分子生物学のためのインテリジェントシステム

ISMB 会議の起源は、1991 年 11 月に開催された分子生物学に関心を持つ人工知能研究者向けのワークショップにあります。 ^{[ 3 ]}このワークショップは、当時メリーランド州ベセスダにある米国国立衛生研究所の国立医学図書館(NLM)の機械学習プロジェクトのディレクターであったアメリカ人研究者のローレンス・ハンターによって組織されました。^{[ 4 ]} 1992 年に NLM と国立科学財団が主催した同じテーマのワークショップでは、この分野のための定期的な国際会議が必要であることが明らかになりました。そのような会議は、人工知能の急速に発展している応用分野としての分子生物学に特化することになりました。^{[ 5 ]} AAAI、NIH、エネルギー省保健環境研究局から助成金を得ることに成功し、最初の ISMB 会議は 1993 年 7 月に NLM で開催されました。この会議はハンター、デビッド・サールズ（ペンシルベニア大学医学部研究准教授）、ジュード・シャヴリク（ウィスコンシン大学マディソン校コンピュータサイエンス助教授）が議長を務め、13か国から200人以上の参加者を集め、^{[ 4 ]} 69件の科学論文が提出された。^{[ 3 ]}

第1回会議の成功を受けて、会議の最後に第2回ISMB会議の開催が発表された。ISMB 1994は当初シアトルで開催される予定だった。しかし、競合する会議があったため、ISMBは急遽会場を変更せざるを得なくなった。会議は1994年8月にスタンフォード大学で開催され、スタンフォード大学医学部の研究科学者であるラス・アルトマンが主催した。^{[ 3 ]}会議の国際性を強調するため、ISMB 1995はケンブリッジのロビンソン・カレッジで開催された。ISMB 1995は会議の焦点の変化も示した。ISCB理事でありスペイン国立バイオインフォマティクス研究所所長のアルフォンソ・バレンシアは、1995年に「会議はコンピュータ科学を基盤とした会議から、進歩を望むなら生物学にもっと焦点を当てる必要があると誰もが認識する段階に変わった」と述べている。^{[ 3 ]}

ISMB 1997 はギリシャのハルキディキで開催され、国際計算生物学会(ISCB)の設立を記念するものでした。 ^{[ 5 ]} ISCB は、ISMB 会議の科学的、組織的、財政的側面すべてを管理すること、および生物科学におけるコンピュータの新たな役割について科学者が議論する場を提供することに重点を置いて設立されました。ISCB は 1998 年以来、ISMB 会議シリーズの組織を支援してきました。^{[ 2 ]} ISCB 設立後の期間は、ISMB の参加者数の増加も示しました。ISMB 2000 (カリフォルニア大学サンディエゴ校で開催) には 1,000 人以上の代表者が参加し、^{[ 1 ]} 141 本の科学論文が提出されました。^{[ 3 ]}この会議は、規模の制限のため、ISMB が大学で開催される最後の機会でもありました。^{[ 1 ]}

2004年、ISMBは初めて欧州計算生物学会議と共同開催されました。この会議は遺伝子、タンパク質、コンピュータ会議とも同時開催されました。英国グラスゴーで開催されたこの会議は、これまで開催されたバイオインフォマティクス会議の中で最大規模であり^{[ 6 ]}、2,136人の代表者が参加し、496件の科学論文が提出されました^{[ 7 ]} 。アルフォンソ・バレンシアは、ISMB/ECCB 2004をISMBの歴史における重要な節目と見なしています。「ヨーロッパとアメリカのバランスが会議の重要な部分となった最初の会議でした。ここで、アメリカ人とヨーロッパ人の間の協力のルール、方法、精神が確立されました。」^{[ 3 ]}この共同会議の成功は、将来のヨーロッパISMB会議がECCBと共同で開催される道を開きました。^{[ 3 ]}

2006年末までに、ISCBは財政難に陥っていた。2つの会議（ブリスベンで開催されたISMB 2003とフォルタレザで開催されたISMB 2006 ）は、開催地の問題で参加者数が大幅に減少し、それに伴い収入も減少した。^{[ 8 ]}より多くの代表者が参加できるようにするため、会議の開催地を北米とヨーロッパに限定することが決定された。2007年1月、ISMBとECCBは、ISMB/ECCB 2007を皮切りに、隔年でヨーロッパで合同会議を開催することに合意した。^{[ 2 ]}合同会議の合同会議が開催されない年は、ISMBは北米で開催されることになった。2016年現在このパターンは少なくとも2019年まで続くことが確認されています。 ISMB/ECCB 2007（オーストリアのウィーンで開催）は、ISCBが主催の全責任を負った最初の会議となりました。^{[ 1 ]}ウィーンは、ISMB/ECCB 2011でISMBを2度開催した最初の都市となりました。この「再訪」は、適切な会議会場を見つけるために必要な労力の増加を軽減することを目的とした実験でした。ウィーンへの再訪は価格の上昇により部分的にしか成功しなかったと見なされましたが、ボストン（ISMB 2010と2014を開催）は、ISMBが定期的に戻ることができる「安全な」場所になると予測されています。^{[ 1 ]}

