ビルバオ結晶学サーバーのメインページ | |
サイトの種類 | 科学ツール(結晶学と固体物理学) |
|---|---|
| 利用可能 | 英語 |
| 所有者 | バスク大学 |
| 作成者 | モイス・I・アロヨ、J・マヌエル・ペレス=マト、ゴッゾン・マダリアガ |
| メールアドレス | 翻訳: |
| 発売 | 1997 |
| 現在の状況 | オンライン |
ビルバオ結晶学サーバーは、構造および数理結晶学、固体物理学、構造化学の問題を分析、計算、視覚化することを目的としたオンライン結晶学データベースとプログラムを提供するオープンアクセスのウェブサイトです。1997年にスペインのビルバオにあるバスク大学凝縮物質物理学科の材料研究室によって開始されたビルバオ結晶学サーバーは、学者によって開発および管理されています。[1]
ホストされているコンテンツとツールの概要に関する情報
このサーバーは、結晶学データと固体物理学における群論の応用に焦点を当てており、データベースのコア上に構築され、さまざまなシェルが含まれています。
空間群検索ツール
データベースのセットには、国際結晶学表A巻:空間群対称性[2]のデータと、国際結晶学表A1巻:空間群間の対称関係[3]に記載されている空間群の最大サブグループのデータが含まれています。ブリルアンゾーン図と空間群のkベクトルの分類表を含むkベクトルデータベースも、KVECツールを介して利用できます。
磁気空間群
2011年には、HT Stokes & BJ Campbell [4]とD. Litvin [5]の研究から集められた磁気空間群データ、一般的な位置/対称性操作、さまざまな設定でのワイコフ位置、および体系的な不在規則もサーバーに組み込まれ、関連ツール専用の新しいシェル(MGENPOS、MWYCKPOS、MAGNEXT)も作成されました。
空間群の群-部分群関係
このシェルには、空間群間のグループとサブグループの関係を含む問題に不可欠なアプリケーションが含まれています。空間群のタイプ G と H およびそのインデックス が与えられると、プログラム SUBGROUPGRAPH は、グループとサブグループのペア G > H の最大サブグループのグラフ、すべての異なるサブグループ H、およびそれらの共役クラスへの分布を提供します。グループとサブグループのペアの Wyckoff 位置分割規則は、プログラム WYCKSPLIT によって計算されます。
表現理論の応用
4 番目のシェルには、空間と点群の表現論に関するプログラムが含まれています。REPRES は、指定された空間群と k ベクトルの小群と全群の既約表現を構築します。CORREL は、群と部分群に関連する空間群の既約表現間の相関を扱います。プログラム POINT は、結晶学的点群のキャラクタ テーブル、それらの既約表現のクロネッカー乗算表、およびその他の有用な対称性情報を一覧表示します。
固体理論の応用
このシェルは固体物理学および構造化学に関連しています。プログラム PSEUDO は、与えられた構造の擬似対称性をその空間群のスーパーグループに関して評価します。AMPLIMODES は、変位型の歪んだ構造の対称性モード解析を実行します。解析は、歪んだ構造に存在する対称性を破る歪みを、異なる対称性適応モードからの寄与に分解することです。高対称性構造と低対称性構造が与えられると、プログラムは構造内に固定された異なる対称性の歪みモードの振幅と分極ベクトルを計算します。プログラム SAM は、ブリルアンゾーンの中心の対称性適応モードを計算し、それらを赤外線およびラマン活性に従って分類します。NEUTRON は、非弾性中性子散乱におけるフォノン消滅則を計算します。その結果は、拡散散乱実験にも関連しています。
構造ユーティリティ
さまざまなアプリケーションのための構造ユーティリティのセットが含まれています。たとえば、単位セル (CELLTRAN) または完全な構造 (TRANSTRU) の変換、ひずみテンソルの計算 (STRAIN)、ワイコフ位置の割り当て(WPASSIGN)、特定の構造の同等の説明 (EQUIVSTRU)、単斜晶系空間群のアフィン正規化をサポートした異なる構造の比較などです。STRUCTURE RELATIONS は、グループとサブグループの関連構造の特定のペアに対して可能な変換行列を計算します。
不整合結晶構造データベース
ビルバオ結晶学サーバーでは、不整合変調構造と複合構造のデータベースである B-IncStrDB: ビルバオ不整合結晶構造データベースもホストしています。
科学研究
ビルバオ結晶学サーバーは、科学論文[6] [7]や学位論文[8] [9]からの引用を受けるだけでなく、国際的に審査された論文の研究報告を積極的に公開し、 [10]国際的なワークショップ、サマースクール、会議を主催/参加しています。[11]これらの出版物とイベントのリストは、サーバーのWebページからアクセスできます。
開発の歴史と人々
ビルバオ結晶学サーバーは、バスク州政府とスペイン政府のいくつかの省庁からの資金援助を受けて、J. マヌエル ペレス マト (EHU) とモイス I. アロヨ (EHU) の監督の下、バスク州大学 (EHU) の凝縮物理学部と応用物理学 II 部の科学プロジェクトとして 1997 年に誕生しました。最初のコードは、当時博士課程の学生だったエリ クロウモワ (EHU) とスヴェット イヴァンチェフ (EHU) によって書かれ、検索ツール、グループとサブグループの関係、空間群の表現に関連する最初のシェルがすぐにオンラインで登場しました。[12] [13] [14] [15]
