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| ヒポミクロバイオレ | |
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| アグロバクテリウム（SEM画像） | |
科学的分類 
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| ドメイン： | 細菌 |
| 門: | シュードモナドタ |
| クラス： | アルファプロテオバクテリア |
| 注文： | Hyphomicrobiales Douglas 1957 (承認リスト 1980) |
| 家族[1] | |
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テキストを参照 | |
| 同義語[2] | |
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Hyphomicrobiales （同義語：Rhizobiales）は、グラム陰性アルファプロテオバクテリアの目です。
窒素を固定し、植物の根と共生する根粒菌は、いくつかの異なる科に分類される。 Nitrobacteraceae、Hyphomicrobiaceae、Phyllobacteriaceae、およびRhizobiaceaeの 4 つの科には、少なくともいくつかの属の窒素固定、マメ科の根粒形成、微小共生細菌が含まれる。例として、Bradyrhizobium属やRhizobium属が挙げられる。Methylocystaceaeの種はメタン資化性であり、メタノール(CH 3 OH) またはメタン(CH 4 ) を唯一のエネルギー源および炭素源として使用する。 その他の重要な属には、ヒト病原菌のBartonellaおよびBrucella、および遺伝子工学の重要なツールであるAgrobacteriumがある。
分類
受け入れられた家族
- Aestuariivirgaceae Li et al . 2019年
- アフィフェラ科 Hördt et al . 2020
- アレンシア科 Hördt et al . 2020
- またバクテリア科 Sun et al . 2018年
- キク科 Hördt et al . 2020年
- Ancalomicrobiaceae Dahal et al . 2018年
- オーランティモナダ 科Hördt et al . 2020年
- バルトネラ科 Gieszczykiewicz 1939 (承認リスト 1980)
- ベイジェリンキ科 Garrity et al . 2006
- Blastochloridaceae Hördt et al . 2020
- ボセア科 Hördt et al . 2020
- Breoghaniaceae Hördt et al . 2020年
- Brucellaceae Breed et al . 1957 (承認リスト 1980)
- キラトコッカス科 Dedysh et al . 2016
- コヘシバクテリア科 ファンとチョー 2008
- Devosiaceae Hördt et al . 2020年
- ヒポミクロビア科 Babudieri 1950 (承認リスト 1980)
- Kaistiaceae Hördt et al . 2020年
- リケニバクテリア科 Pankratov et al . 2020
- 苔癬科 Noh et al . 2019年
- メチロバクテリア科 Garrity et al . 2006
- メチロシスタセア ボウマン 2006
- Nitrobacteraceae corrig. Buchanan 1917 (承認リスト 1980)
- ノトアクメイバクテリウム科 Huang et al . 2017
- パルビバキュラ科 Hördt et al . 2020
- フレアトバクター科 Hördt et al . 2020
- フィロバクテリア科 Mergaert と Swings 2006
- プレオモルフォモナダ科 Hördt et al . 2020
- シュードキサントバクター科 Hördt et al . 2020
- Rhabdaerophilaceae ミンet al . 2020
- Rhizobiaceae Conn 1938 (承認リスト 1980)
- ロドビア科 Garrity et al . 2006
- Roseiarcaceae Kulichevskaya et al . 2014
- サリナリモナダ科 Cole et al . 2018
- Segnochrobactraceae Akter et al . 2020年
- Stappiaceae Hördt et al . 2020年
- Tepidamorphaceae Hördt et al . 2020年
- キサントバクター科 Lee et al . 2005
未割り当ての属
次の属は科に割り当てられていません:
- フラビフラゲリバクター ドン他2019 [3]
暫定分類群
これらの分類群は公表されていますが、細菌学規約に従って検証されていません。
- 「ノルデッラ」ラス・スコラほか。 2004年[4]
- 「プロピレネラ科」Liu et al . 2021 [5]
- 「プロピレネラ」Liu et al . 2021 [5]
- 「Propylenella binzhouense」Liu et al . 2021年[5]
- 「プロピレネラ」Liu et al . 2021 [5]
- 「サーモペトロバクター」シスラック 2013 [6]
系統発生
現在受け入れられている分類法は、命名法に定められた原核生物名のリスト[7]に基づいており、系統発生は全ゲノム配列に基づいています。[2] [a]
自然な遺伝子変換
自然な遺伝子形質転換は、少なくとも4つのHyphomicrobiales種、すなわちAgrobacterium tumefaciens、[8]、 Methylobacterium organophilum、[9]、 Ensifer adhaerens、[10]、およびBradyrhizobium japonicum [11]で報告されています。自然な遺伝子形質転換は、介在培地を介して1つの細菌細胞から別の細菌細胞へのDNAの移動と、相同組み換え によるドナー配列の受容体ゲノムへの統合を伴う有性的なプロセスです。
参照
注記
- ^ Aestuariivirgaceae、Alsobacteraceae、Ancalomicrobiaceae、Lichenibacteriaceae、Lichenihabitantaceae、Rhabdaerophilaceae、およびSegnochrobactraceaeはこの系統樹には含まれていません。
- ^ フィロバクテリウムはフィロバクテリア科の他の菌類とは別です。
- ^ ProsthecomicrobiumはHyphomicrobiaceaeの他の属とは別である。
参考文献
- ^ Parker CT、 Garrity GM (2003 年 1 月 1 日)。Parker CT、Garrity GM (編)。「Mabikibacteraceae科の分類概要」。The NamesforLife Abstracts。NamesforLife、LLC。doi :10.1601/tx.30673。
- ^ ab Hördt A, López MG, Meier-Kolthoff JP, Schleuning M, Weinhold LM, Tindall BJ, et al. (2020). 「1,000以上のタイプ株ゲノムの分析により、アルファプロテオバクテリアの分類が大幅に改善」。Frontiers in Microbiology . 11 : 468. doi : 10.3389/fmicb.2020.00468 . PMC 7179689. PMID 32373076.
