分子生物学において、U3 snoRNAは主に核小体に存在する非コードRNAである。U3はC/Dボックスモチーフを持ち、技術的にはボックスC/DクラスのsnoRNAに属する。しかし、他のC/DボックスsnoRNAとは異なり、他のRNAの2' - O-メチル化を誘導することは示されていない。むしろ、U3はpre-rRNAプロセシング中にリボソームRNA （rRNA）の部位特異的切断を誘導すると考えられている。 [ 1 ]
ボックスC/D要素は、すべてのU3 snoRNAに見られる6つの短い配列要素、すなわちボックスA、A'、B、C、C'、およびDのサブセットである。[ 2 ]
二次構造
U3 snoRNAの二次構造は、小さな5'ドメイン（ボックスAとA'を含む）と、より大きな3'ドメイン（ボックスB、C、C'、Dを含む）によって特徴づけられ、これら2つのドメインは一本鎖ヒンジで連結されている。ボックスBとCはB/Cモチーフを形成し、これはU3 snoRNAに特有のものと考えられている。また、ボックスC'とDはC'/Dモチーフを形成する。後者は、他のsnoRNAに見られるC/Dモチーフと機能的に類似している。5'ドメインとヒンジ領域は、プレrRNA結合ドメインとして機能する。3'ドメインには保存されたタンパク質結合部位が存在する。ボックスB/CモチーフとボックスC'/Dモチーフの両方が、U3 snoRNAの核内保持に十分である。ボックスC'/Dモチーフは、U3 snoRNAの核小体局在、安定性、および過剰メチル化にも必要である。[ 3 ]ボックスB/CモチーフとC'/Dモチーフはどちらも特定のタンパク質相互作用に関与しており、 U3 snoRNAのrRNAプロセシング機能に必要である。
U3上には、標的配列5'-CUACCUCUCU-3'および5'-CUCAGGAG-3'と塩基対を形成する2つの潜在的なmRNA結合モチーフが同定されている。 [ 4 ] U3が結合するmRNA標的は、タンパク質翻訳に関与していると考えられる。[ 4 ]
参考文献
- ↑ Cléry, A.; Senty-Ségault, V.; Leclerc, F.; Raué, A.; Branlant, C. (2007年2月). "U3小型核小体RNAのB/CモチーフがSnu13p-Rrp9pタンパク質ペアの認識部位であることを示す配列および構造的特徴の解析" . Molecular and Cellular Biology . 27 (4): 1191– 1206. doi : 10.1128/MCB.01287-06 . ISSN 0270-7306 . PMC 1800722 . PMID 17145781 .
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- ↑ Speckmann, W; Narayanan A; Terns R; Terns MP (1999). "U3小型核小体RNAの核保持要素" . Mol Cell Biol . 19 (12): 8412– 8421. doi : 10.1128/MCB.19.12.8412 . PMC 84939 . PMID 10567566 .
- 1 2 Liu, Bei; Wu, Tong; Miao, Bernadette A.; Ji, Fei; Liu, Shun; Wang, Pingluan; Zhao, Yutao; Zhong, Yuhao; Sundaram, Arunkumar; Zeng, Tie-Bo; Majcherska-Agrawal, Marta; Keenan, Robert J.; Pan, Tao; He, Chuan (2024-11-22). "snoRNA によるタンパク質分泌促進は、トランスクリプトーム全体にわたる snoRNA 標的の同定によって明らかになった" . Cell . 188 (2): 465–483.e22. doi : 10.1016/j.cell.2024.10.046 . ISSN 0092-8674 . PMC 11761385 . PMID 39579764 .
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- ↑ Granneman S、Vogelzangs J、Lührmann R、van Venrooij WJ、Pruijn GJ、Watkins NJ (2004 年 10 月)。「U3 snoRNP の核小体内局在における pre-rRNA 塩基対形成と 80S 複合体形成の役割」。Mol . Cell. Biol . 24 (19): 8600–10 . doi : 10.1128/MCB.24.19.8600-8610.2004 . PMC 516741. PMID 15367679 .
- ↑ Srivastava A、Ahamad J、Ray AK、Kaur D、Bhattacharya A、Bhattacharya S (2014)。寄生性原生生物Entamoeba histolyticaにおけるU3 snoRNAおよび小サブユニットプロセソーム構成要素の解析。Mol Biochem Parasitol. 193(2):82-92. doi: 10.1016/j.molbiopara.2014.03.001. Epub 2014年3月12日
- ↑ Marz M 、Stadler PF (2009 )。「真核生物U3 snoRNAの比較分析」。RNA Biol . 6 ( 5 ) : 503–7。CiteSeerX 10.1.1.380.4189。doi : 10.4161 / rna.6.5.9607。PMID 19875933。S2CID 13055120。
外部リンク
- Rfamの小型核小体RNA U3のページ
- uRNADB: U3ページ（アーカイブ） 2011年7月20日にWayback Machineにアーカイブされました
- UMASSのsnoRNAdbにおけるU3のエントリ
- U3aのSGDエントリー
- U3のヒトsnoRNAbaseエントリ
