国立自然科学博物館

5,004,294点（2022年度現在）。^{[ 10 ]} これらのうち、約14,000点が常設展示されている。その他はつくばエリアで保管・研究されている。^{[ 11 ]}

• 動物実験部門 – 2,346,747件
• 植物学科 – 2,110,147件
• 地質学科 – 353,270件
• 人文科学研究部門 – 163,315件
• 科学工学部 – 38,815件

毎年約10万点の品物が新たに収集されている。^{[ 12 ]}

所蔵品のうち、以下の品々は国の重要文化財に指定されています。

• 渋川俊海作の天球儀と地球儀（古い台座板2枚付き）

1695年製の万年時計、 1697年製の天球儀。 ^{[ 13 ] [ 14 ]}

• 田中久重作「万年時計」：東芝

1851年製。東芝所有。1931年に東京科学博物館（国立科学博物館の前身）に寄贈。地球館2階に展示。^{[ 15 ]}

• 英国製の天体望遠鏡（8インチフレキシブル赤道儀）。

トラウトン＆シムズ社製。日本に輸入された最初の本格的な最大望遠鏡。国立天文台で1967年まで使用されていた。 ^{[ 16 ]}

• ミルン式水平振り子型地震計（付録：地震記録 第41巻）

日本で現存する最古の地震計。1899年に東京帝国大学のキャンパスに設置された。イギリス出身の鉱山技師で地震学者のミルンによって発明された。^{[ 17 ]}

• ソジオグラフ（ブリキ製蓄音機）、イギリス製（付属：木箱）

日本に初めて導入された蓄音機。1878年11月16日、東京大学理学部一橋実験室で、日本で最初の録音が行われた。 ^{[ 18 ]}

• 旧東京科学博物館本館

この建物は関東大震災後の復興事業の一環として、東京科学博物館の本館として1931年9月に完成しました。新ルネサンス様式で設計されています。文部省大臣官房建築課の技師、粕谷健三によって設計されたこの建物は、2008年6月9日に重要文化財に指定されました。^{[ 19 ]}

上野本館のテーマは「人間と自然の共存を目指して」であり、日本館と地球館の2つの展示ホールで構成されている。^{[ 20 ]}

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  ジャポニクス（Zalophus japonicus）
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  フタバサウルス
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  ニッポンアンモナイト
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  隕石が日本に落下
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  トキ（Nipponia nippon）
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  アマミウサギ
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  本州オオカミ（ニホンオオカミ）
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  ハチ公
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  ナマズビワエンシス
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  パレオパラドキシアの骨格
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  雄鶏
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  フーコーの振り子
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  渋川俊海が1695年に制作した張り子製の地球儀。日本の重要文化財。
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  トラウトン＆シムズ天体望遠鏡、19世紀。日本の重要文化財。
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  ミルン式水平振り子地震計。日本の重要文化財
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  吊り鐘時計
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  平賀源内作のエレキテル（レプリカ）
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  時計仕掛け
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  時計の展示
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  時計の展示

テーマは「地球上の生命と人類の歴史」です。展示エリアは地上3階、地下3階です。^{[ 21 ]}建設の第1期工事は1998年に完了しました。常設展示は翌年の4月24日から一般公開されます。建設の第2期工事完了後、2004年11月2日にグランドオープン。北展示ホールの改修工事は2014年9月に始まり、翌年に工事が完了し、7月14日にグランドオープンしました。

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  本州オオカミ（ニホンオオカミ）
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  フクロオオカミ
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  ジャイアントパンダの「フェイフェイ」（左）と「トントン」（右）
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  万年時計、19世紀。日本の重要文化財。
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  ダンクルオステウス・テレッリ
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  からくり人形
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  ハヤブサモデル
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  三菱A6M零式艦上戦闘機21型
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  零戦の模型
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  NAMC YS-11風洞モデル
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  宇宙飛行ユニット
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  イリエワニ
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  マッコウクジラの骨格
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  動物コレクション
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  巨大イカの標本
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  パラケラテリウム
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  プロティポテリウム
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  トリケラトプスの化石、「レイモンド」と名付けられた
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  マンボウの最大の剥製
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  バシロサウルスとティロサウルス
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  南丹隕石の最大の破片
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  ティラノサウルス・レックス
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  月の石
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  剥製展示