ロン・シャミア

ロン・シャミア
ヘブライ語
生まれる	( 1953-11-29 )1953年11月29日（71歳） エルサレム、イスラエル
国籍	イスラエル
母校	エルサレム・ヘブライ大学( BSc ) テルアビブ大学( MSc ) カリフォルニア大学バークレー校( PhD )
受賞歴	バイオインフォマティクスにおけるマイケル・ランドー賞 (2011) ISCBフェロー（2012）[1] ACMフェロー（2012）
科学者としてのキャリア
フィールド	バイオインフォマティクス アルゴリズムの設計と分析 アルゴリズムグラフ理論
機関	テルアビブ大学 ブラバトニックコンピュータサイエンス学部
博士課程の指導教員	リチャード・M・カープ・ イラン・アドラー[2]
Webサイト	翻訳元

ロン・シャミール（ヘブライ語：רון שמיר、1953年11月29日生まれ）は、グラフ理論と計算生物学の研究で知られるイスラエルのコンピュータサイエンス教授。バイオインフォマティクスのレイモンド・アンド・ビバリー・サックラー教授を務め、テルアビブ大学のエドモンド・J・サフラ・バイオインフォマティクスセンターの創設者で元所長。

ロン・シャミールは1953年、イスラエルのエルサレムでヴァルダとラファエル・シャミールの長男として生まれました。父方のセファラディムの家族は400年以上エルサレムの旧市街に住んでいます。母方の両親は1920年代初頭にロシアから第三次イスラエル移住でイスラエルに来た開拓者でした。彼にはダフナとガディットという2人の妹がいます。

シャミールはエルサレムのギムナシア・レハビアで12年間学びました。高校時代はスカウトや陸上競技で活躍し、エルサレム高校の砲丸投げ選手権で優勝するなどの功績を残しました。

シャミールはテルアビブ大学（1973～1975年）で数学と物理学の学士課程を開始し、エルサレムのヘブライ大学（1975～1977年）で学位を取得しました。その後、テルアビブ大学でウリ・イェキアリの指導の下、オペレーションズ・リサーチの修士課程を開始し、その後カリフォルニア大学バークレー校のIEOR部門の博士課程に進み、1981年から1984年までそこで学びました。博士論文はリチャード・カープとイラン・アドラーの指導の下で執筆されました。

シャミールはオペレーションズリサーチで研究者としてのキャリアを開始し^{[3] [4] [5] [6] 、}線形計画法とシンプレックス法に関連する最適化問題を研究した。アドラーとカープと共同で執筆した博士論文ではシンプレックス法の平均ケース分析を扱い、特定のシンプレックス法の変種が単純な入力データモデルの下では2次関数になることを示した。^{[7]同様の結果はマイケル・トッドとアドラーと}ニムロッド・メギドによって同時に示された。彼は後にドリット・S・ホッホバウムと構造化最適化問題の効率的なアルゴリズムについて研究した。 ^[8]

1990年代初頭、シャミールはアルゴリズム的グラフ理論に焦点を移した。彼は、弟子のハイム・カプラン、マーティン・ゴルンビックとともに、グラフサンドイッチ問題^{[9] 、グラフ完成問題、}区間グラフに関連するさまざまな問題を研究した。^{[10] [11]区間充足問題に関する彼の論文の1つは、後に}DNA物理マッピング の研究に応用され、^{[12]これが彼を}計算生物学の分野に導いた。

シャミールはグラフ理論の専門知識を生かして、遺伝子発現の問題を解析するためのクラスタリングアルゴリズムを開発しました。この分野での最初の論文は、エレズ・ハルトゥフと共著したもので、 HCSクラスタリングアルゴリズムを紹介しました。 ^[13]ゾハル・ヤキニとアミール・ベン・ドルと共著したCASTアルゴリズムは1999年に発表され^[14]、バイオインフォマティクスコミュニティから大きな注目を集めました。論文で説明されている手法は、ゲノムデータの解析に人気を博しました。ロデッド・シャランと共著したCLICKクラスタリングアルゴリズム^{[15]や、アモス・タナイとロデッド・シャランと共著した}バイクラスタリング用のSAMBAアルゴリズム^[16]は、広く使用されています。

