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プテラノドン科は、北アメリカ大陸、そしておそらくヨーロッパやアフリカを含む他の大陸の後期白亜紀に生息していた大型翼竜の科である。この科は1876年にオスニエル・チャールズ・マーシュによって命名された。プテラノドン科は、頭の後ろから突き出た特徴的な細長いトサカを持っていた（最も有名なのはプテラノドン自身である）。見事なトサカを持つニクトサウルスは、この科に含まれることもあるが、通常はニクトサウルス科（Nicholson & Lydekker、1889）という独自の科に分類されている。
現代の研究者の間では、この概念の使い方が異なっている。S. クリストファー・ベネットとアレクサンダー・ケルナーは、ニクトサウルスは翼竜科ではないと結論づけている。1994年、ベネットは翼竜科（Pteranodontidae）というクレードを定義し、オルニトケイロモルファ（Ornithocheiromorpha）の種も含むとした。[ 3 ]しかし、この定義は他の研究者には受け入れられていない。例えば、アレクサンダー・ケルナーは、以前はプテラノドン（ Pteranodon）に分類されていた標本にいくつかの追加種を命名し、P. sternbergiを別の属であるGeosternbergiaに分類した。ケルナーは、プテラノドン科を、 Pteranodon longiceps、Geosternbergia sternbergi、Dawndraco kanzai 、およびそのすべての子孫の最近共通祖先として再定義した。しかし、 Dawndracoの有効性が議論されているため、この定義は現在論争の的となっている。 [ 4 ]このクレードには、ニクトサウルス科が含まれる可能性がある。デイビッド・アンウィンによる分析では、プテラノドンとニクトサウルスの間に密接な関係があることが示され、彼は両者を含む系統群にプテラノドンティアという名称を用いた。
翼竜類は主に北アメリカと日本の白亜紀コニアシアン期からカンパニアン期にかけて知られている。[ 5 ]しかし、マーストリヒチアン期の可能性のある化石が他のいくつかの場所から確認されており、[ 6 ] [ 7 ]実際にはテチス海のマーストリヒチアン期ではかなり一般的である。2016年以降、ニコラス・ロングリッチ、デイビッド・マーティル、ブライアン・アンドレスは、北アフリカのマーストリヒチアン期後期から数種のニクトサウルス科と翼竜類の証拠を提示し、両系統がK-Pg絶滅イベントの直前にテチス地域で進化放散を経験したことを示唆した。[ 8 ] [ 9 ]さらに、後の系統学的研究は、それらが白亜紀のずっと以前に遡るゴースト系統を表していることを示唆している。[ 10 ]以前はアズダルコ科と考えられていたボルガドラコも、その後プテラノドン科に移されました。[ 2 ]