OmpA 様膜貫通ドメイン

利用可能なタンパク質構造:
パム	構造 / ECOD
ＰＤＢ	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBサム	構造の概要
ＰＤＢ	1g90 A:22-195 1bxw A:22-192 1qjp A:22-192

OmpA 様膜貫通ドメイン
OmpA 様膜貫通ドメイン
識別子
シンボル	OmpA_膜
パム	PF01389
ファム一族	CL0193
インタープロ	著作権
プロサイト	PDOC00819
SCOP2	1bxw / スコープ / SUPFAM
TCDB	1.B.6
OPMスーパーファミリー	26
OPMタンパク質	1qjp
パム
利用可能なタンパク質構造:
パム	構造 / ECOD
ＰＤＢ	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBサム	構造の概要
ＰＤＢ	1g90 A:22-195 1bxw A:22-192 1qjp A:22-192

OmpA 様膜貫通ドメインは、細菌外膜タンパク質の進化的に保存されたドメインです。このドメインは 8 本の鎖からなるベータバレルで構成されています。^[1] OmpA は腸内細菌の主要な細胞表面抗原であり、細胞あたり約 100,000 コピーが存在します。^[2] OmpA の発現は、さまざまなメカニズムによって厳密に制御されています。ビブリオ属における OmpA 発現の制御メカニズムの 1 つは、 VrrAと呼ばれるアンチセンス非コード RNAです。^[3]

構造

この構造は8本のストランドからなるアップアンドダウンベータバレルから構成されています。ストランドは4つの細胞外ループと3つの細胞内ターンによって接続されています。^[4]

関数

多数の OmpA 様膜貫通ドメインは、宿主細胞やH 因子などの免疫調節因子への結合など、さまざまなメカニズムによって細菌の毒性に寄与します。注目すべき例としては、大腸菌OmpA やペスト菌Ail などがあります。これらのタンパク質のいくつかはワクチン候補です。

大腸菌OmpAは、脳微小血管内皮細胞上のヒト糖タンパク質Ecgpと特異的に相互作用することが示されています。 ^[5] クロノバクター ・サカザキは新生児の髄膜炎を引き起こす食品媒介性病原体であり、 OmpAを介してフィブロネクチンに結合することが示されており、これが血液脳関門の侵入に重要な役割を果たしています。^[6] Y. pestisタンパク質Ailはラミニンとヘパリンに結合し、それによって細菌が宿主細胞に付着できるようにします。^[7]ボレリア・アフゼリタンパク質BAPKO_0422は、OmpAのような膜貫通ドメインであり、ヒト因子Hに結合します。^[8]

参照

OmpA ドメイン

参考文献

^ Pautsch A, Schulz GE (1998年11月). 「外膜タンパク質A膜貫通ドメインの構造」. Nature Structural Biology . 5 (11): 1013–7. doi :10.1038/2983. PMID 9808047. S2CID 20529728.
^ Smith SG、Mahon V、Lambert MA 、 Fagan RP (2007 年 8 月)。「分子スイスアーミーナイフ: OmpA の構造、機能、発現」。FEMS Microbiology Letters。273 ( 1): 1–11。doi : 10.1111 /j.1574-6968.2007.00778.x。PMID 17559395。
^ Song T、 Wai SN (2009年7月)。「コレラ菌の毒性と環境適応度を調節する新規sRNA」。RNA Biology。6 (3):254–8。doi : 10.4161/rna.6.3.8371。PMID 19411843。
^ Fernández C, Hilty C, Wider G, Güntert P, Wüthrich K (2004 年 3 月). 「膜貫通タンパク質 OmpX の NMR 構造」. Journal of Molecular Biology . 336 (5): 1211–21. doi :10.1016/j.jmb.2003.09.014. PMID 15037080.
^ Prasadarao NV、Srivastava PK、 Rudrabhatla RS、Kim KS、Huang SH、Sukumaran SK (2003 年 4 月)。「gp96 ホモログである Escherichia coli K1 外膜タンパク質 A 受容体のクローニングと発現」。感染と免疫。71 (4): 1680–8。doi :10.1128/ IAI.71.4.1680-1688.2003。PMC 152083。PMID 12654781。
^ Nair MK、Venkitanarayanan K、Silbart LK、Kim KS (2009 年 5 月)。 「 Cronobacter sakazakii の外膜タンパク質 A (OmpA) はフィブロネクチンと結合し、ヒト脳微小血管内皮細胞への侵入に寄与する」。食品媒介病原体および疾患。6 (4): 495–501。doi :10.1089/fpd.2008.0228。PMID 19415974 。
^ ヤマシタ S、ルカシック P、バーナード TJ、ノイナジ N、フェレク S、ツァン TM、クルコニス ES、ヒンネブッシュ BJ、ブキャナン SK (2011 年 11 月)。「ペスト菌におけるAil媒介接着の構造的洞察」。構造。19 (11): 1672 ～ 1682 年。土井：10.1016/j.str.2011.08.010。PMC 3217190。PMID 22078566。
^ Dyer A、Brown G、Stejskal L、Laity PR、Bingham RJ (2015)。「Borrelia afzelii外膜タンパク質BAPKO_0422はヒト因子Hに結合し、膜貫通βバレルを形成すると予測される」。Bioscience Reports。35 ( 4 ) : e00240。doi :10.1042/BSR20150095。PMC 4613713。PMID 26181365。

