ヒトのタンパク質コード遺伝子
| ARID1B |
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| 利用可能な構造 |
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| 電子データ | オルソログ検索: PDBe RCSB |
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| 識別子 |
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| エイリアス | ARID1B、6A3-5、BAF250B、BRIGHT、DAN15、ELD/OSA1、MRD12、OSA2、P250R、CSS1、ATリッチ相互作用ドメイン1B、SMARCF2 |
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| 外部ID | オミム:614556; MGI : 1926129;ホモロジーン: 32344;ジーンカード:ARID1B; OMA :ARID1B - オルソログ |
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| 遺伝子の位置(マウス) |
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 | | クロ。 | 17番染色体(マウス)[2] |
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| | バンド | 17|17 A1 | 始める | 5,044,607 bp [2] |
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| 終わり | 5,397,931 bp [2] |
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| RNA発現パターン |
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| ブギー | | 人間 | マウス(相同遺伝子) |
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| トップの表現 | - 骨髄細胞
- 結腸上皮
- 腓骨神経
- 頬粘膜細胞
- 腕の皮膚
- アキレス腱
- 扁桃腺
- 舌の上側
- 精嚢
- 左卵巣
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| | トップの表現 | - 吻側回遊流
- 手
- 毛様体
- 前立腺の葉
- 髄質集合管
- 受精卵
- 頸部
- 松果体
- 水晶体上皮
- 二次卵母細胞
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| | 参照表現データの詳細 |
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| バイオGPS | |
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| 遺伝子オントロジー |
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| 分子機能 |
- DNA結合
- 転写活性化因子活性
- タンパク質結合
- DNA結合転写因子活性、RNAポリメラーゼII特異的
| | 細胞成分 |
- nBAF複合体
- 核
- 核質
- 細胞質
- 細胞膜
- 細胞質
- SWI/SNFスーパーファミリー型複合体
- SWI/SNF 複合体
- ブラフマーコンプレックス
| | 生物学的プロセス |
- クロマチンリモデリング
- 転写の調節、DNAテンプレート
- 転写、DNAテンプレート
- 神経系の発達
- ニューロン間のシナプス伝達
- 樹状突起棘の発達
- 樹状細胞 樹状突起アセンブリ
- 虚血に対する反応
- アンジオテンシンに対する細胞反応
- クロマチン組織
- RNAポリメラーゼIIによる転写の調節
| | 出典:Amigo / QuickGO |
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| オルソログ |
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| 種 | 人間 | ねずみ |
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| エントレズ | | |
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| アンサンブル | | |
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| ユニプロット | | |
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| RefSeq (mRNA) | |
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NM_017519 NM_001363725 NM_001371656 NM_001374820 NM_001374828 |
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| RefSeq (タンパク質) | |
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NP_059989 NP_001350654 NP_001358585 NP_001361749 NP_001361757 |
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| 場所 (UCSC) | 6 章: 156.78 – 157.21 Mb | 17章: 5.04 – 5.4 Mb |
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| PubMed検索 | [3] | [4] |
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| ウィキデータ |
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ATリッチ相互作用ドメイン含有タンパク質1Bは、ヒトではARID1B遺伝子によってコードされるタンパク質である。[5] ARID1Bは、ヒトSWI/SNFクロマチンリモデリング複合体の構成要素である。
臨床的意義
ARID1Bの生殖細胞系列変異はコフィン・シリス症候群と関連している。[6] [7] ARID1Bの 体細胞変異はいくつかの癌サブタイプと関連しており、腫瘍抑制遺伝子であることを示唆している。[8] [9] [10] [11]
インタラクション
ARID1BはSMARCA4 [12] [13]およびSMARCA2 [13]と相互作用することが示されている。
参考文献
