ヒトのタンパク質コード遺伝子
| DDX47 |
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| 利用可能な構造 |
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| PDB | オルソログ検索: PDBe RCSB |
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| 識別子 |
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| エイリアス | DDX47、E4-DBP、HQ0256、MSTP162、RRP3、DEADボックスヘリカーゼ47 |
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| 外部ID | オミム:615428; MGI : 1915005;ホモロジーン: 6092;ジーンカード:DDX47; OMA :DDX47 - オルソログ |
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| 遺伝子の位置(マウス) |
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 | | クロ。 | 染色体6(マウス)[2] |
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| | バンド | 6|6 G1 | 始める | 134,988,575 bp [2] |
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| 終わり | 135,000,739 bp [2] |
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| RNA発現パターン |
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| ブギー | | 人間 | マウス(相同遺伝子) |
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| トップの表現 | - ランゲルハンス島
- 心室帯
- 平滑筋組織
- 腹部の皮膚
- 子宮体部
- 膵臓の体
- 脚の皮膚
- 甲状腺の左葉
- 左卵巣
- 子宮筋層
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| | トップの表現 | - 胎児の尾
- パネートセル
- 回腸上皮
- 原始的な線
- 性器結節
- 胚盤胞
- 桑実胚
- 心室帯
- 腎小体
- 髄質集合管
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| | 参照表現データの詳細 |
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| バイオGPS | |
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| 遺伝子オントロジー |
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| 分子機能 |
- ヌクレオチド結合
- タンパク質結合
- 加水分解酵素活性
- ATP結合
- ヘリカーゼ活性
- 核酸結合
- RNA結合
| | 細胞成分 | | | 生物学的プロセス |
- mRNA処理
- デスドメイン受容体を介した外因性アポトーシスシグナル伝達経路
- RNA二次構造の巻き戻し
- RNAスプライシング
- アポトーシスの過程
- rRNA処理
| | 出典:Amigo / QuickGO |
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| ウィキデータ |
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おそらくATP依存性RNAヘリカーゼDDX47は、ヒトではDDX47遺伝子によってコードされる酵素である。[5]
この遺伝子は、 DEAD ボックスタンパク質ファミリーのメンバーをコードします。DEAD ボックスタンパク質は、保存されたモチーフ Asp-Glu-Ala-Asp (DEAD) を特徴とし、推定RNA ヘリカーゼです。これらは、翻訳開始、核およびミトコンドリアのスプライシング、リボソームおよびスプライソソームの組み立てなど、RNA 二次構造の変化を伴う多くの細胞プロセスに関与しています。分布パターンに基づいて、このファミリーの一部のメンバーは、胚形成、精子形成、および細胞の成長と分裂に関与していると考えられています。この遺伝子によってコードされるタンパク質は、核と細胞質の間を往復することができ、RNA 非依存性ATPase活性を持っています。この遺伝子には、異なるアイソフォームをコードする 2 つの選択的スプライシング転写バリアントが見つかっています。[5]
参考文献
- ^ abc GRCh38: Ensembl リリース 89: ENSG00000213782 – Ensembl、2017 年 5 月
- ^ abc GRCm38: Ensembl リリース 89: ENSMUSG00000030204 – Ensembl、2017 年 5 月
- ^ 「Human PubMed Reference:」。国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館。
- ^ 「マウス PubMed リファレンス:」。国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館。
- ^ ab "Entrez Gene: DDX47 DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) ボックスポリペプチド 47"。
さらに読む
- Maruyama K, Sugano S (1994). 「オリゴキャッピング:真核生物mRNAのキャップ構造をオリゴリボヌクレオチドで置き換える簡単な方法」Gene . 138 (1–2): 171–4. doi :10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID 8125298.
- Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K, et al. (1997). 「全長濃縮および5'末端濃縮cDNAライブラリーの構築と特性評価」. Gene . 200 (1–2): 149–56. doi :10.1016/S0378-1119(97)00411-3. PMID 9373149.
