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| Pxr sRNA | |
|---|---|
 Pxr sRNA の二次構造。 | |
| 識別子 | |
| シンボル | ピクセル |
| Rfam | RF01812 |
| その他のデータ | |
| RNAタイプ | sRNA |
| ドメイン | ミクソコッカス・ザンサス、Stigmatella aurantiaca |
| PDB構造 | PDBe |
Pxr sRNAは、ミクソコッカス・ザンサスの子実体形成に関与する遺伝子をダウンレギュレーションする調節RNAである。[1]子実体は、栄養が不足しているときに形成される粘液細菌の集合体であり、[2]子実体は、集合コロニーの少数がストレス耐性胞子に変化するのを可能にする。[3]
Pxrには2つの形態がある：Pxr-L（長い形態）とPxr-S（より短い形態）である。短い形態は成長中に細胞内で発現するが、飢餓時には急速に抑制されることがわかった。この発見は、Pxr-Sが栄養素が豊富な細胞成長中の子実体の発達を阻害する役割を特に担っていることを示唆している。[1]
Pxrホモログは、他の1つの分類群、すなわちStigmatella aurantiacaでのみ発見されています。他の粘液細菌（ Sorangium cellulosum [4]やAnaeromyxobacter dehalogenans [5]など）ではホモログが見つからなかったため、Pxr RNA遺伝子はMyxococcales亜系統で最近の進化の起源を持つ可能性があることが示唆されています。[1]
PxR sRNAは3つのスチームループに折り畳まれます。SL1とSL2は結核菌全体で高度に保存されており、SL1は調節機能に必要です。しかし、可変SL3の保存された8塩基対セグメントは、PxRの蓄積と多細胞発達に必要です。[6]
M.ザンサス絶対チートとフェニックスの表現型
Pxr sRNA遺伝子にはいくつかの変異が観察されている。 [7]最初の変異は絶対チート（OC）表現型の出現を引き起こし、これらの細菌は野生型 のM. xanthusの子実体を利用してより効率的に胞子を形成する。この表現型は、Pxr-Sの抑制を妨げる変異によって引き起こされ、子実体の形成を無期限に阻害すると考えられている。Pxr-SがPxr-Lに由来する場合、 RNAiのような処理要素がノックアウトされている可能性がある。[1]
実験室実験では、OC表現型が野生型に勝って排除し、最終的に利用できる野生型細菌が不足して個体数の激減を引き起こしました。[7]この出来事の後、自然突然変異によってフェニックス（PX）と呼ばれる新しい表現型が出現しました。 [1] PX表現型はOCとwtの両方よりも発達的に優れており、子実体を形成せずに高効率で自律的に胞子形成することができました。 [7] 2成分システムオペロン（ヒスチジンキナーゼ遺伝子とσ54応答調節因子）は、Pxr sRNAの生成と処理に関連しています。[8]
参考文献
- ^ abcde Yu YT 、Yuan X、Velicer GJ (2010年5月)。「Myxococcusの発達を制御するsRNAの適応進化」。Science。328 ( 5981 ) : 993。doi : 10.1126 /science.11 87200。PMC 3027070。PMID 20489016。
- ^ Kuner JM、Kaiser D (1982 年 7 月)。「Myxococcus xanthus の液中培養における子実体の形態形成」。J . Bacteriol . 151 (1): 458–461. doi :10.1128/jb.151.1.458-461.1982. PMC 220259. PMID 6806248 。
- ^ Wireman JW、Dworkin M (1977 年 2 月)。「Myxococcus xanthus による子実体形成中の発達誘導自己分解」。J . Bacteriol . 129 (2): 798–802. doi :10.1128/jb.129.2.798-802.1977. PMC 235013. PMID 402359 。
- ^ Schneiker S, Perlova O, Kaiser O, et al. (2007年11月). 「粘液細菌Sorangium cellulosumの完全ゲノム配列」. Nat. Biotechnol . 25 (11): 1281–1289. doi : 10.1038/nbt1354 . PMID 17965706.
- ^ Thomas SH、 Wagner RD、Arakaki AK、他 (2008)。「Anaeromyxobacter dehalogenans 株 2CP-C のモザイクゲノムは、デルタプロテオバクテリアの好気性共通祖先を示唆している」。PLOS ONE。3 ( 5 ) : e2103。doi : 10.1371 / journal.pone.0002103。PMC 2330069。PMID 18461135。
- ^ Yu, Yuen-Tsu N.; Cooper, Elizabeth; Velicer, Gregory J. (2017-11-13). 「Myxococcus xanthus sRNA Pxr の保存されたステムが sRNA の蓄積と多細胞発達を制御する」. Scientific Reports . 7 (1): 15411. doi :10.1038/s41598-017-15439-w. ISSN 2045-2322. PMC 5684412. PMID 29133885 .
- ^ abc フィエーニャ F、ユウ YT、カダム SV、ヴェリサー GJ (2006 年 5 月)。 「義務的な社会的詐欺師から優れた協力者への進化」。自然。441 (7091): 310–314。土井：10.1038/nature04677. PMID 16710413。S2CID 4371886 。
- ^ Yu, Yuen-Tsu N.; Kleiner, Manuel; Velicer, Gregory J. (2016年12月1日). 「進化的形質喪失の自然復帰は粘液細菌の多細胞発達を制御する小さなRNAの調節因子を明らかにする」Journal of Bacteriology . 198 (23): 3142–3151. doi :10.1128/JB.00389-16. ISSN 1098-5530. PMC 5105895 . PMID 27621281.
さらに読む
- Stefani G、Slack FJ (2008 年 3 月)。「動物の発達における小さな非コード RNA」。Nat . Rev. Mol. Cell Biol . 9 (3): 219–230. doi :10.1038/nrm2347. PMID 18270516. S2CID 5470510.
- Gottesman S (2005 年 7 月)。「微生物のためのマイクロ: 細菌の非コード制御 RNA」。Trends Genet . 21 (7): 399–404。CiteSeerX 10.1.1.391.8944 . doi : 10.1016 /j.tig.2005.05.008。PMID 15913835 。
- Chen, IC; Griesenauer, B; Yu, YT; Velicer, GJ (2014 年 1 月 10 日)。「多細胞子実体の発達を制御する細菌の小さな RNA の最近の進化的起源」。分子 系統学と進化。73 : 1–9。doi : 10.1016 / j.ympev.2014.01.001。hdl : 20.500.11850 /80648。PMID 24418530。
外部リンク
- Rfamの Pxr 調節 sRNA のページ