カエノラブディティス

カエノラブディティス
	線虫
科学的分類
ドメイン：	真核生物
王国：	動物界
門:	線虫
クラス：	クロマドレア
注文：	ラブディティダ
家族：	ラブディティダエ
属:	Caenorhabditis ; Osche、1952
同義語
	ラブディティス（カエノラブディティス）オシェ、1952

Caenorhabditisは、堆肥の山、腐敗した動物の死骸、腐った果物など、細菌が豊富な環境に生息する線虫の属です。名前はギリシャ語の caeno- ( καινός ( caenos ) = 新しい、最近の); rhabditis = 棒状 ( ῥάβδος ( rhabdos ) = 棒、杖) に由来しています。

カエノラブディティス属には、有名なモデル生物である カエノラブディティス・エレガンスや、ゲノム配列が判明しているか現在解析中の他のいくつかの種が含まれます。この属で最も研究されている2種（C.エレガンス とC.ブリッグサエ）は両性異性体（雄と雌雄同体の性別を持つ）ですが、他のほとんどの種は雌雄同体（雄と雌の性別を持つ）です。^[2]

C. elegansはこの属のタイプ種である。^[3] 1900年にMaupasは最初にこの種をRhabditis elegansと命名し、1952年にOscheはこれをCaenorhabditis亜属に置き、1955年にDoughertyはCaenorhabditisを属に昇格させた。^[4]

エコロジー

カエノラブディティスは、栄養分や細菌が豊富なさまざまな環境に生息する。土壌には有機物が不足しているため、土壌では自立した集団を形成しない。幼虫やダウアー幼虫は、ヤスデ、昆虫、等脚類、腹足類などの無脊椎動物によって運ばれる。一部の種は、コブウシなどの脊椎動物と関連しているようにも見えるが、この関連の本質は明らかではない。種は、無脊椎動物の宿主との関係に基づいて、「泳動性」または「死滅性」に分類できる。泳動性の虫は、好ましい環境が見つかるまで宿主に乗り、その後去る。死滅性の虫は、宿主が死ぬのを待ち、死んだ動物の中で繁殖する細菌を食べて生きる。多くの種は、泳動性と死滅性の両方の生活様式をとることができる。^[5]

種

この属には約50種が知られており、そのうちのいくつかはまだ正式に記載されておらず、命名されていませんが、^[6] 2014年に1つの論文で15種が命名されました。^[7]ITS2配列比較に基づいて、これらは次のように分類できます。^[7]

