ナトリアルバ

ナトリアルバ
科学的分類
ドメイン：	古細菌
王国：	ユーリアキオータ
門:	ユーリアキオータ
クラス：	ハロバクテリア
注文：	ナトリアルバレス
家族：	ナトリアルバ科
属:	ナトリアルバ; 亀倉とダイオール・スミス 1996
タイプ種
	ナトリアルバ・アジアチカ; 亀倉・ダイアル・スミス 1996
種
	ネッタイシマカ; 「N.アイビエンセ」; ニホントウキ; N.チャハナオエンシス; ニシキヘビ; N.マガディ; N. スワルピエ; 台湾トキ; 「N.ウドゥナオエンシス」;

分類学では、ナトリアルバはナトリアルバ科の属です。^[4]この属には、極端な環境ニッチでも生き残ることができる多様な種が多数含まれており、特に塩分が飽和またはほぼ飽和した水（好塩菌）でも生息できます。^[5]^[6]塩分の多い環境で生息するために、特定の適応をしています。たとえば、細胞機構は表面に荷電アミノ酸を持ち、細胞が水分子をこれらの成分の周りに保持できるようにすることで、高塩分濃度に適応しています。浸透圧とこれらのアミノ酸は、細胞内の塩分量を制御するのに役立ちます。^[7]

例えば、N. magadiiは好気性化学有機栄養性の二重極限環境細菌で、最適な成長にはアルカリ性条件と高塩分濃度が必要です。これらの過酷な条件により、タンパク質中の荷電アミノ酸の組成が変化し（平均等電点はわずか 4.64 ですが、他の生物の平均は 6.5）、ほぼすべてのタンパク質が高度に酸性化しました。^[8]N. magadiiのゲノムは、合計 4,443,643 bp の配列を持つ 4 つのレプリコンで構成され、4,212 個の推定タンパク質をコードしています。ゲノム解析により、高塩分濃度への適応、ストレス応答、グリコシル化、および多糖類生合成に関与する推定タンパク質をコードする複数の遺伝子が特定されました。さらに、プロトン駆動型ATP 合成酵素や、好気呼吸や電子伝達に必要なさまざまな推定シトクロムやその他のタンパク質が見つかりました。ゲノムは、多数の推定プロテアーゼ/ ペプチダーゼをコードしています。^[9]

塩に対する耐性により、この属の一部はバイオテクノロジーのプロセスに利用することができる。^[10]

