プエルトリコにおけるプロテスタントは、 1872年に英国国教会の伝統に基づく最初のプロテスタント教会が島に設立されたことで正式に導入された。 1898年にプエルトリコ諸島がアメリカ合衆国の主権下に入る以前は、プロテスタントはローマ・カトリックのスペイン統治下で弾圧されていた。
アグアディージャのモンターニャでは、「ロス・ビブリコス」と呼ばれるグループがアントニオ・バディージョの指導の下、秘密裏に会合を開いていた。多くの自由思想家やプロテスタントはフリーメイソンのロッジに所属しており、年配の世代では今でもそうである。1872年、プエルトリコで最初のプロテスタント教会が設立された。アンティグア聖公会教区のウィリアム・ウォルロンド・ジャクソン司教がポンセにホーリー・トリニティ聖公会教会を設立し、数年後にはビエケスにオール・セインツ聖公会教会が設立された。[ 1 ]
主権が移譲されて間もなく、米国のプロテスタント諸派は宣教活動を促進するために島を分割することに合意した。ポンセとビエケスにあった既存の2つの英国国教会が、米国聖公会の新しい教区の基礎となり[ 2 ]、以来7人の教区主教が就任した。 長老派、メソジスト派、バプテスト派、会衆派、キリストの弟子派が宣教活動を開始した。大統領が知事を任命したが、これらの諸派は政府の政策に影響力を持っていた。1940年代以降、この状況は変化したが、プロテスタントは成長を続け、特にペンテコステ派は貧困層や農村部で成長した。
主流派プロテスタントは教育機関や医療機関を設立した。長老派教会は1912年にインターアメリカン大学[ 3 ]を設立し、11のキャンパスと4万人の学生を擁し、1904年にはサンフアンにアシュフォード長老派病院[ 4 ]を設立した。セブンスデー・アドベンチスト教会は1961年にアドベンチスト大学[ 5 ]を、1954年にはマヤグエス近郊にベラ・ビスタ病院[ 6 ]を設立した。1907年には米国聖公会がポンセにセント・ルーク病院[ 7 ]を設立し、現在では複数の病院からなる医療サービス組織の中心となっている[ 8 ] 。宗派を超えた神学校であるプエルトリコ福音神学校[ 9 ]は1919年に設立された。当初の共同体協定で協力した宗派によって設立された教会協議会がある[ 10 ] 。
1940年、フアニータ・ガルシア・ペラサとその信者たちは、プエルトリコ起源の唯一のプロテスタント宗教である「ミタ」教会を設立した。[ 11 ]
プロテスタント人口の推定値は大きく異なっている。CIAワールドファクトブック は、人口の85%がローマカトリック教徒で、残りの15%がプロテスタントやその他の宗教であると推定している。世論調査員のパブロ・ラモスは1998年に、人口の38%がローマカトリック教徒、28%がペンテコステ派、18%が独立教会の信者であり、後者2つの人口を合わせるとプロテスタントの割合は46%になると述べている。プロテスタントの総数は約200万人に達する。「結論として、プエルトリコはもはやカトリック教徒が多数を占める地域ではない。」[ 12 ]
別の研究者は、プロテスタントの割合についてより控えめな評価を下している。「プエルトリコは、米国との長年の政治的関係により、ラテンアメリカ諸国の中で最もプロテスタントの割合が高く、プロテスタント人口は約33~38%で、その大多数はペンテコステ派である。デビッド・ストールは、1960年から1985年までの福音派教会の成長率をさらに25年間外挿すると、プエルトリコの75%が福音派になると計算している。」[ 13 ]グアテマラとホンジュラスはプロテスタントの割合が似ており、グアテマラが最も高いと思われる。