オープンノートサイエンス

オープンノートブックサイエンスとは、研究プロジェクトの主要な記録全体を、記録された時点でオンラインで公開する実践である。これには、研究者の個人または研究室のノートブックを、生成されたすべての生データと処理済みデータ、および関連資料とともにオンラインに配置することが含まれる。このアプローチは、「インサイダー情報なし」というスローガンで要約できる。これは、研究に対する透明性のあるアプローチの論理的極限であり、失敗した実験、重要性の低い実験、および未発表の実験、いわゆる「ダークデータ」を公開することを明示的に含んでいる。^{[1]オープンノートブックサイエンスの実践は、}学術界では標準ではないが、研究実践と出版におけるよりオープンなアプローチへの一般的な傾向の一環として、最近、研究^{[2] [3]}および一般^{[1] [4]メディアで大きな注目を集めている。したがって、オープンノートブックサイエンスは、}オープンアクセス出版、オープンデータ、クラウドソーシングデータ、および市民科学の提唱と採用を含む、より広範なオープンサイエンス運動の一部であると言える。これはオープンソースソフトウェア^[5]の成功に部分的に触発されており、そのアイデアの多くを活用しています。

^{「オープンノートブックサイエンス」 [6]}という用語は、2006年に当時ドレクセル大学の化学准教授であったジャン=クロード・ブラッドリーのブログ投稿で初めて使用されました。ブラッドリーはオープンノートブックサイエンスを次のように説明しました。 ^[7]

... 無料で利用でき、一般的な検索エンジンでインデックスされている研究ノートのURLがあります。必ずしも紙のノートのように見える必要はありませんが、研究者が結論を出すために利用できるすべての情報が、世界中の人々に平等に利用可能であることが不可欠です。

— ジャン＝クロード・ブラッドリー

• アレッド・エドワーズと同僚、トロント大学。^[8]
• レイチェル・ハーディング^{[9] [10]、トロント大学（SGC）}構造ゲノムコンソーシアムのポスドク研究員。
  • http://labscribbles.com/ のブログ
  • ツイッター @labscribbles
  • ゼノド https://zenodo.org/search?f=author&p=Rachel%20Harding&ln=en

「SGCの画期的な科学者チームが現在、研究ノートをオンラインで共有しています。 」 ^{[11] [12] [13]}

• Nickolas J. LaSorte、^[14]無線共存分野のFDA博士研究員。
• タマラ・マイウリ^[15]
  • ブログ: https://raytruantlab.wordpress.com/
  • ツイッター @tam_maiuri
  • ゼノド https://zenodo.org/search?page=1&size=20&q=maiuri
• ピーター・マレー・ラスト[ ^16]ケンブリッジ、イギリス。
• アンソニー・サルヴァーニョ^[17] 、 Ph.D.、#SciFund Challengeの教育ディレクター。
• マシュー・H・トッド、「オープンソースマラリア」^{[18] [19] [20]} ユニバーシティ・カレッジ・ロンドン（トッドグループ）。
• オープンノートブックサイエンスチャレンジ^[21]
• デジタル植物園イニシアチブ (DBGI) は http://www.dbgi.org/dendron-dbgi/ でご覧いただけます。

• トビアス・J・オズボーン^[22]
• カール・ベッティガー「生態学と進化における理論と計算モデル」^{[23] [24]}
• ドロール・バルナタン^[25]
• アンドレス・G・サラビア、^[26]物理学博士。シンベスタフ・メリダ大学の学生。
• ダニエル・ヒンメルスタインは、 GitHubとThinklabを使用してリアルタイムのオープンノートブックサイエンスとコラボレーションを行った薬物再利用研究プロジェクトRephetioを率いた。 ^[27]

• ブリジェット・ブラック^[28]、ニューメキシコ大学コッホ研究室の物理学博士課程学生。
• ジャン＝クロード・ブラッドリー^[29]
• ジェレミア・フェイス^[30]
• ナディエズダ・フェルナンデス・オロペザ^[31] 、ニューメキシコ大学コッホ研究室の生体医工学博士課程の学生。
• マイク・ローレンス
• リン・レー^[32] 、ニューメキシコ大学物理学専攻、コッホ研究室卒業生。
• アンディ・マロニー、^[33]テキサス大学スミス研究室のポスドク研究員。ニューメキシコ大学コッホ研究室で博士号取得（2011年）^{[34] [35]}
• キャメロン・ネイロン^[36]
• アレハンドロ・タマヨ^[37]
• インフルエンザの起源と進化^[38]

• ニューメキシコ大学ジュニア物理学研究室（307L）^[39]

これらは従来の実験ノートよりもオープンな取り組みですが、完全なオープンノートブックサイエンスの重要な要素が欠けています。通常、ノートブックは部分的にしか共有されないか、大幅に遅れて共有されます。^[40]

• オープンノートブックサイエンスネットワーク^[41]は、個人/研究室のノートブックを作成および管理するために設計されたWordPressブログネットワークです。2018年1月現在、このグループには126人のアクティブメンバーがいます。^[42]
• Protocolpedia を使用すると、ラボ プロトコルの共有と保存が可能になります。
• Sci-Mate では、ユーザーがアクセス権限を定義できますが、オープンノートブック ツールとして使用することもできます。
• ヴィノド・スカリア^[43]
• OpenWetWare (多くの研究室をホストし、各研究グループに関連する情報を選択的に共有できます)
• ケイレブ・モース^[44]
• ガス・ロザニア^[45]
• アントニー・ギャレット・リシ^[46]
• ^{ロージー・レッドフィールド[47]}、ブリティッシュコロンビア大学の微生物学者。すべての結果は議論されているが、生の実験ノートは公開されていない。
• ^{マーティン・ジョンソン[48]}、イースト・アングリア大学の海洋化学者。^[49]
• グレッグ・ラング^[50] 、プリンストン大学デイビッド・ボツシュタイン研究室のポスドク。^[51] - 約週1回共有