[pmid9808047-1] Pautsch A, Schulz GE (1998年11月). 「外膜タンパク質A膜貫通ドメインの構造」. Nature Structural Biology . 5 (11): 1013–7. doi :10.1038/2983. PMID 9808047. S2CID 20529728.

[pmid17559395-2] ^ Smith SG、Mahon V、Lambert MA 、 Fagan RP (2007 年 8 月)。「分子スイスアーミーナイフ: OmpA の構造、機能、発現」。FEMS Microbiology Letters。273 ( 1): 1–11。doi : 10.1111 /j.1574-6968.2007.00778.x。PMID 17559395。

[pmid19411843-3] ^ Song T、 Wai SN (2009年7月)。「コレラ菌の毒性と環境適応度を調節する新規sRNA」。RNA Biology。6 (3):254–8。doi : 10.4161/rna.6.3.8371。PMID 19411843。

[4] Fernández C, Hilty C, Wider G, Güntert P, Wüthrich K (2004 年 3 月). 「膜貫通タンパク質 OmpX の NMR 構造」. Journal of Molecular Biology . 336 (5): 1211–21. doi :10.1016/j.jmb.2003.09.014. PMID 15037080.

[5] ^ Prasadarao NV、Srivastava PK、 Rudrabhatla RS、Kim KS、Huang SH、Sukumaran SK (2003 年 4 月)。「gp96 ホモログである Escherichia coli K1 外膜タンパク質 A 受容体のクローニングと発現」。感染と免疫。71 (4): 1680–8。doi :10.1128/ IAI.71.4.1680-1688.2003。PMC 152083。PMID 12654781。

[6] ^ Nair MK、Venkitanarayanan K、Silbart LK、Kim KS (2009 年 5 月)。 「 Cronobacter sakazakii の外膜タンパク質 A (OmpA) はフィブロネクチンと結合し、ヒト脳微小血管内皮細胞への侵入に寄与する」。食品媒介病原体および疾患。6 (4): 495–501。doi :10.1089/fpd.2008.0228。PMID 19415974 。

[7] ヤマシタ S、ルカシック P、バーナード TJ、ノイナジ N、フェレク S、ツァン TM、クルコニス ES、ヒンネブッシュ BJ、ブキャナン SK (2011 年 11 月)。「ペスト菌におけるAil媒介接着の構造的洞察」。構造。19 (11): 1672 ～ 1682 年。土井：10.1016/j.str.2011.08.010。PMC 3217190。PMID 22078566。

[8] ^ Dyer A、Brown G、Stejskal L、Laity PR、Bingham RJ (2015)。「Borrelia afzelii外膜タンパク質BAPKO_0422はヒト因子Hに結合し、膜貫通βバレルを形成すると予測される」。Bioscience Reports。35 ( 4 ) : e00240。doi :10.1042/BSR20150095。PMC 4613713。PMID 26181365。