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PATRIC [1] (Pathosystems Resource Integration Center) は、バイオインフォマティクス リソースセンターの細菌バイオインフォマティクスのウェブサイトで、2004年に最初に作成されました。[2]その後、インフルエンザ研究データベース、ウイルス病原体データベースおよび分析リソースセンターと統合され、細菌およびウイルスバイオインフォマティクスリソースセンター (BV-BRC) が設立されました。[3]これは、データベースと分析ツールを統合した情報システムです。細菌病原体に関連するさまざまなデータ (トランスクリプトミクス、プロテオーム、構造、生化学) に焦点を当てています。 PATRIC は、細菌感染症に関する生物医学研究を サポートするために、さまざまな種類の病原体情報の統合を促進します。
歴史
PATRICはバージニア工科大学のサイバーインフラストラクチャ部門のプロジェクトとして開始され、国立衛生研究所（NIH ）の一部門である国立アレルギー感染症研究所（NIAID ）によって資金提供されています。PATRICは、利用可能な細菌系統ゲノムデータ、プロテオームデータ、およびさまざまなソースからの特定の病原体にリンクされたその他のさまざまな実験データを利用します。[4] PATRICプラットフォームは、比較ゲノミクスのインターフェイスを提供します。2019年に、NIAIDは、現在PATRICが含まれているバイオインフォマティクスリソースセンターのために、シカゴ大学のリックスティーブンス博士にさらなる資金を提供しました。[5]
細菌のカバー範囲
PATRIC には、次の細菌種のデータが含まれています。
参照
参考文献
- ^ Gillespie JJ、Wattam AR、Cammer SA 、 Gabbard JL、Shukla MP、Dalay O、他 (2011 年 11 月)。「PATRIC: ヒト病原菌種に重点を置いた包括的な細菌バイオインフォマティクス リソース」。感染 と免疫。79 (11): 4286–4298。doi : 10.1128 /IAI.00207-11。PMC 3257917。PMID 21896772。
- ^ Davis JJ、Wattam AR、Aziz RK、Brettin T、Butler R、Butler RM、他 (2020 年 1 月)。「PATRIC バイオインフォマティクス リソース センター: データと分析機能の拡張」。核酸研究。48 ( D1 ): D606–D612。doi :10.1093/nar / gkz943。PMC 7145515。PMID 31667520。
- ^ Olson RD、Assaf R、Brettin T、Conrad N、Cucinell C、Davis JJ、他 (2023 年 1 月)。「細菌およびウイルスバイオインフォマティクスリソースセンター (BV-BRC) の紹介: PATRIC、IRD、ViPR を組み合わせたリソース」。核酸 研究。51 ( D1 ): D678 – D689。doi :10.1093/nar/gkac1003。PMC 9825582。PMID 36350631。
- ^ Sobral B、Mao C、Shukla M、Sullivan D、Zhang C (2013 年 1 月 3 日)。「インフォマティクス主導の感染症研究」。Fred A、Gamboa H、Filipe J (編)。バイオメディカル エンジニアリング システムとテクノロジー。Springer Berlin。pp. 3–11。ISBN 9783642297526. 2022年3月5日閲覧。
- ^ 「感染症のためのバイオインフォマティクスリソースセンター」。RePORTER 。米国国立衛生研究所。プロジェクト番号75N93019C00076-P00001-9999-1 。2023年12月1日閲覧。
外部リンク
- 公式サイト
- バイオインフォマティクスリソースセンター BRCの目標と活動を説明するNIAIDのページ
- 5つのBRCの病原体ポータルハブサイト。BRC間の要約情報を提供します。