ORF3d

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ORF3d
ORF3d
識別子
生物	SARS-CoV-2
シンボル	ORF3d
UniProt	P0DTG0
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ORF3dは、 SARS-CoV-2 （ COVID-19の原因ウイルス）およびセンザンコウに見られる少なくとも1つの近縁コロナウイルスに存在する遺伝子ですが、サルベコウイルス亜属内の他の近縁ウイルスには存在しません。57コドンの長さで、機能不明の新規57アミノ酸残基タンパク質をコードしています。 ^[¹^]少なくとも2つのアイソフォームが報告されており、そのうち33残基の短い形態であるORF3d-2がより高発現しているか、あるいは発現している唯一の形態である可能性があります。^[¹^]^[²^] ORF3dタンパク質は抗原性があり、COVID-19から回復した患者にORF3dタンパク質に対する抗体が存在すると報告されています。^[³^]それ以外の近縁のSARS-CoV（SARSの原因ウイルス）のゲノムには相同遺伝子はありません。^[¹^]^[⁴^]

命名法

SARS-CoV-2の補助タンパク質の命名法、特にORF3aと重複するいくつかの遺伝子に関して、科学文献では大きな混乱が生じている。^[⁴^]多くの科学論文では、 SARS-CoV (約 155 コドン) と SARS-CoV-2 (わずか 22 コドン) のORF3bの長さの違いによる混乱のため、ORF3d とそのタンパク質産物を ORF3b と呼んでいる。[ 4 ^]^さらに^混乱を悪化させているのは、57 コドンのタンパク質産物^[⁵^]と 22 コドンのタンパク質産物^[⁶^]の両方がインターフェロン拮抗薬と同様の効果を持つと報告されていることである。^[⁴^]

SARS-CoV-2の推奨命名法では、 SARS-CoVのORF3bの5'末端に相同な22コドン遺伝子をORF3bと呼び、57コドン遺伝子をORF3dと呼ぶ。 ^[⁴^]

比較ゲノミクス

ORF3d は、SARS-CoV-2ゲノムのORF3aとORF3c の両方と重複するオープンリーディングフレームを持つ重複遺伝子です。これは、機能的なタンパク質をコードする同じ配列領域の3 つの可能なリーディングフレームすべてを示す稀な例である可能性があります。 ^[¹^]^[⁴^] ORF3d は、センザンコウで見つかったコロナウイルスを除いて、SARS-CoVや他の関連コロナウイルスには存在しません。^[¹^] SARS-CoV-2 ゲノム配列は、 COVID-19 パンデミックを通じて広範囲にサンプリングされており、ストップコドンの導入により ORF3d に切断があるSARS-CoV-2 変異体の例が比較的高い頻度で確認されています。^[¹^]^[⁷^]

ORF3d領域のバイオインフォマティクス解析によると、予測されるタンパク質産物の配列は十分に保存されておらず、タンパク質発現の実験的証拠があるにもかかわらず、この遺伝子が機能的なタンパク質をコードしていない可能性が示唆されている。^{[ 8 ]}

表現

ORF3dタンパク質には2つのアイソフォームがあり、1つは57アミノ酸残基の長さ、もう1つは33アミノ酸残基の長さで、後者はORF3d-2として知られています。^{[ 1 ]}リボソームプロファイリングなどの研究から、少なくともORF3d-2の発現に関する実験的証拠がありますが、全長ORF3dの明確な証拠はありません。^{[ 1 ]}^{[ 2 ]}

関数

ORF3dタンパク質の機能は不明であり、この遺伝子はウイルスのライフサイクルにおいて機能的な役割を持つタンパク質をコードしていない可能性がある。^{[ 8 ]}細胞培養の実験条件下で発現させた場合、ORF3dタンパク質はインターフェロン拮抗物質であるように見える。^{[ 5 ]}

COVID-19から回復した患者では、ORF3d由来のペプチドに対する強力な抗体反応が報告されている。^[³^]

参考文献

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