シャミールは研究の幅を広げ、生物学的ネットワークの解析^{[17] [18]} 、ゲノム再編成^[19] 、配列モチーフの発見^{[20] [21]}、転写制御[22] など 、バイオインフォマティクスの新たな側面も研究対象に加えました。^{[23]彼の研究室で開発された多くのツールは、ハイスループットの生物学的データを解析するための統合環境を提供するEXPANDERスイート[6]}の一部として利用できます。

シャミールの現在の研究は、異種のハイスループット生物医学データの統合分析、がんにおけるゲノム再編成、および遺伝子制御に焦点を当てています。

SPIKE（Signaling Pathways Integrated Knowledge Engine）は、特定の人間の経路に関する高度にキュレーションされた相互作用のデータベースです。^[24] SPIKEは、シャミールの計算生物学グループが、システム生物学の研究でイスラエル賞を受賞したヨセフ・シロのグループ、および人間の難聴の第一人者であるカレン・アブラハムのグループ（いずれもテルアビブ大学）と協力して開発しました。

^{シャミールは、バイオインフォマティクスにおける最高の理論会議であるRECOMB会議[25]}の創設運営委員会のメンバーであり、13年間務めました。彼はイスラエルバイオインフォマティクスおよび計算生物学会の共同創設者で、2004年から2006年まで同会会長を務めました。彼はテルアビブ大学のエドモンド・J・サフラ・バイオインフォマティクスセンターの所長であり、バイオインフォマティクスにおけるレイモンド・アンド・ビバリー・サックラー教授職に就いています。^[26]シャミールはバイオインフォマティクスの教育にも力を注いでいます。彼は、計算ゲノミクス（分子生物学のアルゴリズム）や遺伝子発現、DNAチップ、遺伝子ネットワークの分析に関する、幅広く使用されている膨大な講義ノートを作成しました。彼はテルアビブ大学でバイオインフォマティクスにおける生命科学とコンピュータサイエンスの共同学部課程を設立し、プログラムのコアコースを教え、多くの修士課程および博士課程の学生を指導してきました。彼はまた、パベル・A・ペブズナーと共同で「生物学者のためのバイオインフォマティクス」 ^{[27]という}本を編集した。

学生

シャミールはこれまで 80 人以上の大学院生やポスドクを指導してきましたが、その多くが学界や産業界で素晴らしいキャリアを築いています。学界での彼の教え子には、ハイム・カプラン、デケル・ツル、ダリット・ナオール、イツィク・ペール、ロデッド・シャラン、アモス・タナイ、アディ・アカビア、ロイト・シャルギ、ラニ・エルコン、ロテム・ソレク、イリット・ガト・ヴィクス、ミハル・ジヴ・ウケルソン、イゴール・ウリツキー、ムクル・バンサル、メイラヴ・ゼハヴィ、ヤロン・オレンシュタイン、アディ・マロン・カッツ、リアンロン・プなどがいます。

• 国際計算生物学会上級科学者賞受賞業績^[28] (2022)
• テルアビブ大学カダールファミリー優秀研究賞（2017年）
• 2004年の論文「タンパク質複合体の同定」に対してRECOMB「Test of Time Award」を受賞^[29] (2016)
• 国際計算生物学会よりISCBフェローに選出^[1] (2012)
• 計算機協会よりACMフェローに選出^[30] (2012)
• 1999年の論文「遺伝子発現パターンのクラスタリング」^[31]（2011年）により、 RECOMB 「Test of Time Award」を受賞
• バイオインフォマティクス科学におけるマイケル・ランドウ国家賞^[32] (2010)
• テルアビブ大学レイモンド・アンド・ビバリー・サックラーバイオインフォマティクス教授^[33]（2003）
• ISMB最優秀論文賞「スペクトルアライメント」^[34]（2000年）
• イスラエル科学人文アカデミーよりアロンフェローシップ（1987年）

シャミールはミハル・オレン・シャミールと結婚しています。^{[いつ? ]}彼らにはアロン、イタイ、ヨアブの3人の息子がいます。彼らはイスラエルのレホヴォトに住んでいます。^[要出典]