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コイルドコイルドメイン含有 109B (CCDC109B) は、ヒト細胞の膜に存在する潜在的なカルシウムユニポータータンパク質であり、CCDC109B遺伝子によってコード化されています。CCDC109B は膜貫通タンパク質ですが、細胞膜内またはミトコンドリア膜内のどちらに位置するかは不明です。
| MCUB | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| 識別子 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| エイリアス | MCUB、EMRE、MCUb、CCDC109B、Ccdc109b、109Bを含むコイルドコイルドメイン、ミトコンドリアカルシウムユニポーター優性負性βサブユニット、ミトコンドリアカルシウムユニポーター優性負性サブユニットβ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 外部ID | MGI : 1914065; HomoloGene : 23056; GeneCards : MCUB; OMA :MCUB - オルソログ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| ウィキデータ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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遺伝子情報
CCDC109Bは4q25に位置し、長さは128,520塩基対です。CCDC109Bは8つのエクソンを含み、4番染色体のプラス鎖に位置しています。CCDC109Bには選択的スプライシングによる9つの転写バリアントがあります。[5] この遺伝子のスプライスされていないバージョンは、ヒト細胞で見つかる最も長く最も一般的なバリアントであり、長さは1298塩基対です。
タンパク質情報
翻訳されると、CCDC109B タンパク質は 336 個のアミノ酸から構成され、分子量は 39.1 kDa になります。このタンパク質の 3' 末端は高度に保存されており、タンパク質の機能に重要なドメインが含まれています。
タンパク質ドメイン
- 機能不明ドメイン607（DUF607）：このドメインの機能はほとんどわかっていませんが、CCDC109Bがホモオリゴマーを形成するときにカルシウムトランスポーターとして機能する可能性があります。DUF607は相同遺伝子に保存されており、タンパク質の長さのほとんどに存在するにもかかわらず、このタンパク質の3'末端に近い位置にあります。[6]
- 膜貫通領域：CCDC109BはDUF607内に2つの膜貫通領域を含み、多回膜タンパク質となっている。膜貫通領域が2つあるため、N末端とC末端は両方とも膜の片側に位置し、細胞膜の細胞質側に局在している。[6]
- DIME モチーフ: このモチーフは、このタンパク質のすべての相同遺伝子に見られる完全に保存された領域であり、DUF607 内および膜貫通ドメイン間に見られます。DIME モチーフは、QxGxLAxLTWWxYSWDIMEPVTYF という配列を持つ 23 個のアミノ酸の配列です。ここで、文字は実際のアミノ酸残基に対応し、「x」はこの配列内で保存されていないアミノ酸を表します。CCDC109B タンパク質全体を通して、長さが 3 アミノ酸を超える他の保存されたアミノ酸配列はありません。[6] DIME モチーフは、カルシウム輸送において仮説的な役割を果たしており、DUF607 では必須である可能性が高いです。[7]
翻訳後修飾
リン酸化部位
CCDC109Bタンパク質には、セリン、スレオニン、チロシン残基にリン酸化される可能性のある部位がいくつか含まれています。 [8]
- セリンリン酸化部位: アミノ酸位置 77、213、315、および 322。
- トレオニンリン酸化部位: アミノ酸位置 53。
- チロシンリン酸化部位: アミノ酸位置 274。
SUMO化サイト
CCDC109Bには、リジンであるアミノ酸残基306にSUMO化部位が1つあると考えられます。 [9] この残基は相同遺伝子間で高度に保存されています。
三次構造
CCDC109B が膜貫通タンパク質であることはわかっていますが、その N 末端と C 末端の適切な折り畳みは不明です。
相同性
CCDC109B は、哺乳類、鳥類、爬虫類、両生類を含む脊椎動物で保存されています。ハエ、ミミズ、植物などの初期の生物でも保存されているようですが、同一性は非常に低く、これらの生物には CCDC109B ではない可能性のある相同構造が多数あります。脊椎動物以外の生物で見つかった相同遺伝子は、実際には CCDC109B の相同遺伝子である可能性があり、CCDC109B といくらかの同一性を生み出しています。
以下の表は、脊椎動物における CCDC109B の保存状況を示しています。
CCDC109Bのパラログ
