ファム188a

ミンディ3
識別子
エイリアス	MINDY3、C10orf97、CARP、DERP5、MST126、my042、MSTP126、FAM188A、Fam188a、配列類似性188のメンバーAを持つファミリー、MINDYリジン48脱ユビキチン化酵素3
外部ID	オミム：611649; MGI : 1914210;ホモロジーン: 11478;ジーンカード：MINDY3; OMA :MINDY3 - オルソログ
遺伝子の位置（ヒト）
クロ。	染色体10（ヒト）
終わり	15,860,507 bp
遺伝子の位置（マウス）
クロ。	染色体2（マウス）
終わり	12,419,470 bp
RNA発現パターン
	トップの表現
	胃粘膜; ; アキレス腱; ; 子宮頸管; ; ポンス; ; 脛骨動脈; ; C1セグメント; ; 直腸; ; 右冠動脈; ; 右卵巣; ; 脊髄神経節;
	トップの表現
	心室中隔; ; 受精卵; ; 脊髄神経節; ; 腰椎神経節; ; 二次卵母細胞; ; 臍帯; ; 三叉神経節; ; 胎児の尾; ; 一次卵母細胞; ; 歯状回;
	参照表現データの詳細
	該当なし
遺伝子オントロジー
分子機能	タンパク質結合; システイン型カルボキシペプチダーゼ活性; チオール依存性脱ユビキチン化酵素; Lys48特異的脱ユビキチン化酵素活性; ペプチダーゼ活性; システイン型ペプチダーゼ活性; 加水分解酵素活性;
細胞成分	核膜; 核; 核質;
生物学的プロセス	アポトーシスの過程; タンパク質K48結合脱ユビキチン化; タンパク質分解;
	出典:Amigo / QuickGO
オルソログ
	80013
	66960
	ENSG00000148481
	ENSMUSG00000026767
	9H8M7 翻訳
	Q9CV28
	NM_024948 ; NM_001318330
	NM_024185
	NP_001305259 ; NP_079224
NP_077147 ; NP_001342464 ; NP_001342465 ; NP_001342466 ; NP_001342467;
	NP_001342468
	ウィキデータ
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遺伝子

Fam188aはヒトに見られるタンパク質です。Derp5 （真皮乳頭由来タンパク質5）c10orf97、または脳my042タンパク質としても知られています。これは、染色体10p13に位置するDerp5遺伝子によってコード化されています。 ^[5]^[6] Fam188aと他の種のそのパラログはすべて、タンパク質ドメインのDUF4205スーパーファミリーのメンバーです。Fam188aは、すべての脊椎動物に見られる高度に保存された遺伝子です。Fam188aは、体全体で発現する遺伝子です。^[7]

I-TASSERを用いたFam188aの予測タンパク質構造

相同性

比較対象となるすべての哺乳類種は、ホモサピエンス Fam188a と 95 ～ 99%の相同性を共有しています。その理由は不明ですが、重要な遺伝子に時間の経過とともに小さな変化が生じるだけでも、その機能が大幅に変化する可能性があるため、Fam188a は哺乳類の適切な細胞機能に重要な役割を果たしているに違いないと推測できます。

異なる種のFam188aの進化の比較

鳥類、魚類、昆虫もホモサピエンスのFam188aと30～40%の類似性を共有している。人間と昆虫の間には数億年の分岐があるにもかかわらず、昆虫に40%の類似性があるという事実は、この遺伝子がこれほど長い期間にわたって極端に変化していないこと、そしてはるか昔に他の種にとっても重要であったことを示唆しているようだ。これらの他の種のスプライスパターンは知られていないが、人間には少なくとも19の異なるアイソフォームがあり、主要なパラログはFam188bの1つだけである。^[8]このパラログは、Fam188aと3つのエクソンで構造が異なっている。

Fam188a の相同遺伝子を持つさまざまな種間の進化樹。
ホモサピエンスのFam188aのイントロン/エクソンマップ

タンパク質

Fam188a は 445アミノ酸鎖です。構造的には、他のタンパク質と簡単に区別できる興味深い領域はあまり見られません。Fam188a には膜貫通ドメインがなく、配列の繰り返しもありません。

Fam188a 翻訳後予測タンパク質二次構造
Fam188aは転写因子結合部位を予測した

機能と相互作用するタンパク質

I-TASSER ^{[9]タンパク質フォールディングの結果は、Fam188aのタンパク質産物が}カルモジュリン結合ペプチドである1CFF [10] と類似の構造を持つことを示しています。カルモジュリンは細胞のアポトーシスにも関与しているため^、これによりFam188aの理論的な機能も明らかになります。

