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彼はアンスバッハ侯領のアンスバッハ近郊のロート・アン・デア・レドニッツで生まれた。彼の父、ヨハン・ザムエル・ゲスナーはアウハウゼンの牧師であったが、1704年に亡くなり、一家は困窮した。ゲスナーの母、マリア・マグダレーナ（旧姓フスヴェーデル）は再婚し、ヨハン・マティアスの継父であるヨハン・ツッカーマンテルは彼を支えた。
少年の才能に気づいたツッカーマンテルは、彼をアンスバッハ・ギムナジウムに入学させる準備をした。学費が家族の財力を超えていたため、少年は公的資金の援助を受け、貧しい生徒のための寮で学生時代を過ごした。ギムナジウムの校長ゲオルク・ニコラウス・ケーラーは彼に特別な配慮と指導を与え、言語への興味を掻き立て、ギリシャ語のテキストを貸し出し、断片から理解可能なテキストを再構築する特別な練習を考案した。ゲスナーは後に、ギムナジウム時代を人生で最も楽しい時期だったと回想している。[ 1 ]
彼はその後、イエナ大学で神学を専攻し、形而上学、セム語、古典文学を研究した。ヨハン・フランツ・ブッデウスの指導の下、ゲスナーはブッデウスと親交を深め、自宅に住まわせてもらった。しかし、ブッデウスの支援にもかかわらず、ゲスナーはイエナでの職を得ることができなかった。1714年、彼は『フィロパトリス』 （ルキアノス作とされる）に関する著作を出版した。
1715年、彼はヴァイマールの図書館員兼副校長となり[ 2 ]、そこでヨハン・ゼバスティアン・バッハと親しくなった（バッハは後にカノン2ペルペトゥウスBWV 1075をゲスナーに献呈した）。 1729年（ヴァイマールの図書館員を解任された後）、アンスバッハのギムナジウムの校長となり、1730年にはライプツィヒのトーマス学校の校長となった[ 2 ]。しかし、ライプツィヒ大学の教員はゲスナーに教職の特権を与えなかった。
ゲッティンゲン大学では詩と雄弁の教授（1734年）となり、その後図書館長に就任し、古典語と文学に関する著作を出版し続け、ラテン語の詩作や大学の宣伝活動も行った。おそらくライプツィヒの同様の組織を知ったことから、1738年にドイツ文学の振興を目的とするドイツ協会を設立した。[ 3 ]彼はゲッティンゲンで死去した。
バウムガルテンは、『美学』 (1750)の中で、ホラティウス、ウェルギリウス、カトゥッロ、ユヴェナリス、キケロなどの作家の一節を引用しました。Lessingによれば、[ 4 ]それらの文章の多くはゲスナーの『Novus Linguae et Eruditionis Romanae Thesaurus [ローマ言語と学習の新しいシソーラス] (1747) から取られています。[ 5 ]
ゲスナーは改革者、学者、そして人文主義者として広く名声を得た。