ホモサピエンス種のタンパク質コード遺伝子
アリフ 利用可能な構造 ＰＤＢ オルソログ検索: PDBe RCSB
識別子 エイリアス ALYREF 、ALY、ALY/REF、BEF、REF、THOC4、Aly/REF エクスポート係数 外部ID オミム ：604171; MGI : 1341044; ホモロジーン : 134554; ジーンカード ：ALYREF; OMA :ALYREF - オルソログ 遺伝子の位置（ マウス ） クロ。 11番染色体（マウス） [2] バンド 11|11 E2 始める 120,482,947 bp [2] 終わり 120,489,191 bp [2]
RNA発現 パターン ブギー 人間 マウス （相同遺伝子） トップの表現 神経節隆起 心室帯 子宮内膜間質細胞 左精巣 横行結腸粘膜 右精巣 単球 顆粒球 付録 腹部の皮膚
トップの表現 上顎突出 下顎突出 心室帯 体節 上皮層 腹壁 腎小体 卵黄嚢 原腸胚 胸腺
参照表現データの詳細
バイオGPS
遺伝子オントロジー 分子機能 細胞成分
細胞質 細胞質 核の粒 触媒ステップ 2 スプライソソーム 膜 転写エクスポート複合体 エクソン-エクソン接合複合体 スプライソソーム複合体 細胞外エクソソーム 核 核質 生物学的プロセス
DNA組み換えの調節 スプライソソームを介したmRNAスプライシング RNAポリメラーゼII転写の終結 mRNA輸送 mRNA処理 宿主細胞核からのウイルスmRNAの輸出 核からのmRNAの輸出 DNAテンプレート転写、伸長の正の制御 骨芽細胞の分化 レプリケーションフォーク処理 ウイルスプロセス mRNA 3'末端処理 RNAスプライシング 核からのRNAの輸出 輸送 出典:Amigo / QuickGO
ウィキデータ
Aly/REF輸出因子は THO複合体サブユニット4 としても知られ、ヒトでは ALYREF 遺伝子 によってコードされる タンパク質 である 。 [5] [6]
ALYREF 遺伝子は 、Aly/REF 輸出因子 (ALY、THO 複合体サブユニット 4、Tho4、RNA および輸出因子結合タンパク質 1、Refbp1) をコードします。 これは、スプライスされた mRNA とスプライスされていない mRNAの核輸出に関与する 分子シャペロン および輸出アダプター として機能する、遍在的に発現する 核タンパク質です。mRNA 輸出の重要な役割を果たす TRanscription-EXport (TREX) 複合体 には、THO サブ複合体、RNA ヘリカーゼ UAP56、および RNA 結合タンパク質 ALY が含まれます。酵母では、TREX は共転写によってリクルートされますが、ヒト細胞では、スプライシングの後期段階でリクルートされます。ヒト TREX 複合体は、ALY と THO が核キャップ結合複合体と相互作用することで、mRNA の 5' 末端近くの領域にリクルートされます。シャペロンとして、ALYは塩基性ロイシンジッパー（ bZIP ）ドメインを含む転写因子の二量体形成を促進します。 [7] それによって転写活性化を促進します。ALYは、ポリアデニル化mRNAの3'末端処理と、ポリアデニル化および非ポリアデニル化mRNAの両方の核輸出において重要な役割を果たします。 [8] [ 9] mRNAがALYに結合した後、それは輸出のためにNXF1-NXT1ヘテロ二量体に転送されるようです（TAP/NFX1経路）。全長ALYタンパク質（Refbp1-I、6つのエクソンによってコードされる255アミノ酸 [10] ）には、アラニン/アルギニン/グリシンに富む配列に挟まれた保存されたRNA認識モチーフ（RRM、アミノ酸105-182）があり、N末端領域（アミノ酸16-37）はRNA結合とNXF1-NXT1ヘテロ二量体との相互作用に十分です。 [11]
参考文献
^ abc GRCh38: Ensembl リリース 89: ENSG00000183684 – Ensembl 、2017 年 5 月 ^ abc GRCm38: Ensembl リリース 89: ENSMUSG00000025134 – Ensembl 、2017 年 5 月 ^ 「Human PubMed Reference:」。 国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館 。 ^ 「マウス PubMed リファレンス:」。 国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館 。 ^ ムラヴェンコ OV、ギザトゥリン RZ、アルアミン AN、プロトポポフ AI、カシューバ VI、ゼレーニン AV、ザバロフスキー ER (2001 年 1 月)。 「ヒトALY/BEF遺伝子マップ位置17q25.3」。 染色体 解像度 8 (6): 562. 土井 :10.1023/A:1009236126053。 PMID 11032328。