系統発生

現在受け入れられている分類法は、原核生物の命名法リスト（LPSN）^[11]と国立生物工学情報センター（NCBI） ^[4]に基づいています。

参照

古細菌属の一覧

参考文献

^ 亀倉正史;妹尾裕子；ダイオール・スミス、M. (1996-05-23)。「ハロリシン R4、好塩性古細菌 Haloferax mediterranei 由来のセリンプロテイナーゼ、遺伝子クローニング、発現および構造研究」。Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - タンパク質構造と分子酵素学。1294 (2): 159–167。土井：10.1016/0167-4838(96)00016-7。ISSN 0006-3002。PMID 8645734。
^ Hezayen, FF; Rehm, BH; Tindall, BJ; Steinbüchel, A (2001). 「Natrialba asiatica B1T の Natrialba taiwanensis sp. nov. への移行および、細胞外ポリグルタミン酸を生成するエジプトの古細菌の新規の極めて好塩性、好気性、非色素性メンバーである Natrialba aegyptiaca sp. nov. の説明」International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology . 51 (3): 1133–1142. doi : 10.1099/00207713-51-3-1133 . PMID 11411682.
^ Xu、Y.;ワン、Z。シュエ、Y.周、Ｐ． 5月。;ヴェントーサ、A.グラント、WD (2001 年 9 月)。「Natrialba hulunbeirensis sp. nov. および Natrialba chahannaoensis sp. nov.、中国内モンゴル自治区のソーダ湖由来の新規好塩アルカリ性古細菌」。系統的および進化的微生物学の国際ジャーナル。51 (Pt 5): 1693 ～ 1698 年。土井: 10.1099/00207713-51-5-1693。ISSN 1466-5026。PMID 11594597。
^ ab Sayers; et al. "Natrialba".国立生物工学情報センター(NCBI) 分類データベース. 2023年10月10日閲覧。
^ 亀倉正弘; DYALL-SMITH, MICHAEL L. (1995). 「Halobacteriaceae科の分類と2つの新属HalorubrobacteriumとNatrialbaの説明」.一般応用微生物学ジャーナル. 41 (4): 333–350. doi : 10.2323/jgam.41.333 . ISSN 0022-1260.
^ 亀倉正史;ダイアル・スミス、ML;ウパサニ、V.ヴェントーサ、A.ケイツ、M. (1997 年 7 月)。「好アルカリ性好塩菌の多様性：Natronobacterium vacuolatum、Natronobacterium magadii、Natronobacterium pharaonis を、それぞれ Halorubrum vacuolatum comb. nov.、Natrialba magadii comb. nov. として、Halorubrum、Natrialba、Natronomonas gen. nov. に移管する提案Natronomonas pharaonis comb.、それぞれ。系統的細菌学の国際ジャーナル。47 (3): 853–857。土井: 10.1099/00207713-47-3-853。ISSN 0020-7713。PMID9226918 。
^ Reed, Christopher J.; Lewis, Hunter; Trejo, Eric; Winston, Vern; Evilia, Caryn (2013). 「古細菌極限環境微生物におけるタンパク質適応」Archaea . 2013 : 373275. doi : 10.1155/2013/373275 . ISSN 1472-3646. PMC 3787623 . PMID 24151449.
^ Kozlowski, Lukasz P. (2017-01-04). 「Proteome-pI: プロテオーム等電点データベース」. Nucleic Acids Research . 45 (D1): D1112–D1116. doi : 10.1093/nar/gkw978. PMC 5210655. PMID 27789699.
^ シダラマッパ、シヴァクマラ;チャラコム、ジーン F.デカストロ、ロザナ E.ファイファー、フリードヘルム。サストレ、ディエゴ E.ヒメネス、マリア I.パッジ、ロベルト A.デッター、ジョン C.ダベンポート、カレン W. (2012-05-04)。「好アルカリ性塩古古細菌 Natrialba magadii ATCC 43099T の遺伝的内容に関する比較ゲノミクスの観点」。BMC ゲノミクス。13 : 165.土井: 10.1186/1471-2164-13-165。PMC 3403918。PMID 22559199。
^ ケブッシュ・ガナ、サリマ;ガナ、モハメド・ラミン。フェリオーネ、イメン。ケミリ、スアド。レンチ、ネスリン。シヘム州アクムーシ・トゥミ。ブアナン・ダレンフェド、ナビラ・アメル。ジェラリ、ナセル・エディン (2013-11-01)。「塩水条件下で、天日塩田から単離された極めて好塩性の細菌であるナトリアルバ種 E21 株の捕捉細胞による、生理食塩水条件下での粗デーツシロップ上でのバイオサーファクタントの生成 (アイン・サラー、アルジェリア)」。極限環境微生物。17 (6): 981–993。土井：10.1007/s00792-013-0580-2。ISSN 1431-0651。PMID 24061687。S2CID 15583238 。
^ JP Euzéby. 「Natrialba」。命名法で定められた原核生物名のリスト（LPSN）。 2023年10月10日閲覧。
^ 「The LTP」。 2023年5月10日閲覧。
^ 「LTP_all tree in newick format」。2023年5月10日閲覧。
^ 「LTP_06_2022 リリースノート」(PDF) 。 2023年5月10日閲覧。
^ 「GTDBリリース08-RS214」。ゲノム分類データベース。 2023年5月10日閲覧。
^ "ar53_r214.sp_label".ゲノム分類データベース. 2023年5月10日閲覧。
^ 「分類の歴史」。ゲノム分類データベース。 2023年5月10日閲覧。

さらに読む

科学雑誌

コンデ、JD;ギレン、J.ネルセシアン、D.オルドネス、MV;他。 (2011 年 9 月)。「ナトリアルバ・マガディ由来の古細菌ユビキチン様ポリペプチドのFTIRによる二次構造決定」。ヨーロッパ生物物理学ジャーナル。40 (9): 1101–1107。土井：10.1007/s00249-011-0719-y。hdl : 11336/13062。PMID 21701865。S2CID 13480537 。
Oren A; Ventosa A (2000). 「国際細菌分類学委員会塩酸バクテリア科の分類に関する小委員会。会議議事録、1999 年 8 月 16 日、オーストラリア、シドニー」。Int . J. Syst. Evol. Microbiol . 50 (3): 1405–1407. doi : 10.1099/00207713-50-3-1405 . PMID 10843089。

科学書

ギボンズ、NE (1974)。「ファミリー V. Halobacteriaceae fam. nov.」。RE Buchanan、NE Gibbons (編) 。Bergey's Manual of Determinative Bacteriology (第 8 版)。ボルチモア: The Williams & Wilkins Co.

外部リンク

BacDive の Natrialba - 細菌多様性メタデータ
タンパク質の極端な電荷分布を示す Proteme-pI データベースの Natrialba magadii

[1] 亀倉正史;妹尾裕子；ダイオール・スミス、M. (1996-05-23)。「ハロリシン R4、好塩性古細菌 Haloferax mediterranei 由来のセリンプロテイナーゼ、遺伝子クローニング、発現および構造研究」。Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - タンパク質構造と分子酵素学。1294 (2): 159–167。土井：10.1016/0167-4838(96)00016-7。ISSN 0006-3002。PMID 8645734。

[2] Hezayen, FF; Rehm, BH; Tindall, BJ; Steinbüchel, A (2001). 「Natrialba asiatica B1T の Natrialba taiwanensis sp. nov. への移行および、細胞外ポリグルタミン酸を生成するエジプトの古細菌の新規の極めて好塩性、好気性、非色素性メンバーである Natrialba aegyptiaca sp. nov. の説明」International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology . 51 (3): 1133–1142. doi : 10.1099/00207713-51-3-1133 . PMID 11411682.

