 |
| ドメイン | カエノラブディティス |
| PDB構造 | PDBe |
| Rfam |
|
|---|
sbRNA（ステムバルジRNA ）は、線虫Caenorhabditis elegansで初めて発見された非コードRNAファミリーです。線虫cDNAライブラリーの完全なトランスクリプトームスクリーニング中に特定されました。[1]その後の実験では、sbRNAは保存された5'および3'内部モチーフを持ち、バルジで中断された長い対になったステムを形成することが特徴付けられました。 [2]
表現
sbRNAは発達中にさまざまな発現パターンを示します。成虫、ダウアー幼虫、熱ショック後に最も多く発現します。[1] RNAiを使用した体系的なノックアウト解析では、C. elegansの2つのsbRNAのノックアウトに表現型は見つかりませんでした。 [3]しかし、ncRNAに対するRNAiの効率は疑問視されています。[4] sbRNAは、剛性を維持するためにタンパク質繊維に免疫グロブリンを含んでいますが、機能不全のリボソームによる感染のリスクがあります。[説明が必要]
sbRNAはTATAボックスと近位配列要素（PSE Bボックス）からなる共通のプロモーター要素を共有しているが、転写に必要なのはそのうちの1つだけである。[5]転写産物はキャップされておらずポリウリジル化されているため、 RNAポリメラーゼIIIによって転写されると考えられている。[6]
Y RNA相同性
sbRNAであるCeN134は、界全体での探索中に脊椎動物Y RNAの相同体の候補として報告されました。[7]さらなる調査により、保存されたらせん領域と共通のUUAUCループモチーフを持つ相同な二次構造が見つかりました。[6]
したがって、sbRNAの機能は脊椎動物のY RNAの機能と似ている可能性があり、Ro -RNA粒子の一部として機能してRNAの品質を制御し[8] 、染色体複製に役割を果たしています。[9] sbRNAを 欠失してもC.エレガンスの染色体複製は妨げられませんが、これは他のsbRNAが欠落した要素を置き換える結果である可能性があります（ヒトのY RNAの場合と同様）。この理論は、RNAi研究でノックアウトされたsbRNAの表現型を検出できなかった理由も説明しています。[6]
参照
参考文献
- ^ ab Deng W, Zhu X, Skogerbø G, et al. (2006年1月). 「Caenorhabditis elegansの小さな非コードトランスクリプトームの構成：ゲノムの特徴、生合成、発現」Genome Res . 16 (1): 20–9. doi :10.1101/gr.4139206. PMC 1356125. PMID 16344563 .
- ^ Aftab MN; He H; Skogerbø G; Chen R (2008). 「snoRNA関連タンパク質に対するRNAi後のCaenorhabditis elegansにおけるncRNA発現パターンのマイクロアレイ解析」BMC Genomics . 9 :278. doi : 10.1186/1471-2164-9-278 . PMC 2442092. PMID 18547420 .
- ^ Kamath RS、Fraser AG、 Dong Y、他 (2003 年 1 月)。「RNAi を使用した Caenorhabditis elegans ゲノムの体系的な機能解析」。Nature . 421 ( 6920): 231–7。Bibcode :2003Natur.421..231K。doi : 10.1038/nature01278。hdl : 10261/ 63159。PMID 12529635。S2CID 15745225 。
- ^ Ploner A; Ploner C; Lukasser M; Niederegger H; Hüttenhofer A (2009 年 10 月). 「小さな非コード RNA をノックダウンする際の方法論的障害」. RNA . 15 (10): 1797–804. doi :10.1261/rna.1740009. PMC 2743047. PMID 19690100 .
- ^ Li T; He H; Wang Y; Zheng H; Skogerbø G; Chen R (2008). 「Caenorhabditis elegans 非コード RNA プロモーターモチーフの生体内分析」BMC Mol. Biol . 9:71 . doi : 10.1186/1471-2199-9-71 . PMC 2527325. PMID 18680611 .
- ^ abc Boria I, Gruber AR, Tanzer A, et al. (2010年4月). 「線虫sbRNA：脊椎動物Y RNAの相同遺伝子」. J. Mol. Evol . 70 (4): 346–58. Bibcode :2010JMolE..70..346B. doi :10.1007/s00239-010-9332-4. PMID 20349053. S2CID 876486.
- ^ Perreault J; Perreault JP; Boire G (2007年8月). 「後生動物におけるRo関連Y RNA：進化と多様化」. Mol. Biol. Evol . 24 (8): 1678–89. doi : 10.1093/molbev/msm084 . PMID 17470436.
- ^ Stein AJ; Fuchs G; Fu C; Wolin SL; Reinisch KM (2005 年 5 月). 「RNA 品質管理の構造的洞察: Ro 自己抗原は中央の空洞を介して誤って折り畳まれた RNA に結合する」. Cell . 121 (4): 529–39. doi :10.1016/j.cell.2005.03.009. PMC 1769319. PMID 15907467 .
- ^ Christov CP; Gardiner TJ; Szüts D; Krude T (2006 年 9 月). 「ヒト染色体 DNA 複製における非コード Y RNA の機能要件」. Mol. Cell. Biol . 26 (18): 6993–7004. doi :10.1128/MCB.01060-06. PMC 1592862. PMID 16943439 .
さらに読む
- Stein AJ ; Fuchs G; Fu C; Wolin SL; Reinisch KM (2005 年 5 月)。「RNA 品質管理の構造的洞察: Ro 自己抗原は中央の空洞を介して誤って折り畳まれた RNA に結合する」。Cell . 121 (4): 529–39. doi :10.1016/j.cell.2005.03.009. PMC 1769319. PMID 15907467 。
- Sönnichsen B 、Koski LB、 Walsh A、他 (2005 年 3 月)。「Caenorhabditis elegans の初期胚発生の全ゲノム RNAi プロファイリング」。Nature 434 ( 7032 ) : 462–9。Bibcode :2005Natur.434..462S。doi :10.1038 / nature03353。PMID 15791247。S2CID 4387191 。
- Mosig A; Guofeng M; Stadler BM; Stadler PF (2007 年 8 月). 「脊椎動物の Y RNA クラスターの進化」. Theory Biosci . 126 (1): 9–14. CiteSeerX 10.1.1.189.4108 . doi :10.1007/s12064-007-0003-y. PMID 18087752. S2CID 14061371.
- Hogg JR; Collins K (2008 年 12 月)。「構造化非コード RNA と RNP ルネッサンス」。Curr Opin Chem Biol . 12 (6): 684–9. doi :10.1016/j.cbpa.2008.09.027. PMC 2633442. PMID 18950732 。
- Marz M ; Kirsten T; Stadler PF (2008 年 12 月)。「後生動物におけるスプライソソーム snRNA 遺伝子の進化」。J . Mol. Evol . 67 (6): 594–607。Bibcode :2008JMolE..67..594M。doi : 10.1007 /s00239-008-9149-6。PMID 19030770。S2CID 18830327。