- ^ abc GRCh38: Ensembl リリース 89: ENSG00000049618 – Ensembl、2017 年 5 月
- ^ abc GRCm38: Ensembl リリース 89: ENSMUSG00000069729 – Ensembl、2017 年 5 月
- ^ 「Human PubMed Reference:」。国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館。
- ^ 「マウス PubMed リファレンス:」。国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館。
- ^ 「Entrez Gene: ARID1B AT リッチインタラクティブドメイン 1B (SWI1 類似)」。
- ^ 津留崎裕、岡本直、大橋裕、古庄隆、今井裕、日比古裕、要隆、成富和、川目裕、涌井和久、福島裕、本間隆、加藤M、平木裕、山形隆、矢野S 、水野 伸、坂爪 伸、石井 哲、永井 拓、椎名 正、緒方 和、太田 哲、新川 直、宮武 伸、岡田 勇、水口 哲、土井 宏、才津 宏、三宅直也、松本直也(2012年4月) 「SWI/SNF複合体の構成要素に影響を及ぼす変異はコフィン・シリス症候群を引き起こす」。ナット。ジュネット。44 (4): 376–8。土井:10.1038/ng.2219。PMID 22426308。S2CID 205345340 。
- ^ Santen GW、Aten E、Sun Y、Almomani R、Gilissen C、Nielsen M、Kant SG、Snoeck IN、Peeters EA、Hilhorst-Hofstee Y、Wessels MW、den Hollander NS、Ruivenkamp CA、van Ommen GJ、Breuning MH、デン・ダンネン JT、ファン・ハーリンゲン A、クリーク M (4 月) 2012)。 「SWI/SNFクロマチンリモデリング複合体遺伝子ARID1Bの変異はコフィン・シリス症候群を引き起こす」。ナット。ジュネット。44 (4): 379–80。土井:10.1038/ng.2217。PMID 22426309。S2CID 205345323 。
- ^ Shain AH、 Pollack JR (2013)。「ヒトの癌に広く見られるSWI/SNF変異のスペクトル」。PLOS ONE。8 ( 1): e55119。Bibcode : 2013PLoSO... 855119S。doi : 10.1371 / journal.pone.0055119。PMC 3552954。PMID 23355908。
- ^ Sausen M、Leary RJ、Jones S、Wu J、Reynolds CP、Liu X、Blackford A、Parmigiani G、Diaz LA、Papadopoulos N、Vogelstein B、Kinzler KW、Velculescu VE、Hogarty MD (2013 年 1 月)。「統合ゲノム解析により、小児がん神経芽腫における ARID1A および ARID1B の変化が特定される」。Nat . Genet . 45 (1): 12–7. doi :10.1038/ng.2493. PMC 3557959 . PMID 23202128。
- ^ Shain AH、Giacomini CP、Matsukuma K、Karikari CA、Bashyam MD、Hidalgo M、Maitra A、Pollack JR (2012 年 1 月)。「収束的な構造変化により、SWItch/Sucrose NonFermentable (SWI/SNF) クロマチンリモデラーが膵臓がんにおける中心的な腫瘍抑制複合体として定義される」。Proc . Natl. Acad. Sci. USA . 109 (5): E252–9. doi : 10.1073/pnas.1114817109 . PMC 3277150 . PMID 22233809。
- ^ 藤本 A、十時 Y、安倍 T、ボロエヴィッチ KA、細田 F、グエン HH、青木 M、細野 N、久保 M、宮 F、新井 Y、高橋 H、白木原 T、長崎 M、渋谷 T、中野 K、渡辺-牧野 和人、田中 英、中村 英、楠田 純、尾島 英、島田 和、奥坂 哲、上野 正、重川 裕、川上 裕、有弘 和、大段 英、後藤 和、石川 O、有泉 S、山本 M、山田 哲、茶山 K、小菅 哲、山上 英、鎌谷 直、宮野 S、中釜 裕、中村 裕、角田 哲、柴田 哲、中川 博 (2012 年 7 月)。 「肝がんの全ゲノム配列決定により、クロマチン調節因子の変異パターンと再発性変異に対する病因の影響が特定されました。」ナット。ジュネット。44 (7): 760-4。土井:10.1038/ng.2291。PMID 22634756。S2CID 54585617 。
- ^ Hurlstone AF、Olave IA、Barker N、van Noort M、Clevers H (2002 年 5 月)。「新規 BRG1 相互作用タンパク質 hELD/OSA1 のクローニングと特性評価」。Biochem . J. 364 ( Pt 1): 255–64. doi :10.1042/bj3640255. PMC 1222568. PMID 11988099 。
- ^ ab Inoue H, Furukawa T, Giannakopoulos S, Zhou S, King DS, Tanese N (2002年11月). 「ヒトSWI/SNFクロマチンリモデリング複合体の最大サブユニットはステロイドホルモン受容体による転写活性化を促進する」J. Biol. Chem . 277 (44): 41674–85. doi : 10.1074/jbc.M205961200 . PMID 12200431.
さらに読む
- Martens JA、Winston F (2003)。「Swi/Snf複合体によるクロマチンリモデリングの理解における最近の進歩」。Curr . Opin. Genet. Dev . 13 (2): 136–42. doi :10.1016/S0959-437X(03)00022-4. PMID 12672490。
- Bonaldo MF、Lennon G、Soares MB (1997)。「正規化と減算: 遺伝子発見を容易にする 2 つのアプローチ」。Genome Res . 6 (9): 791–806. doi : 10.1101/gr.6.9.791 . PMID 8889548。
- Imbert G、Saudou F、Yvert G、他 (1996)。「脊髄小脳失調症 2 遺伝子のクローニングにより、CAG/グルタミン反復の拡張に対して高い感受性を持つ遺伝子座が明らかになった」Nat. Genet . 14 (3): 285–91. doi :10.1038/ng1196-285. PMID 8896557. S2CID 9304975.
- Mangel L, Ternes T, Schmitz B, Doerfler W (1998). 「ヒトゲノムにおける新しい 5'-(CGG)n-3' リピート」J. Biol. Chem . 273 (46): 30466–71. doi : 10.1074/jbc.273.46.30466 . PMID 9804814.