- Doorbar J、Elston RC、Napthine S、他 (2000)。「ヒトパピローマウイルス 16 型の E1∧E4 タンパク質は、C 末端の配列を介して推定 RNA ヘリカーゼと結合する」。J . Virol . 74 (21): 10081–95. doi :10.1128/JVI.74.21.10081-10095.2000. PMC 102047. PMID 11024137 。
- Hartley JL、Temple GF、Brasch MA (2001)。「In Vitro 部位特異的組換えを用いた DNA クローニング」。Genome Res . 10 (11): 1788–95. doi :10.1101/gr.143000. PMC 310948 . PMID 11076863。
- Wiemann S、Weil B、Wellenreuther R、他 (2001)。「ヒト遺伝子およびタンパク質のカタログに向けて:ヒトcDNAをコードする新規完全タンパク質500種の配列決定および分析」。Genome Res . 11 (3): 422–35. doi :10.1101/gr.GR1547R. PMC 311072. PMID 11230166 。
- Simpson JC、Wellenreuther R、Poustka A、et al. (2001)。「大規模cDNAシーケンシングによって同定された新規タンパク質の系統的細胞内局在」。EMBO Rep . 1 (3): 287–92. doi :10.1093/embo-reports/kvd058. PMC 1083732. PMID 11256614 。
- Scherl A, Couté Y, Déon C, et al. (2003). 「ヒト核小体の機能的プロテオーム解析」Mol. Biol. Cell . 13 (11): 4100–9. doi :10.1091/mbc.E02-05-0271. PMC 133617 . PMID 12429849.
- Strausberg RL、Feingold EA、Grouse LH、他 (2003)。「15,000 を超える完全長のヒトおよびマウス cDNA 配列の生成と初期分析」。Proc . Natl. Acad. Sci. USA . 99 ( 26): 16899–903。Bibcode : 2002PNAS ... 9916899M。doi : 10.1073/ pnas.242603899。PMC 139241。PMID 12477932。
- 太田 孝文、鈴木 勇、西川 孝文、他 (2004)。「21,243 個の完全長ヒト cDNA の完全な配列決定と特性解析」。Nat . Genet . 36 (1): 40–5. doi : 10.1038/ng1285 . PMID 14702039。
- Regard JB、Scheek S、Borbiev T、et al. (2004)。「Verge: 新たな血管早期反応遺伝子」。J . Neurosci . 24 (16): 4092–103. doi : 10.1523/JNEUROSCI.4252-03.2004 . PMC 6729408. PMID 15102925 。
- Gerhard DS、Wagner L、Feingold EA、他 (2004)。「NIH 完全長 cDNA プロジェクトの状況、品質、および拡張: 哺乳類遺伝子コレクション (MGC)」。Genome Res . 14 (10B): 2121–7. doi :10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334 。
- Wiemann S, Arlt D, Huber W, et al. (2004). 「ORFeome から生物学へ: 機能ゲノミクスパイプライン」Genome Res . 14 (10B): 2136–44. doi :10.1101/gr.2576704. PMC 528930. PMID 15489336 .
- Andersen JS 、Lam YW、Leung AK 、他 (2005)。「核小体プロテオームダイナミクス」。Nature . 433 ( 7021 ): 77–83。Bibcode :2005Natur.433...77A。doi : 10.1038/nature03207。PMID 15635413。S2CID 4344740。
- Lee JH、Rho SB、Chun T (2005)。「GABAA受容体関連タンパク質(GABARAP)はDEAD(Asp-Glu-Ala-Asp/His)ボックスポリペプチド47(DDX 47)と相互作用してアポトーシスを誘導する」。Biotechnol . Lett . 27(9):623–8。doi : 10.1007 /s10529-005-3628-2。PMID 15977068。S2CID 19960329 。
- Mehrle A、Rosenfelder H、 Schupp I 、他 (2006)。「2006 年の LIFEdb データベース」。Nucleic Acids Res . 34 (データベース号): D415–8。doi : 10.1093/nar/gkj139。PMC 1347501。PMID 16381901。