ISMB は、カリフォルニア州ロングビーチで開催された ISMB 2012 で第 20 回会議を祝いました。このイベントには約 1,600 人の代表者が集まり、^{[ 1 ]} 268 本の科学論文が投稿されました。^{[ 3 ]} Richard H. Lathrop と Lawrence Hunter は、過去の ISMB 会議を振り返り、バイオインフォマティクスの分野が将来どこに向かうかを予測しようとする特別基調講演を行いました。^{[ 9 ]} ISMB/ECCB 2013 はドイツのベルリンで開催され、約 2,000 人の代表者が参加し、233 本の科学論文が投稿されました。^{[ 10 ]}

ISMBの主要会議は通常3日間開催され、プレゼンテーション、ポスターセッション、基調講演で構成されています。^{[ 1 ]}

ISMB での学術論文は、従来は単一のトラックで発表されていました。^{[ 3 ]} 1994 年の ISMB では、発表がさらに 3 つのテーマに分けられ、それぞれタンパク質の二次構造予測、配列解析、AI 技術、生化学的応用をテーマとしていました。^{[ 4 ]} ISMB の参加者が増加するにつれて、単一のトラック方式はますます維持不可能になり、2004 年の ISMB/ECCB では 2 つの並行トラックが導入されました。さらに拡大した結果、2012 年の ISMB では、複数の議事録トラック、ハイライトトラック、テクノロジートラックを含む9 つの並行トラックで 200 を超える講演が発表されました。 ^{[ 1 ]} ISMB に並行トラックを導入することは物議を醸しました。ロザムステッド研究所の計算およびシステム生物学部門長で、1995 年の ISMB の主催者であるChristopher Rawlings氏は次のように述べています。「AI インテリジェント システム モデルに強くこだわり、誰もがすべてのセッションに参加できる会議にしたいという人がたくさんいました。しかし、規模が大きくなりすぎました。それは不可能でした。」^{[ 3 ]}提出された論文数が増加するにつれて、採択率は劇的に低下し、1994 年の 75% から 2012 年の 13% になりました。^{[ 3 ]} 1993 年～ 2000 年の ISMB の論文集はAAAI Pressから出版されました。2001 年の ISMB 以降、論文集はBioinformatics誌に掲載されています。^{[ 11 ] [ 12 ]} ISMB で発表されるポスターの数も劇的に増加しました。1994 年の ISMB では 25 枚のポスターが発表されました。 ^{[ 4 ]}最近の ISMB 会議では、複数のポスター セッションで 500 ～ 1,000 枚のポスターが発表されています。^{[ 1 ]}

基調講演は単一のトラックで発表され、通常、最も多くの聴衆を集めます。^{[ 2 ]}これらの発表は、バイオインフォマティクスの分野における優れた研究を強調するために選ばれています。ISMBの著名な基調講演者には、8 人のノーベル賞受賞者が含まれています。リチャード J. ロバーツ(1994 年、2006 年の基調講演者)、ジョン サルストン(1995 年)、マンフレッド アイゲン(1999 年)、ジェラルドエデルマン(2000 年)、シドニー ブレナー(2003 年)、クルト ヴュートリッヒ(2006 年)、ロバート フーバー(2006 年)、マイケル レヴィット(2015 年)。^{[ 5 ] [ 13 ] [ 14 ]}

2012年現在、ISMBは150万ドルを超える予算で運営されており、収益面では、他のISCB会議（ISCB-ラテンアメリカ、ISCB-アフリカ、ISCB-アジア、ロッキーマウンテンバイオインフォマティクス会議、CSHALS、グレートレイクスバイオインフォマティクス会議）の合計の4倍の収益を上げています。^{[ 1 ]}標準登録料（2013年時点）は、ISCB会員の研究者の場合は約1,000ドル（非会員の場合は1,350ドル）で、学生はそれより低い料金、企業代表者はそれより高い料金となっています。早期登録には割引が適用されます。^{[ 15 ]}

ISMB では、第 1 回会議以来、プレ カンファレンス チュートリアルが重要な役割を果たしてきました。^{[ 2 ]} ISMB 1994 のチュートリアルには、遺伝的アルゴリズム、ニューラル ネットワーク、分子生物学者向けのAI 、コンピュータ サイエンティスト向けの分子生物学の入門が含まれていました。^{[ 4 ]} ISMB/ECCB 2013 では、計算質量分析法に基づくプロテオミクスとENCODEデータ アクセスに関するチュートリアルが発表されました。^{[ 16 ]}

1990年代後半にISMBの参加者が増加するにつれて、メインカンファレンスと並行していくつかのサテライトミーティングと特別関心グループ（SIG）ミーティングが結成されました。SIGミーティングはメインカンファレンスの1～2日前に開催され、特定のトピックに焦点を当て、メインカンファレンスでは時間的にできない詳細な議論を可能にします。^{[ 17 ]}注目すべきSIGミーティングには、2000年から毎年開催されているバイオインフォマティクスオープンソースカンファレンス（BOSC） ^{[ 18 ]}と、1998年から毎年開催されているバイオオントロジー^{[ 19 ]}があります。サテライトミーティングは通常2日間で、ISMBと併せて開催されます。第12回CAMDAカンファレンスと第9回3DSIGミーティングは、ISMB/ECCB 2013のサテライトミーティングとして開催されました。^{[ 20 ] [ 21 ]}