S2CID 6859937 。 ^ 「Entrez Gene: ALYREF Aly/REF エクスポート因子」。 ^ 「Entrez Gene: THOC4 THO 複合体 4」。 ^ Shi M、Zhang H、Wu X、He Z、Wang L、Yin S、Tian B、Li G、Cheng H (2017年9月)。「ALYREFは主に生体内でmRNAの5'領域と3'領域に結合する」。Nucleic Acids Res . 45 (16): 9640–9653. doi :10.1093/nar/gkx597. PMC 5766156 . PMID 28934468. ^ Shi M, Zhang H, Wu X, He Z, Wang L, Yin S, Tian B, Li G, Cheng H (2019年3月). 「ALYREFは3'末端プロセシングと非ポリアデニル化mRNAの核輸出を結びつける」. EMBO J. 38 ( 9): e99910. doi :10.15252/embj.201899910. PMC 6484419. PMID 30858280 . ^ 「Ensembl: 遺伝子 ALYREF ENSG00000183684 (ヒト)」. ^ 「UniProtKB Q86V81 (THOC4_HUMAN)」.
さらに読む
Bruhn L、Munnerlyn A、Grosschedl R (1997)。「LEF-1およびAML-1のコンテキスト依存コアクチベーターであるALYは、TCRalphaエンハンサー機能に必要である」。Genes Dev . 11 (5): 640–53. doi : 10.1101/gad.11.5.640 . PMID 9119228。 Neubauer G、King A、Rappsilber J、et al. (1998)。「質量分析とESTデータベース検索により、多タンパク質スプライソソーム複合体の特性評価が可能に」。Nat . Genet . 20 (1): 46–50. doi :10.1038/1700. PMID 9731529. S2CID 585778. Wichmann I、Garcia-Lozano JR、Respaldiza N、et al. (1999)。「全身性エリテマトーデス患者における転写調節タンパク質DEKおよびALYに対する自己抗体」。Hum . Immunol . 60 (1): 57–62. doi :10.1016/S0198-8859(98)00085-8. PMID 9952027。 Virbasius CM、Wagner S、Green MR (1999)。「bZIPタンパク質の二量体化、DNA結合、転写活性を制御するヒト核局在シャペロン」。Mol . Cell . 4 (2): 219–28. doi : 10.1016/S1097-2765(00)80369-X . PMID 10488337。 Le Hir H、Izaurralde E、Maquat LE、Moore MJ (2001)。「スプライソソームは 、mRNA エクソン間ジャンクションの 20～24 ヌクレオチド上流に複数のタンパク質を沈着させる」。EMBO J. 19 (24): 6860–9. doi :10.1093/emboj/19.24.6860. PMC 305905. PMID 11118221 。 Kim VN、Kataoka N、 Dreyfuss G (2001)。「スプライシング依存性エクソン-エクソン接合複合体におけるナンセンス変異介在性崩壊因子hUpf3の役割」。Science。293 ( 5536 ) : 1832–6。Bibcode : 2001Sci ... 293.1832K。doi :10.1126/science.1062829。PMID 11546873。S2CID 12018200 。 Luo ML、Zhou Z、Magni K、et al. (2001)。「UAP56 とAly の直接相互作用によってリンクされた Pre-mRNA スプライシングと mRNA エクスポート」。Nature . 413 ( 6856 ) : 644–7。Bibcode :2001Natur.413..644L。doi : 10.1038/35098106。PMID 11675789。S2CID 4395388。 Kataoka N, Diem MD , Kim VN, et al. (2002). 「ショウジョウバエ mago nashi タンパク質のヒト相同体である Magoh は、スプライシング依存性エクソン-エクソン接合複合体の構成要素である」。EMBO J. 20 (22): 6424–33. doi :10.1093/emboj/20.22.6424. PMC 125744. PMID 11707413 。 Strässer K 、Masuda S、Mason P、et al. (2002)。「TREX はメッセンジャー RNA エクスポートと転写を結合する保存された複合体です」。