CCDC109Bはヒトゲノムに1つのパラログを持っています。このパラログはCCDC109Aで、より一般的にはミトコンドリアカルシウムユニポーター（MCU）として知られています[7] MCUはミトコンドリアの内膜 に位置し、ミトコンドリアにカルシウムイオンを輸送するオリゴマーとして見られます。MCUはミトコンドリア膜の必須成分であり、MCUをサイレンシングするとカルシウムの取り込みがなくなります。CCDC109Bでも保存されているDIMEモチーフはカルシウムの取り込みを担っており、この領域の変異はこの機能を阻害します。[7] CCDC109BとMCUは43％の同一性を共有しており、その中でDIMEモチーフは完全に保存されています。
発現プロファイル
CCDC109Bは免疫系と循環器系で高レベルで発現しています。[11] CCDC109BはB細胞、樹状細胞、T細胞、ナチュラルキラー細胞で発現しています。CCDC109Bの発現は、ヒトの脂肪組織、副腎、膀胱、骨髄、耳、食道、喉頭、副甲状腺、下垂体、脾臓、甲状腺、気管、臍帯組織には存在しません。[12]
病気における役割
CCDC109Bは、さまざまなリンパ腫や白血病を含む多くの疾患に寄与している可能性があります。[13] CCDC109B発現の変化は、神経膠芽腫、ダウディ・バーキットリンパ腫、デュシェンヌ型筋ジストロフィー、乳癌、前骨髄球性白血病HL-60などの他の疾患でも見られます。CCDC109Bは、アトピー性皮膚炎の皮膚病変やジョブ症候群にも寄与している可能性があります。[14] しかし、これらの疾患におけるCCDC109Bの役割の背後にあるメカニズムは不明であり、研究を通じて十分に特徴付けられていません。
タンパク質間相互作用
転写因子
CCDC109Bには転写因子結合部位を含むプロモーター領域がある。このプロモーター領域は約500ヌクレオチド長で、翻訳開始直前に位置する。CCDC109Bに結合する注目すべき転写因子には以下のものがある: [15]
- フォークヘッドドメインファクター (FKHD)
- 骨髄性亜鉛フィンガー 1 因子 (MZF1)
- 多形性腺腫遺伝子 (PLAG)
- C2H2 ジンクフィンガー転写因子 2 (ZF02)
- 脊椎動物の SMAD 転写因子ファミリー (SMAD)
- クラス B bHLH 転写因子のツイストサブファミリー (HAND)
- CCAAT/強化結合タンパク質 (CEBP)
- 活性化T細胞核因子（NFAT）
細胞タンパク質
CCDC109Bは、ジンクフィンガー転写因子であるZBTB16と相互作用し、タンパク質分解に役割を果たしていると考えられます。CCDC109BとZBTB16の相互作用は、酵母ツーハイブリッドスクリーンによって決定されました[16]。CCDC109B がZBTB16とどのように相互作用するかはまだ不明です。
CCDC109B が相互作用する他のタンパク質は現在のところ不明です。
参考文献
- ^ abc GRCh38: Ensembl リリース 89: ENSG00000005059 – Ensembl、2017 年 5 月
- ^ abc GRCm38: Ensembl リリース 89: ENSMUSG00000027994 – Ensembl、2017 年 5 月
- ^ 「Human PubMed Reference:」。国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館。
- ^ 「マウス PubMed リファレンス:」。国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館。
- ^ 「NCBI AceView CCDC109B」。2016年10月10日閲覧。
- ^ abcd "NCBI BLAST"。
- ^ abc Baughman JM、Perocchi F、Girgis HS、Plovanich M、Belcher-Timme CA、Sancak Y、Bao XR、Strittmatter L、Goldberger O、Koteliansky V、Mootha VK (2011)。「統合ゲノミクスにより、MCU がミトコンドリアカルシウムユニポーターの必須成分であることが明らかに」。Nature . 476 ( 7360): 341–345. Bibcode :2011Natur.476..341B. doi :10.1038/nature10234. PMC 3486726. PMID 21685886 .
- ^ 「NetPhos」。
- ^ 「SUMOPlot 分析プログラム」。
- ^ 「タイムツリー」.
- ^ 「GEOProfile CCDC109B」.
- ^ 「NCBI EST」。
- ^ 「Genevestigator」。2011年7月11日時点のオリジナルよりアーカイブ。
- ^ Rebane A, Zimmermann M, Aab A, Baurecht H, Koreck A, Karelson M, et al. (2012年5月). 「アトピー性皮膚炎患者におけるヒト皮膚ケラチノサイトのIFN-γ誘導アポトーシスのメカニズム」J Allergy Clin Immunol . 129 (5): 1297–1306. doi : 10.1016/j.jaci.2012.02.020 . PMID 22445417.
- ^ “Genomatix ElDorado”. 2021年12月2日時点のオリジナルよりアーカイブ。2013年5月11日閲覧。
- ^ 「GeneCards ZBTB16」.
外部リンク
ウィキメディア・コモンズの Ccdc109b に関連するメディア