- ^ Dong L, Han MX, Wang D, Liu F, Asem MD, Jiao JY, Xiao M, Salam N, Li WJ (2019). 「砂漠の土壌から分離されたリゾビア目の新属新種Flaviflagellibacter deserti」Antonie van Leeuwenhoek . 112 (6): 947–954. doi :10.1007/s10482-019-01228-0. PMID 30637538. S2CID 58006833.
- ^ ラ・スコラ B、バラッシ L、ラウール D (2004)。 「アメーバ共培養を使用して単離された、新規のα-プロテオバクテリウム、ノルデラ・オリゴモビリス属新種、新種」。分解微生物。155 (1): 47–51。土井：10.1016/j.resmic.2003.09.012。PMID 14759708。
- ^ abc Liu YL、Meng D、Wang F、Gong XF、Gu PF、Fan XY、Du ZJ、Zou JD、Li Q (2021)。 「活性汚泥から分離されたPropylenella binzhouense gen. nov.、sp. nov.、およびPropylenellaceae fam. nov.の提案」。アントニー・ファン・レーウェンフック。114 (3): 225–233。土井：10.1007/s10482-020-01514-2。PMID 33400070。S2CID 230665484 。
- ^ Sislak CD (2013). 海洋熱水噴出孔から分離された新規好熱性細菌 (MSc). ポートランド州立大学. doi : 10.15760/etd.1485 . 1486.
- ^ Euzéby JP, Parte AC. 「Hyphomicrobiales」。命名法で定められた原核生物名のリスト（LPSN） 。 2021年5月15日閲覧。
- ^ Demanèche S, Kay E, Gourbière F, Simonet P (2001 年 6 月). 「土壌中の Pseudomonas fluorescens および Agrobacterium tumefaciens の自然形質転換」.応用環境微生物学. 67 (6): 2617–21. Bibcode :2001ApEnM..67.2617D. doi : 10.1128/AEM.67.6.2617-2621.2001. PMC 92915. PMID 11375171.
- ^ O'Connor M、 Wopat A 、 Hanson RS（1977年1月）。「Methylobacterium organophilumの遺伝子形質転換」。Journal of General Microbiology。98（1）：265–72。doi ：10.1099/00221287-98-1-265。PMID 401866。
- ^ Zuniga-Soto E、 Mullins E、Dedicova B (2015)。「Ensiferを介した形質転換：イネの遺伝子組み換えのため の効率的な非アグロバクテリウムプロトコル」。SpringerPlus。4 ： 600。doi ：10.1186 / s40064-015-1369-9。PMC 4628045。PMID 26543735。
- ^ Raina JL、Modi VV (1972 年 8 月) 。「Rhizobium jpaonicum におけるデオキシリボ核酸の結合と形質転換」。Journal of Bacteriology。111 ( 2): 356–60。doi : 10.1128 /JB.111.2.356-360.1972。PMC 251290。PMID 4538250。
さらに読む
- Kuykendall LD、Dazzo FB (2005)。「Allorhizobium」。Brenner DJ、Krieg NR、Staley JT、Garrity G (編)。アルファ、ベータ、デルタ、イプシロンプロテオバクテリア、プロテオバクテリア、パート C、Bergey's Manual of Systematic Bacteriology。第 2 巻 (第 2 版)。Springer、ニューヨーク、NY。pp. 345–346。ISBN 978-0-387-24144-9。
- Kuykendall LD (2005)。「アゾリゾビウム属」。Brenner DJ、Krieg NR、Staley JT、Garrity G (編)。アルファ、ベータ、デルタ、イプシロンプロテオバクテリア、プロテオバクテリア、パート C、Bergey's Manual of Systematic Bacteriology。第 2 巻 (第 2 版)。Springer、ニューヨーク、NY。pp. 505–506。ISBN 978-0-387-24144-9。
- Kuykendall LD (2005)。「Bradyrhizobium属、Bradyrhizobiaceae 科」「Brenner DJ、Krieg NR、Staley JT、Garrity G（編著）。アルファ、ベータ、デルタ、イプシロンプロテオバクテリア、プロテオバクテリア、パートC、Bergey's Manual of Systematic Bacteriology。第2巻（第2版）。Springer、ニューヨーク、NY。pp. 438–443。ISBN 978-0-387-24144-9。
- Kuykendall LD、Young JM、Martínez-Romero、Kerr A、Sawada H (2005)。「リゾビウム属、改訂された科における高度に分岐した属」。Brenner DJ、Krieg NR、Staley JT、Garrity G (編)。アルファ、ベータ、デルタ、イプシロンプロテオバクテリア、プロテオバクテリア、パート C、Bergey's Manual of Systematic Bacteriology。第 2 巻 (第 2 版)。Springer、ニューヨーク、NY。pp. 324–340。ISBN 978-0-387-24144-9。
- Chen WX、Wang ET、Kuykendall LD (2005)。「enus Mesorhizobium、Photobacteriaceae 科」。Brenner DJ、Krieg NR、Staley JT、Garrity G (編)。アルファ、ベータ、デルタ、イプシロンプロテオバクテリア、プロテオバクテリア、パート C、Bergey's Manual of Systematic Bacteriology。第 2 巻 (第 2 版)。Springer、ニューヨーク、NY。pp. 403–408。ISBN 978-0-387-24144-9。