- Phelan ML、Sif S、Narlikar GJ、Kingston RE (1999)。「SWI/SNFサブユニットからのコアクロマチンリモデリング複合体の再構成」。Mol . Cell . 3 (2): 247–53. doi : 10.1016/S1097-2765(00)80315-9 . PMID 10078207。
- 永瀬 孝、石川 健、菊野 亮、他 (2000)。「未確認ヒト遺伝子のコード配列の予測。XV. 試験管内で巨大タンパク質をコードする脳由来の100個の新しいcDNAクローンの完全配列」。DNA Res . 6 (5): 337–45. doi : 10.1093/dnares/6.5.337 . PMID 10574462。
- Xue Y, Canman JC, Lee CS, et al. (2001). 「ヒト SWI/SNF-B クロマチンリモデリング複合体は酵母 Rsc と関連しており、有糸分裂染色体のキネトコアに局在する」Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 97 (24): 13015–20. Bibcode :2000PNAS...9713015X. doi : 10.1073/pnas.240208597 . PMC 27170 . PMID 11078522.
- Kato H, Tjernberg A, Zhang W, et al. (2002). 「SYT はヒト SNF/SWI 複合体と関連し、その融合パートナー SSX1 の C 末端領域はヒストンを標的とする」J. Biol. Chem . 277 (7): 5498–505. doi : 10.1074/jbc.M108702200 . hdl : 2066/170683 . PMID 11734557.
- Hurlstone AF、Olave IA、Barker N、et al. (2002)。「新規BRG1相互作用タンパク質hELD/OSA1のクローニングと特性評価」。Biochem . J. 364 ( Pt 1): 255–64. doi :10.1042/bj3640255. PMC 1222568. PMID 11988099 .
- Inoue H, Furukawa T, Giannakopoulos S, et al. (2003). 「ヒトSWI/SNFクロマチンリモデリング複合体の最大サブユニットはステロイドホルモン受容体による転写活性化を促進する」J. Biol. Chem . 277 (44): 41674–85. doi : 10.1074/jbc.M205961200 . PMID 12200431.
- Strausberg RL、Feingold EA、Grouse LH、他 (2003)。「15,000 を超える完全長のヒトおよびマウス cDNA 配列の生成と初期分析」。Proc . Natl. Acad. Sci. USA . 99 ( 26): 16899–903。Bibcode : 2002PNAS ... 9916899M。doi : 10.1073/ pnas.242603899。PMC 139241。PMID 12477932。
- Nie Z、Yan Z、Chen EH、他 (2003)。「新規 SWI/SNF クロマチンリモデリング複合体には混合系統白血病染色体転座パートナーが含まれる」。Mol . Cell. Biol . 23 (8): 2942–52. doi :10.1128/MCB.23.8.2942-2952.2003. PMC 152562. PMID 12665591 。
- Mungall AJ 、Palmer SA、Sims SK、他 (2003)。「ヒト染色体6のDNA配列と分析」。Nature 425 ( 6960 ) : 805–11。Bibcode :2003Natur.425..805M。doi : 10.1038/ nature02055。PMID 14574404 。
- Garin G、Badid C、McGregor B、他 (2004)。「虚血は腎臓血管平滑筋細胞における新しい転写因子 (6A3-5) の早期発現を誘導する:ラットおよびヒトの腎臓病理学の研究」。Am . J. Pathol . 163 (6): 2485–94. doi : 10.1016/S0002-9440(10)63603-6. PMC 1892391. PMID 14633620.
- 太田 孝文、鈴木 勇、西川 孝文、他 (2004)。「21,243 個の完全長ヒト cDNA の完全な配列決定と特性解析」。Nat . Genet . 36 (1): 40–5. doi : 10.1038/ng1285 . PMID 14702039。
- Bouwmeester T、Bauch A、Ruffner H、et al. (2004)。「ヒトTNF-α/NF-κBシグナル伝達経路の物理的および機能的マップ」。Nat . Cell Biol . 6 (2): 97–105. doi :10.1038/ncb1086. PMID 14743216. S2CID 11683986.
- Wilsker D、Patsialou A、Zumbrun SD、他 (2004)。「酵母および哺乳類のSWI/SNF複合体のARID含有サブユニットのDNA結合特性」。Nucleic Acids Res . 32 (4): 1345–53. doi :10.1093/nar/gkh277. PMC 390273 . PMID 14982958.
- Wang X、Nagl NG、Wilsker D、et al. (2005)。「2つの関連ARIDファミリータンパク質は、ヒトSWI/SNF複合体の代替サブユニットです。」Biochem. J. 383 ( Pt 2): 319–25. doi :10.1042/BJ20040524. PMC 1134073. PMID 15170388 。
- Colland F, Jacq X, Trouplin V, et al. (2004). 「ヒトシグナル伝達経路の機能的プロテオミクスマッピング」Genome Res . 14 (7): 1324–32. doi :10.1101/gr.2334104. PMC 442148. PMID 15231748 .
外部リンク
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