スーパーグループ「エレガンス」
- - Caenorhabditis inopinata - 2017年以前はC. sp. 34と呼ばれていた。イチジクとイチジクバチから雌雄同体（オスとメス）の種が分離され、そのゲノムは宮崎大学で解読されている^[8]
  - カエノラブディティス属 35
- 「エレガンス」グループ
  - 線虫- 1998年にセントルイスのワシントン大学とウェルカムトラストサンガー研究所によってゲノムが6倍の範囲で^{配列された[9]}現在、この属、そしておそらく門の中で最も研究されている種である。線虫は主にXX雄先熟雌雄同体で、自身の精子またはまれにXO雄の精子を使って受精する。^[10]
  - Caenorhabditis briggsae - ゲノム配列は2003年にワシントン大学セントルイス校で完了した。^[11] C. briggsaeは、この属の中で2番目によく研究されている種である。C . briggsaeもほとんどがXX雄先熟雌雄同体であるが、 C. elegansに最も近い親戚ではなく、これらの種とC. tropicalisの雌雄同体の生殖戦略は、収斂進化の例である。C . briggsaeとC. elegansの進化的距離は、ヒトとマウスの距離に似ている。C . nigoniはC. briggsaeに最も近い親戚であり、2つの種は時折、ある程度繁殖可能な雑種を生み出すことがある。^[12]
  - Caenorhabditis remanei -ワシントン大学GSCによってゲノム配列が決定された^{。 [13]}C. elegansよりもC. briggsaeに近いC. remaneiは、 Elegansグループの雌雄同体（オスとメスの絶対性）種である。過去には、 C. remanei、 C. vulgaris （現在ではC. remaneiの亜種と見なされている）、および間の系統の配置について混乱があった。^[14]
  - Caenorhabditis brenneri - （2007年以前はC. sp 4、 C. sp CB5161、 C. sp PB2801と呼ばれていた） - のゲノム配列がワシントン大学GSCによって決定された。^{[15]この雌雄同体の種は}Elegansグループに属し、 C. elegansよりもC. briggsaeに近い。^[16]
  - Caenorhabditis nigoni - 2014年以前はC. sp. 9と呼ばれていた^[7]
  - Caenorhabditis doughertyi - 2014年以前はC. sp. 10と呼ばれていた^[7]
  - Caenorhabditis tropicalis - 2014年以前はC. sp. 11と呼ばれていた^[7]C. elegansやC. briggsaeと同様に、 C. tropicalisの個体群はXX雄先熟雌雄同体とX0雄で構成されている。これら3種は互いに最も近い親戚ではない。
  - Caenorhabditis wallacei - 2014年以前はC. sp. 16と呼ばれていた^[7]
  - カエノラブディティス・ラテンス- 2014年以前はC. sp. 23と呼ばれていた^[7]
  - Caenorhabditis sinica - 2014 年以前はC. sp. 5と呼ばれていた
- 「ジャポニカ」グループ
  - Caenorhabditis japonica - ワシントン大学ゲノム科学センターがゲノム配列を解析中。^[17]この雌雄同体種は、 Elegansグループの姉妹群であるJaponicaグループに属します。野生では、この種は寄生しない形で穴掘りカメムシParastrachia japonensisと共生しており、餌や混雑状況に関係なくダウアー期に入ることができる可能性があります。^[18]^[19]
  - Caenorhabditis afra - （ C. sp. 7、 C. sp. JU1199、 C. sp. JU1286とも呼ばれる）。この雌雄同体（オスとメス）の種は、2007年にアフリカのガーナ、ベゴロでマティアス・ヘルマンによって単離されました。^[20]^[7]そのゲノムはワシントン大学で配列決定されています。^[21]
  - Caenorhabditis imperialis - 2014年以前はC. sp. 14と呼ばれていた^[7]
  - Caenorhabditis kamaaina - 2014 年以前はC. sp. と呼ばれていました。 15 ^[7]
  - カエノラブディティス・ノウラグエンシス- 2014年以前はC. sp. 17と呼ばれていた^[7]
  - Caenorhabditis macrosperma - 2014年以前はC. sp. 18と呼ばれていた^[7]
  - Caenorhabditis yunquensis - 2014 年以前はC. sp. と呼ばれていました。 19 ^[7]
「ショウジョウバエ」スーパーグループ：腐った果物に一般的に見られ、ショウジョウバエによって運ばれる種のグループ
- - Caenorhabditis angaria（2011年以前はC. sp. 2、 C. sp. 3、 C. sp. PS1010と呼ばれていた）^[22]は、2010年にカリフォルニア工科大学でゲノム配列が解読された。^[23]この雌雄同体の種は、ショウジョウバエスーパーグループのAngariaグループに属し、 C. elegansと比較して形態と行動が異なる。特に、 C. angariaのオスは螺旋状の交尾行動を示す。C . elegansからの分岐は、人間と魚の間の距離に似ている。C . castelliは最も近い親戚であり、2つの種はF1雑種を生み出すことができる。^[24]
  - カエノラブディティス・カステリ- 2014年以前はC. sp. 12と呼ばれていた^[7]
  - ショウジョウバエ
  - Caenorhabditis guadeloupensis - 2014年以前はC. sp. 20と呼ばれていた^[7]
  - Caenorhabditis portoensis - 2014年以前はC. sp. 6と呼ばれていた^[7]
  - Caenorhabditis virilis - 2014 年以前はC. sp. と呼ばれていました。 13 ^[7]
  - カエノラブディティス属 8
基礎
- - Caenorhabditis monodelphis - 2017 年以前はCaenorhabditis sp. 1と呼ばれていました
  - Caenorhabditis plicata -エディンバラ大学でゲノム配列が解読中。

その他の系統学的研究

Caenorhabditis属は、一方ではProtorhabditis属、Diploscapter属、Prodontorhabditis属の種を含む「Protorhabditis」グループとグループ化され、他方ではOscheius属とグループ化されてRhabditidae属の「Eurhabditis」グループを形成している。^[25]

Caenorhabditis属の種は、Rab44タンパク質やポリADPリボースグリコヒドロラーゼタンパク質（PARG-1）などの様々なタンパク質の保存領域に見られる39個の保存されたシグネチャーインデルを独占的に共有しており、特に表面に露出したループ上に位置しています。 ^[26]これらの分子マーカーは、この属を他のすべての種と区別するのに役立ち、表面に露出したループ上に存在することは、タンパク質間またはタンパク質とリガンドの相互作用に関係することを示唆しています。^[26]

参考文献

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[:0-26] Khadka, Bijendra; Chatterjee, Tonuka; Gupta, Bhagwati P.; Gupta, Radhey S. (2019-09-24). 「ゲノム解析により Caenorhabditis およびその他の線虫類に特有の新規分子シグネチャが特定され、遺伝学および生化学研究の新たな手段が提供される」。Genes . 10 (10): 739. doi : 10.3390/genes10100739 . ISSN 2073-4425. PMC 6826867 . PMID 31554175.