公開されている実験ノートがあれば、論文の中で議論を裏付けるために使用した実験の正確な例を引用するのに便利です。例えば、Ugi反応の最適化に関する論文では、^{[52] [53]} 3つの異なるバッチの生成物が特性評価に使用されており、各スペクトルは各バッチが使用された特定の実験を参照しています：EXP099、^[54] EXP203 ^[55]およびEXP206 ^{[56] 。この研究はその後}Journal of Visualized Experimentsに掲載され、^[57]実験ノートから査読付きジャーナルでの最終出版まで データの出所の完全性が維持できることが実証されました。

オープン ノートブック サイエンスは、それ以上の条件がなければ、研究が不当な遅延やフィルターなしに継続的に報告されていることを意味します。これにより、他の人は、分野または特定の研究グループ内で研究が実際にどのように行われているかを正確に理解できます。このような情報は、共同研究者、将来の学生、または将来の雇用主にとって価値がある可能性があります。選択したノートブック ページへのアクセスを提供したり、公開禁止期間を挿入したりすることは、この文脈での「オープン」という用語の意味と矛盾します。エラーの修正、失敗した実験、およびあいまいな結果が報告されない限り、外部の観察者が科学がどのように行われているかを正確に理解することは不可能です。疑似^[58] または部分的^[40]などの用語は 、選択的に、または大幅に遅れて実験ノートブック情報を共有することの修飾語として使用されています。

オープン ノートブック サイエンスの採用に反対する議論は、主に 3 つのカテゴリに分類され、科学の分野によって重要性が異なります。特に生物学者や医学者が表明する主な懸念は、「データ盗難」または「先取り」です。研究グループが他者の結果を盗んだり、流用したりする程度は依然として議論の的となっていますが、特に一部の分野では、最初に論文を発表できないことへの恐怖が多くの行動を駆り立てていることは確かです。これは、これらの分野で、査読済みの論文の出版がキャリアの成功の主な基準として重視されていることに関係しています。

オープンノートブックサイエンスに対する 2 つ目の反対論は、先行公開となるため、特許取得が不可能となり、従来の査読済み文献に結果を掲載することが困難になるというものである。特許に関しては、ウェブ上での公開は明らかに開示として分類される。したがって、特許の価値やこの問題を回避する方法については議論があるかもしれないが、特許保護が期待され、望まれる研究にはオープンノートブックサイエンスが適していないことは明らかである。査読済み文献への掲載に関しては、状況はそれほど明確ではない。科学雑誌の出版社のほとんどは、以前に会議で発表された資料やプレプリントの形で発表された資料を受け入れている。これらの形式で以前に公開された資料を受け入れる出版社は、一般に、オープンノートブックサイエンスを含むデータのウェブ公開はこのカテゴリに該当することを非公式に示している。オープンノートブックプロジェクトは、インパクトファクターの高い査読済みジャーナル^{[59] [60]}でうまく公開されているが、これは幅広い出版社でテストされたわけではない。こうした形式の事前出版を明示的に排除する出版社は、オープンノートブックで以前に公開された資料を受け入れないことが予想されます。

オープン ノートブック サイエンスに反対する 3 番目の議論は、競合する研究の独立性が損なわれ、重要な結果の独立した検証がまったく行われなくなる可能性があるというものです。これはデータ スクープとは異なりますが、共進化するデータが互いに影響し合う可能性をはるかに巧妙に示しています。従来の科学では、大規模な実験コラボレーションでは、競合するコラボレーション メンバー間の通信を禁止するファイアウォール ルールを確立することがよくあります。これは、データの漏洩だけでなく、データの分析方法への影響を防ぐためです。

最後の議論は、「データの氾濫」の問題に関係しています。査読済み文献の現在の量が 1 人で管理するには大きすぎる場合、潜在的に入手可能な大量の査読されていない資料、特に一部、おそらく大部分が低品質である場合、誰が対処できると期待できますか? 関連する議論は、「私のノートブックは特殊すぎる」ため、他の人の興味を引くことができないというものです。高品質で関連性のある資料をどうやって見つけるかという問題は、関連する問題です。データと方法論的品質のキュレーションと検証の問題は深刻な問題であり、オープン ノートブック サイエンスを超えて関連性があると言えますが、ここでは特に難しい問題です。

オープンノートブックサイエンスチャレンジ^[61]は、現在は非水溶媒中の溶解度測定の報告を目的としており、サブメタ^[62]、 ネイチャー^[63]、シグマアルドリッチ^[64]からスポンサーを受けています。 2008年12月のコンテストの10人の優勝者のうち最初の優勝者はジェニー・ヘイルでした。^[65]

ノートブックには共有条件を示すロゴを使用することができます。完全に開かれたノートブックは「すべてのコンテンツ」と「即時」アクセスとしてマークされます。部分的に開かれたノートブックは「選択されたコンテンツ」と/または「遅延」としてマークされます。^[66]

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