膜内におけるタンパク質の配向データベース

膜タンパク質の配向( OPM )データベースは、脂質二重層に対する膜タンパク質構造の空間的位置を提供します。^{[ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ]}タンパク質の位置は、脂質二重層の暗黙的溶媒和モデルを使用して計算されます。 ^{[ 5 ] [ 6 ]}計算結果は、膜内における膜貫通タンパク質および周辺タンパク質の空間配置の実験的研究と比較して検証されました。^{[ 4 ] [ 7 ] [ 8 ] [ 9 ] [ 10 ] [ 11 ] [ 12 ]}

タンパク質の構造は、タンパク質データバンクから取得されます。OPMでは、膜結合タンパク質の構造分類（ファミリーおよびスーパーファミリー）、膜トポロジー、膜結合状態のタンパク質の四次構造、および各タンパク質の標的膜の種類も提供しています。計算された膜境界を含む座標ファイルはダウンロード可能です。このサイトでは、 Jmolを介して膜境界平面を持つタンパク質構造を可視化できます。

このデータベースは、膜結合タンパク質の実験的および理論的研究で広く使用されてきた。^{[ 13 ] [ 14 ] [ 15 ] [ 16 ] [ 17 ]} しかし、多くの膜結合タンパク質の構造は、膜内での空間配置を三次元構造から計算によって予測できない場合、データベースには含まれていない。これは、実験構造において、タンパク質のすべての膜アンカー部分（両親媒性αヘリックス、露出した非極性残基、または脂質化アミノ酸残基）が欠落している場合である。^{[ 4 ]}また、このデータベースには、タンパク質データバンクによって提供される主鎖原子のみを含む低解像度構造は含まれていない。脂質二重層における低解像度タンパク質構造の計算された空間配置は、PDBTMなどの他のリソースで見つけることができる。^{[ 18 ]}