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| VIPR BRC | |
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 VIPRロゴ | |
| Webサイト | www.viprbrc.org |
ウイルス病原体データベースおよび分析リソース（ViPR） [1] [2] [3]は、米国国立アレルギー感染症研究所（NIAID）の生物防衛研究用カテゴリーAC優先病原体リストに記載されているウイルス病原体、および新興/再興感染症を引き起こすその他のウイルス病原体に関するデータを検索、分析、視覚化、保存、共有するための統合的かつ包括的な公開データベースおよび分析リソースです。ViPRは、米国保健福祉省の機関である国立衛生研究所（NIH）の一部門であるNIAIDによって資金提供されている5つのバイオインフォマティクスリソースセンター（BRC）の1つです。
ViPRでカバーされるウイルスファミリー
ViPR データベースには、アレナウイルス科、ブニヤウイルス科、カリシウイルス科、コロナウイルス科、フィロウイルス科、フラビウイルス科、ヘペウイルス科、ヘルペスウイルス科、パラミクソウイルス科、ピコルナウイルス科、ポックスウイルス科、レオウイルス科、ラブドウイルス科、トガウイルス科のゲノムが含まれています。
ViPR のデータ型
ViPRの分析および視覚化ツール
- BLAST: 最も関連性の高い配列を特定するためのさまざまなカスタムViPRデータベースを提供します。
- ショートペプチド検索: 正確なマッチング、あいまいなマッチング、パターンマッチングを使用して、任意のペプチド配列を検索できます。
- 配列変異解析（[一塩基多型] SNP）：指定された配列に存在する配列変異を計算します
- メタデータ駆動型配列比較分析ツール (Meta-CATS):特定の表現型特性を持つ配列のグループ間で有意に異なる複数の配列アライメント全体の位置を特定するための自動比較統計分析
- 複数の配列アライメント: 特定のジョブの送信に最適な複数のアルゴリズムの 1 つを使用して、小さなゲノム、遺伝子/タンパク質配列、または大きなウイルスゲノム配列をアライメントします。
- 配列アライメントの視覚化: 配列アライメントの視覚化に JalView を使用します
- 系統樹生成: 利用可能ないくつかのアルゴリズムと進化モデルのいずれかを使用して系統樹を計算します
- 系統樹の視覚化: 始祖鳥ビューアを使用して系統樹上の系統メタデータを色分けして表示できます。
- GBrowse: ワクシニアウイルスのViPRシーケンス機能を統合し、大規模なDNAウイルスゲノム（ヘルペスウイルス科およびポックスウイルス科）のゲノムブラウジング機能を提供します。
- シーケンス特徴変異型（SFVT）解析：[4]は機能領域の集中リポジトリを提供し、定義された各領域内で観察されたすべてのシーケンス変異を自動的に計算します。
- 3Dタンパク質構造可視化: 該当する場合はPDBタンパク質構造ファイルをViPR配列機能と統合し、Jmolを使用したインタラクティブな3Dタンパク質構造ビューアを提供します。
- ゲノムアノテーター（GATU）：ユーザーが提供した新しいゲノム配列に注釈を付けることができる
- 遺伝子型判定と組み換え検出: ユーザーが提供した配列の遺伝子型を予測し、フラビウイルス科のウイルスの組み換えの可能性のある部位を特定します。
- PCRプライマー設計: ユーザーは、シーケンスと指定されたパラメータに基づいて、理想的なプライマーを自動的に予測できます。
- ReadSeq: さまざまなシーケンス形式を変換します
- シーケンス機能送信ツール: ユーザーはWebフォームに入力してシーケンス機能を定義できます。
- 外部分析ツール: より専門的な分析を行うためのサードパーティツールのリストと説明を表示します。
- データと分析を保存して共有するためのパーソナルワークベンチ
参考文献
- ^ ウイルス病原体データベースおよび分析リソース (ViPR)
- ^ Pickett, Brett E.; Sadat, Eva L.; Zhang, Yun; Noronha, Jyothi M.; Squires, R. Burke; Hunt, Victoria; Liu, Mengya; Kumar, Sanjeev; Zaremba, Sam; Gu, Zhiping; Zhou, Liwei; Larson, Christopher N.; Dietrich, Jonathan; Klem, Edward B.; Scheuermann, Richard H. (2012). 「ViPR: ウイルス学研究のためのオープンバイオインフォマティクスデータベースおよび分析リソース」。Nucleic Acids Research . 40 (データベース号): D593–D598. doi :10.1093/nar/gkr859. PMC 3245011 . PMID 22006842.
- ^ Pickett, Brett; Greer, Douglas; Zhang, Yun; Stewart, Lucy; Zhou, Liwei; Sun, Guangyu; Gu, Zhiping; Kumar, Sanjeev; Zaremba, Sam; Larsen, Christopher; Jen, Wei; Klem, Edward; Scheuermann, Richard (2012). 「ウイルス病原体データベースおよび分析リソース (ViPR): コロナウイルス研究コミュニティのための包括的なバイオインフォマティクスデータベースおよび分析リソース」.ウイルス. 4 (11): 3209–3226. doi : 10.3390/v4113209 . PMC 3509690. PMID 23202522 .
- ^ ab ノローニャ、ジョティ M.;劉孟雅。スクワイアズ、R. バーク。ピケット、ブレット E.ヘイル、ベンジャミン G.エア、ジリアン M.ギャロウェイ、サマー E.滝本 亨シュモルケ、ミルコ。ビクトリア州ハント。クレム、エドワード。ガルシア・サストレ、アドルフォ。マギー、モニー。シャイアーマン、リチャード H. (2012)。 「インフルエンザウイルスの配列特徴変異型分析：インフルエンザウイルスの宿主範囲制限におけるNS1の役割の証拠」。ウイルス学ジャーナル。86 (10): 5857–5866。土井：10.1128/JVI.06901-11。PMC 3347290。PMID 22398283。
外部リンク
- ヴィPR BRC
- バイオインフォマティクスリソースセンター BRCの目標と活動を説明するNIAIDのページ