Loading article…
| |
| 名前 | |
|---|---|
| IUPAC名
[2-(4-{[ジエチル(メチル)アンモニウム]メチル}フェニル)-6-メトキシ-1-メチル-4-{[(2Z)-3-メチル-1,3-ベンゾオキサゾール-2-イリデン]メチル}キノリン-1-イウム]。[1]
| |
| 識別子 | |
3Dモデル（JSmol）
|
|
| |
| |
| プロパティ | |
| C 32 H 37 N 3 O 2 2+ | |
| モル質量 | 495.663グラム/モル |
| 溶解度 | 通常、ジメチルスルホキシド（DMSO） に溶解した状態で供給されます。 |
特に記載がない限り、データは標準状態（25 °C [77 °F]、100 kPa）の材料に関するものです。
インフォボックス参照
| |
SYBR Goldは非対称シアニン染料です。二本鎖 DNA、一本鎖 DNA、RNAの染色に使用できます。SYBR Gold は核酸検出用の SYBR ファミリー染料の中で最も感度の高い蛍光染色剤です。SYBR ファミリー染料はMolecular Probes Inc.によって製造されており、現在はThermo Fisher Scientificが所有しています[2]
SYBR Gold は、様々な種類の核酸の検出において、エチジウムブロマイド、SYBR Green I、SYBR Green IIよりも感度が高い。SYBR Gold の優れた感度は、色素核酸複合体の蛍光量子収率が高いこと(~0.6-0.7) と、核酸に結合すると色素の蛍光が大きく増強されること(~1000 倍) による。SYBR Gold は 25 pg という少量のDNAを検出できるため、300 nm透過照明でも、変性尿素、グリオキサール、ホルムアルデヒドゲル中の核酸の検出においてエチジウムブロマイドよりも 10 倍以上感度が高い。[3]
蛍光特性
SYBR Gold はDNAに結合すると2 つの蛍光励起極大点を持ち、1 つは約 300 nm を中心とし、もう 1 つは約 495 nm を中心とし、単一の発光極大点は 約 537 nm にあります。SYBR Gold は青色光透過照明で励起できるためDNA を損傷せず、SYBR ファミリーの他の染料に比べてDNA クローニング効率が向上しています。 [4]蛍光強度は、消光と内部フィルターの効果が重要になる染料濃度が約 2.5 μM まで、DNAに結合した SYBR Gold 分子の数とともに直線的に増加します。染料濃度が ≤ 2.5 μM の場合、DNA濃度の関数としての蛍光強度は、染料濃度のグローバル結合モデルによって適切に説明されます。[1]
DNAへの結合
SYBR Gold はインターカレーターです。つまり、DNAの2 つの平面塩基/塩基対の間に1 つの染料分子を挿入することでDNAに結合します。単一分子磁気ピンセットアッセイでは、結合時に染料分子あたり 19.1º ± 0.7º のDNAの系統的な伸長とほどきが明らかになり、インターカレーションと一致しています。これは、 SYBR Green Iなどの関連染料と同様です。解離定数(SYBR Gold の二本鎖 DNAへの結合親和性を表す尺度) は 0.27 ± 0.03 μM です。[1]
用途
SYBR Gold は、分子生物学および生化学のさまざまな分野で使用されています。主な用途は、アガロースゲルやポリアクリルアミドゲルなどの電気泳動で DNA を視覚化することです。SYBR Goldは、厚くて高濃度のアガロースゲルに素早く浸透することができ、結合していない染料の固有蛍光が低いため、ホルムアルデヒドアガロースゲルでも脱色する必要がありません。SYBR Gold は、エタノール沈殿によって核酸から簡単に除去できるため、その後の操作や分析に使用できる純粋なテンプレートが残ります。
また、SYBR Gold は、フローサイトメトリーや蛍光顕微鏡での細胞内のDNAの標識にも使用できます。
蛍光活性を維持するために、SYBR Goldは、特に使用のために希釈した後は、できるだけ光から保護する必要があります。 [2]
安全性
SYBR ファミリーの染料は、ヒトの変異原となる可能性のある臭化エチジウムの代替品として販売されており、取り扱いがより安全で、エチジウムの複雑な廃棄物処理の問題がないことから、SYBR Gold の変異原性や毒性に関するデータは入手できません。SYBR Gold は DNA に高い親和性でインターカレーション結合するため、発がん性がある可能性があります。そのため、SYBR Gold は特に注意して取り扱う必要があり、SYBR Gold 染色液は地域の規制に従って廃棄する必要があります[2]
類似シアニン染料
参考文献
- ^ abc Kolbeck, PJ, Vanderlinden, W., Gemmecker, G., Gebhard, C., Lehman, M., Lak, A., Nicolaus, T., Cordes, T., Lipfert, J. (2021). 「SYBR Goldの分子構造、DNA結合モード、光物理的特性および使用に関する推奨事項」。核酸 研究。49 ( 9 ) : 5143–5158。doi :10.1093/nar/gkab265。PMC 8136779。PMID 33905507。2021年4月29日閲覧。
{{cite journal}}: CS1 maint: 複数の名前: 著者リスト (リンク) - ^ abc 「SYBR Gold」。SYBR ™ Gold 核酸ゲル染色液（DMSO中10,000倍濃縮液） 。 2021年4月29日閲覧。
- ^ Tuma, Rabia S. (1999). 「SYBR Gold Nucleic Acid Gel Stain の特性評価: 300 nm 紫外線トランスイルミネーターでの使用に最適化された染料」.分析生化学. 268 (2): 278–288. doi :10.1006/abio.1998.3067. PMID 10075818. 2021 年4 月 29 日閲覧。
- ^ Cosa, G. (2001). 「水性緩衝溶液中の一本鎖および二本鎖DNAに結合した蛍光DNA染料の光物理的特性」.光化学および光生物学. 73 (6): 585–599. doi :10.1562/0031-8655(2001)073<0585:ppofdd>2.0.co;2. PMID 11421063. S2CID 29915796. 2021年4月29日閲覧。