[3] Xu、Y.;ワン、Z。シュエ、Y.周、Ｐ． 5月。;ヴェントーサ、A.グラント、WD (2001 年 9 月)。「Natrialba hulunbeirensis sp. nov. および Natrialba chahannaoensis sp. nov.、中国内モンゴル自治区のソーダ湖由来の新規好塩アルカリ性古細菌」。系統的および進化的微生物学の国際ジャーナル。51 (Pt 5): 1693 ～ 1698 年。土井: 10.1099/00207713-51-5-1693。ISSN 1466-5026。PMID 11594597。

[NCBI-4] Sayers; et al. "Natrialba".国立生物工学情報センター(NCBI) 分類データベース. 2023年10月10日閲覧。

[5] 亀倉正弘; DYALL-SMITH, MICHAEL L. (1995). 「Halobacteriaceae科の分類と2つの新属HalorubrobacteriumとNatrialbaの説明」.一般応用微生物学ジャーナル. 41 (4): 333–350. doi : 10.2323/jgam.41.333 . ISSN 0022-1260.

[6] 亀倉正史;ダイアル・スミス、ML;ウパサニ、V.ヴェントーサ、A.ケイツ、M. (1997 年 7 月)。「好アルカリ性好塩菌の多様性：Natronobacterium vacuolatum、Natronobacterium magadii、Natronobacterium pharaonis を、それぞれ Halorubrum vacuolatum comb. nov.、Natrialba magadii comb. nov. として、Halorubrum、Natrialba、Natronomonas gen. nov. に移管する提案Natronomonas pharaonis comb.、それぞれ。系統的細菌学の国際ジャーナル。47 (3): 853–857。土井: 10.1099/00207713-47-3-853。ISSN 0020-7713。PMID9226918 。

[7] Reed, Christopher J.; Lewis, Hunter; Trejo, Eric; Winston, Vern; Evilia, Caryn (2013). 「古細菌極限環境微生物におけるタンパク質適応」Archaea . 2013 : 373275. doi : 10.1155/2013/373275 . ISSN 1472-3646. PMC 3787623 . PMID 24151449.

[8] Kozlowski, Lukasz P. (2017-01-04). 「Proteome-pI: プロテオーム等電点データベース」. Nucleic Acids Research . 45 (D1): D1112–D1116. doi : 10.1093/nar/gkw978. PMC 5210655. PMID 27789699.

[9] シダラマッパ、シヴァクマラ;チャラコム、ジーン F.デカストロ、ロザナ E.ファイファー、フリードヘルム。サストレ、ディエゴ E.ヒメネス、マリア I.パッジ、ロベルト A.デッター、ジョン C.ダベンポート、カレン W. (2012-05-04)。「好アルカリ性塩古古細菌 Natrialba magadii ATCC 43099T の遺伝的内容に関する比較ゲノミクスの観点」。BMC ゲノミクス。13 : 165.土井: 10.1186/1471-2164-13-165。PMC 3403918。PMID 22559199。

[10] ケブッシュ・ガナ、サリマ;ガナ、モハメド・ラミン。フェリオーネ、イメン。ケミリ、スアド。レンチ、ネスリン。シヘム州アクムーシ・トゥミ。ブアナン・ダレンフェド、ナビラ・アメル。ジェラリ、ナセル・エディン (2013-11-01)。「塩水条件下で、天日塩田から単離された極めて好塩性の細菌であるナトリアルバ種 E21 株の捕捉細胞による、生理食塩水条件下での粗デーツシロップ上でのバイオサーファクタントの生成 (アイン・サラー、アルジェリア)」。極限環境微生物。17 (6): 981–993。土井：10.1007/s00792-013-0580-2。ISSN 1431-0651。PMID 24061687。S2CID 15583238 。

[LPSN-11] JP Euzéby. 「Natrialba」。命名法で定められた原核生物名のリスト（LPSN）。 2023年10月10日閲覧。

[12] 「The LTP」。 2023年5月10日閲覧。

[13] 「LTP_all tree in newick format」。2023年5月10日閲覧。

[14] 「LTP_06_2022 リリースノート」(PDF) 。 2023年5月10日閲覧。

[about-15] 「GTDBリリース08-RS214」。ゲノム分類データベース。 2023年5月10日閲覧。

[tree-16] "ar53_r214.sp_label".ゲノム分類データベース. 2023年5月10日閲覧。

[taxon_history-17] 「分類の歴史」。ゲノム分類データベース。 2023年5月10日閲覧。