その後、米国ブリガムヤング大学の Harold T. Stokes 氏および Dorian M. Hatch 氏と共同で 、サーバーは対称モード解析を含むようにサービスを拡張しました。ブルガリアのソフィア大学の博士課程学生 Asen K. Kirov 氏は、既約表現と消滅規則に特化したプログラムに取り組んでサーバーに貢献しました。
2001年、博士課程の学生であるCesar Capillasがサーバーの研究を開始し、擬似対称性や相転移などの構造関係に焦点を当てた主要な開発者およびシステム管理者になりました。同じく博士課程の学生であるDanel Orobengoaは、2005年に開発チームに加わり、主に対称モード、kベクトル分類表、非特性軌道に取り組み(フランスのナンシー大学のMassimo Nespoloと共同)、サーバーの強磁性材料への応用に関する博士論文を執筆しました。
2009年、博士課程の学生であるジェマ・デ・ラ・フロールとポスドクのエムレ・S・タシが開発チームに採用されました。デ・ラ・フロールは主に対称性操作の特定と解釈、構造比較に取り組み、タシは新しいシステム管理者兼メイン開発者となり、相転移に関する構造関係に重点を置きました。ビルバオ結晶学サーバーチームは、2010年に磁気空間群を主な研究分野とする博士課程の学生サミュエル・ビダル・ガジェゴが加わり、現在の(2012年)メンバー構成となりました。[16]
参考文献
- ^ http://www.cryst.ehu.es/html/doc/bcs_about.html ビルバオ結晶学サーバーとその作成者について。
- ^ Wondratchek, Hans (2010).国際結晶学表、第 A1 巻: 空間群間の対称関係。John Wiley & Sons。ISBN 978-0-470-68908-0。
- ^ ハーン、テオ(2010)。国際結晶学表、第A巻:空間群対称性。ジョン・ワイリー&サンズ。ISBN 978-0-470-66079-9。
- ^ http://stokes.byu.edu/magneticspacegroups.html 磁気空間群の表。
- ^ http://www.bk.psu.edu/faculty/litvin/Download.html Archived 2011-11-19 at the Wayback Machine Magnetic Groups.
- ^ Web of Science 引用記事のデータ: Aroyo MI;ペレス・マト JM;キャピラC;他。 (2006年)。 「ビルバオ結晶学サーバー: I. データベースと結晶学コンピューティング プログラム」。結晶写真の時代。221 (1): 15-27。ビブコード:2006ZK....221...15A。土井:10.1524/zkri.2006.221.1.15。
- ^ Web of Science の引用記事データ: Aroyo MI; Kirov A; Capillas C; et al. (2006). 「Bilbao crystallographic server. II. Representations of crystallographic point groups and space groups」. Acta Crystallographica A . 62 (2): 115–128. Bibcode :2006AcCrA..62..115A. CiteSeerX 10.1.1.433.5991 . doi :10.1107/S0108767305040286. PMID 16489249.
- ^ ビルバオ結晶学サーバーについて言及している論文のリスト。
- ^ ビルバオ結晶学サーバーによってホストされているアプリケーションに直接基づいた論文のリスト。
- ^ ビルバオ結晶学サーバー関連の記事の一覧。
- ^ ビルバオ結晶学サーバーの研究成果が発表された会議の抜粋リスト。
- ^ Kroumova E、Perez-Mato JM、 Aroyo MI (1998)。「WYCKSPLIT: グループ-サブグループペアの Wyckoff 位置の関係を決定するためのコンピュータプログラム」。J . Appl. Crystallogr . 31 (4): 646。Bibcode :1998JApCr..31..646K。doi :10.1107/S0021889898005524。
- ^ Ivantchev S, Kroumova E, Madariaga G, Perez-Mato JM, Aroyo MI (2000). 「SUBGROUPGRAPH - 空間群間の群-部分群関係を解析するためのコンピュータプログラム」J. Appl. Crystallogr . 33 (4): 1190–1191. doi :10.1107/S0021889800007135.
- ^ Kroumova E, Aroyo MI, Perez-Mato JM, Ivantchev S, Igartua JM, Wondratschek H (2001). 「PSEUDO: 擬似対称性検索プログラム」J. Appl. Crystallogr . 34 (6): 783–784. doi :10.1107/S0021889801011852.
- ^ Ivantchev S, Kroumova E, Aroyo MI, Perez-Mato JM, Igartua JM, Madariaga G, Wondratschek H (2002). 「SUPERGROUPS: 空間群のスーパーグループを決定するためのコンピュータプログラム」J. Appl. Crystallogr . 35 (4): 511–512. doi :10.1107/S002188980200732X.
- ^ 「ビルバオ結晶学サーバーについて」、ビルバオ結晶学サーバーの公式ウィキエントリ。
外部リンク
- 公式サイト