タンパク質フォールドは、機能的に3LEW ^{[11] 「}バクテロイデス・ブルガトゥス由来のSusD様炭水化物結合タンパク質」（構造ゲノミクス共同センター）と最も類似しています。3LEWはFam188aと90％の類似性を共有しており、具体的なつながりを作るには十分ではありませんが、関連する構造の基本的なアイデアを確立するには十分です。機能的に類似している別のタンパク質（81％）は3SNXで、「バクテロイデス・テタイオタオミクロンVPI-5482由来の推定SusD様炭水化物結合タンパク質」です。^[12] Fam188aの機能は細胞のアポトーシスに関与していると考えられます。これは、このプロセスに関与する他のタンパク質と構造上の類似性を共有しているためです。アポトーシスペプチドに通常見られるCARDドメインはありませんが、fam188aは「Ca2+ポンプのカルモジュリン結合ペプチド」である1cffAと同様の機能を共有しています。^[10]カルモジュリンはCa2+ポンプを介してさまざまな体の組織でアポトーシスを引き起こすことが知られており^[13]^[14]、1cffAはFam188aと26%の類似性を共有しているため、アポトーシスが本当にFam188aの機能であるという仮説を立てることができます。 Fam188aに類似した他の分子には1linA、^[15]および1qx7Mがあり、それぞれ23%と18%の構造類似性を共有しており、これらの分子は両方ともCa2+ポンプまたはカルモジュリンの発現のいずれかを扱っています。

さまざまな体組織におけるFam188aの組織発現
ヒト脳におけるFam188aの発現部位

参考文献

^ abc GRCh38: Ensembl リリース 89: ENSG00000148481 – Ensembl、2017 年 5 月
^ abc GRCm38: Ensembl リリース 89: ENSMUSG00000026767 – Ensembl、2017 年 5 月
^ 「Human PubMed Reference:」。国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館。
^ 「マウス PubMed リファレンス:」。国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館。
^ fam188a の遺伝子カード
^ ホモロ遺伝子: 11478
^ 「Fam188aデータシート」（PDF）。
^ FAM188B の遺伝子カード
^ Roy A、Kucukural A、Zhang Y (2010)。「I-TASSER: タンパク質の構造と機能を自動化する統合プラットフォーム」。Nature Protocols . 5 (4): 725–38. doi :10.1038/nprot.2010.5. PMC 2849174 . PMID 20360767。
^ ab PDB : 1CFF ; Elshorst B, Hennig M, Försterling H, Diener A, Maurer M, Schulte P, Schwalbe H, Griesinger C, Krebs J, Schmid H, Vorherr T, Carafoli E (1999). 「Ca2+ポンプの結合ペプチドとカルモジュリンの複合体のNMR溶液構造」.生化学. 38 (38): 12320–32. doi :10.1021/bi9908235. PMID 10493800. S2CID 24440343.
^ PDB : 3lew
^ PDB : 3snx
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[refGRCm38Ensembl-2] GRCm38: Ensembl リリース 89: ENSMUSG00000026767 – Ensembl、2017 年 5 月

[3] 「Human PubMed Reference:」。国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館。

[4] 「マウス PubMed リファレンス:」。国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館。

[5] 188a の遺伝子カード

[6] ホモロ遺伝子: 11478

[7] 「Fam188aデータシート」（PDF）。

[8] FAM188B の遺伝子カード

[pmid20360767-9] Roy A、Kucukural A、Zhang Y (2010)。「I-TASSER: タンパク質の構造と機能を自動化する統合プラットフォーム」。Nature Protocols . 5 (4): 725–38. doi :10.1038/nprot.2010.5. PMC 2849174 . PMID 20360767。

[pmid10493800-10] PDB : 1CFF ; Elshorst B, Hennig M, Försterling H, Diener A, Maurer M, Schulte P, Schwalbe H, Griesinger C, Krebs J, Schmid H, Vorherr T, Carafoli E (1999). 「Ca2+ポンプの結合ペプチドとカルモジュリンの複合体のNMR溶液構造」.生化学. 38 (38): 12320–32. doi :10.1021/bi9908235. PMID 10493800. S2CID 24440343.

[11] PDB : 3lew

[12] PDB : 3snx

[pmid12218084-13] Yu W, Niwa T, Miura Y, Horio F, Teradaira S, Ribar TJ, Means AR, Hasegawa Y, Senda T, Niki I (2002). 「カルモジュリンの過剰発現は膵臓ベータ細胞のCa(2+)依存性アポトーシスを引き起こすが、これは一酸化窒素合成酵素の阻害によって予防できる」。実験室調査。82 (9): 1229–39。doi : 10.1097 /01.lab.0000027921.01548.c5。PMID 12218084。

[pmid11232241-14] Ui-Tei K, Nagano M, Sato S, Miyata Y (2000). 「ショウジョウバエ神経細胞株におけるカルモジュリン依存性および非依存性アポトーシス」.アポトーシス. 5 (2): 133–40. doi :10.1023/A:1009676528805. PMID 11232241. S2CID 33324141.

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