2006年バンク・オブ・アイルランド・オールアイルランド・シニア・フットボール選手権は、 2006年5月7日(日)に開幕した。2006年の選手権では、2005年と同じ「予選」システムが採用された。前回優勝チームのタイロンは、大会序盤でラオイスに敗退した。ケリーは、2004年の決勝の再戦でメイヨーを破り、 34回目のサム・マグワイア・カップを獲得した。
数年前にいわゆる「裏口」制度が導入されて以来、選手権の形式には多くの変更が加えられてきた。2006年には以下の制度が採用された。
マンスター、レンスター、アルスター、コノートの各州選手権は、通常通り「ノックアウト方式」で行われた。これらの州選手権に続いて、「予選」システムが行われた。
アイルランド全国選手権準々決勝:4つの州選手権優勝チームは、第4ラウンドの勝者4チームのうちの1チームと対戦した。アイルランド全国選手権準決勝は、中央評議会が当初決定した州ごとの順位に基づいて行われた。州選手権優勝チームが準々決勝で敗退した場合、そのチームを破ったチームが準決勝に進出する。
このラウンドには、それぞれの州準決勝に進出できなかったすべての郡が含まれていました。オープン抽選が行われ、8組の組み合わせが決定され、勝者は第2ラウンドに進出し、敗者は2006年全アイルランドフットボール選手権から敗退しましたが、全アイルランド大会であるトミー・マーフィー・カップには出場できました。オファリーがキルデアに対して物議を醸す血液交代を行ったため、キルデアは試合結果、ひいてはオファリーのレンスター選手権への出場継続に異議を申し立てました。最終的に、オファリーは交代ルールを破っていなかったことが明らかになり、キルデアは予選の第1ラウンドでキャバンと対戦し、その後キャバンを破りました。第1ラウンドでは、アントリム、ダウン、ウォーターフォード、ロンドン、カーロウ、ラウス、キャバン、ウィックローが2006年オールアイルランド・シニア・フットボール選手権から敗退した。オールアイルランド・フットボール選手権優勝チームのタイロンはラウスとの再試合を強いられたが、最終的にはタイロンが勝利を収めた。
第1ラウンド予選の勝者8チームと敗者8チームが、全アイルランド州準決勝で対戦した。第2ラウンドでは、キルデア、ロスコーモン、リムリック、ティペラリー、クレア、モナハン、リートリム、そして2005年全アイルランドチャンピオンのタイロンが敗退した。
第3ラウンドは、第2ラウンドの勝者8チームで構成されました。勝者8チームによる抽選が行われ、4組の組み合わせが決定されました。第3ラウンドに参加したチームは、ラオイス、ウェックスフォード、ミース、ファーマナ、スライゴ、ウェストミース、ロングフォード、デリーでした。
第4ラウンドでは、州決勝で敗れた4チームが、第3ラウンドの勝者4チームと対戦した。ドニゴールはアルスターのライバルであるファーマナと、レンスター決勝進出チームのオファリーは地元のライバルであるラオイスと対戦した。ケリーは第4ラウンドにサプライズで進出したロングフォードと、ゴールウェイはウェストミースと対戦した。