Nature . 417 ( 6886 ) : 304–8。Bibcode : 2002Natur.417..304S。doi :10.1038/nature746。PMID 11979277。S2CID 1112194。 Jurica MS、Licklider LJ、Gygi SR 、 et al. (2002)。「3次元構造解析に適したネイティブスプライソソームの精製と特性評価」 。RNA。8 ( 4 ) : 426–39。doi : 10.1017 /S1355838202021088。PMC 1370266。PMID 11991638 。 Rappsilber J、Ryder U、Lamond AI、Mann M (2002)。「ヒトスプライソソームの大規模プロテオーム解析」。Genome Res . 12 (8): 1231–45. doi :10.1101/gr.473902. PMC 186633. PMID 12176931 。 Chen IH、Sciabica KS、Sandri-Goldin RM (2002)。「ICP27 は RNA エクスポート因子 Aly/REF と相互作用し、単純ヘルペスウイルス 1 型のイントロンのない mRNA を TAP エクスポート経路に誘導します」。J . Virol . 76 (24): 12877–89. doi :10.1128/JVI.76.24.12877-12889.2002. PMC 136725. PMID 12438613 。 Strausberg RL、Feingold EA、Grouse LH、他 (2003)。「15,000 を超える完全長のヒトおよびマウス cDNA 配列の生成と初期分析」。Proc . Natl. Acad. Sci. USA . 99 ( 26): 16899–903。Bibcode : 2002PNAS ... 9916899M。doi : 10.1073/ pnas.242603899。PMC 139241。PMID 12477932 。 McCracken S、Longman D、Johnstone IL、et al. (2004)。「エクソン接合複合体の形成とは独立して機能する 3' 末端処理における SRm160 の進化的に保存された役割」。J . Biol. Chem . 278 (45): 44153–60. doi : 10.1074/jbc.M306856200 . PMID 12944400。 Pryor A、Tung L、Yang Z、他 (2004)。「mRNA エクスポートタンパク質 UAP56 と非常に関連のある哺乳類 DExH/D ボックスタンパク質 URH49 をコードする mRNA の成長制御発現と G0 特異的ターンオーバー」。Nucleic Acids Res . 32 (6): 1857–65. doi :10.1093/nar/gkh347. PMC 390356 . PMID 15047853。 Gerhard DS、Wagner L、Feingold EA、他 (2004)。「NIH 完全長 cDNA プロジェクトの現状、品質、拡大: 哺乳類遺伝子コレクション (MGC)」。 Genome Res . 14 (10B): 2121–7. doi :10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334 。 Ong SE、Mittler G、Mann M (2005)。「重メチルSILACによる生体内メチル化部位の特定と定量」。Nat . Methods . 1 (2): 119–26. doi :10.1038/nmeth715. PMID 15782174. S2CID 6654604. Masuda S, Das R, Cheng H, et al. (2005). 「スプライシング中のヒトTREX複合体のmRNAへのリクルートメント」 Genes Dev . 19 (13): 1512–7. doi :10.1101/gad.1302205. PMC 1172058 . PMID 15998806. Mertz JA、Kobayashi R、Dudley JP (2007)。「ALY は B 型白血病ウイルスエンハンサー上の RUNX1 と c-Myb の共通コアクチベーターである」。J . Virol . 81 (7): 3503–13. doi :10.1128/JVI.02253-06. PMC 1866045. PMID 17229714 。 Quaresma AJ、Sievert R、Nickerson JA (2013)。「PI3キナーゼ/AKTシグナル伝達経路によるmRNA輸出の調節」。Mol . Biol. Cell . 24 (8): 1208–21. doi :10.1091/mbc.E12-06-0450. PMC 3623641. PMID 23427269 。
外部リンク
