ピウス9世の教皇在位は1847年に始まり、ロシア本土とポーランド立憲王国におけるラテン教会の空席となっている司教座を埋めるために、政府と聖座が共に役割を果たすという合意がなされた。
教皇ピウス9世は、自らの教会国家における革命運動という問題に直面し、まず中立的な立場を取ろうと試みた。ロシア当局に対する革命的で暴力的な反対運動に強く反対し、当局に対して教会の自由拡大を訴えたのである。
ローマ教皇庁とロシア政府はともに全面的に満足を表明したが、ロシア正教会はこれに賛同しなかった。「アコモダメント」は新たな教区の設立を容易にしたものの、地方レベルでのカトリック教会の状況改善にはほとんど貢献しなかった。
1850年には、約32の修道院が閉鎖され、他の修道院では修練者の募集が制限された。地元の司祭は政治的に正しい候補者に置き換えられ、空席の司教座は補充されなかった。ローマと合同していた東方教会の運命は、1839年のポロツク聖務会の後、ロシア正教会と再統合されたが、特別な問題として残った。 [ 2 ]

長期間にわたる交渉の末、そしておそらくは長引くポーランド危機の影響もあり、ロシアは1861年にバチカンとの外交関係樹立に合意した。
アレクサンドル2世は、政治的に革命的な分子だけが処罰されたと主張した。8月20日、ローマ教皇はこれに抗議し、迫害されている教会のために9日間の祈りを捧げるよう命じた。しかし、迫害はさらに悪化し、330人の司祭が国外追放され、聖職者には戦時税が課せられ、114のカトリック修道院が閉鎖された。
ピウス1世の国際的な抗議は皇帝とその政権を激怒させ、オーストリアの介入を招き、ポーランドのカトリック教徒の利益のために教皇に沈黙するよう促した。ロシアは1863年12月6日に政教協約を破棄することで応じた。1870年までに、ポーランド立憲王国では自分の教区に残っている司教は一人もいなくなった。[ 3 ] [ 4 ]
教皇レオ13世(1878年~1903年)は外交的働きかけによって状況を改善しようと試みたが、ほとんど成功しなかった。[ 5 ]より穏やかな雰囲気にもかかわらず、ロシア正教会の悪夢は彼の下で続いた。[ 6 ]印象的な教皇の非難が苦しみ、司教座の閉鎖、信徒のための宗教儀式と教育の10年間の中断につながる可能性があるという19世紀のジレンマは、20世紀の教皇外交、特にピウス11世、ピウス12世、パウロ6世の教皇在位中に悩まされた。